دوره 8، شماره 16 - ( تابستان 1396 )
جلد 8 شماره 16 صفحات 151-145 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
(2017). DNA Extraction from Hair Roots using Modified Salting out Method. Res Anim Prod. 8(16), 145-151. doi:10.29252/rap.8.16.145
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-815-fa.html
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-815-fa.html
مخبر یوسف آباد مهدی، صادقی مصطفی، مرادی شهربابک محمد، مرادی شهر بابک حسین، رحمانی جواد، یوسفی دارستانی مهدیه. استخراج DNA از ریشه مو با روش نمکی بهینه یافته پژوهشهاي توليدات دامي 1396; 8 (16) :151-145 10.29252/rap.8.16.145
مهدی مخبر یوسف آباد، مصطفی صادقی*، محمد مرادی شهربابک، حسین مرادی شهر بابک، جواد رحمانی، مهدیه یوسفی دارستانی
چکیده: (5155 مشاهده)
کیفیت و کمیت DNA استخراج شده بر نتایج مطالعات ژنتیک مولکولی از جمله واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR)، هضم آنزیمی و غیره تأثیر بسزایی دارد. بعلاوه در انتخاب نوع بافت جهت انجام پژوهش های ژنومیک علاوه بر کیفیت و کمیت DNA استخراج شده، راحت بودن جمع آوری نمونه، هزینه های حمل و نقل، ایمن بودن نمونه برداری و پیش فرآوری نمونهها بایستی مد نظر قرار گیرد. در این مطالعه روش کارآمد استخراج نمکی بهینه یافته از بافت
ریشه ی مو که مقادیر بالای DNA با کمیت وکیفیت مناسب را فراهم میآورد، معرفی می گردد. در این آزمایش جهت استخراج DNAاز 400 نمونهی مو و 40 نمونه ی خون گاومیش استفاده شد. کمیت و کیفیت DNA استخراج شده از هر دو بافت با استفاده از نسبت جذب نوری (260-280 OD) و ژل آگارز 2/1% و واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR)، ارزیابی شد. میانگین میزان و خلوص DNA استخراج شده از مو بهترتیب 12/28 میکروگرم و 87/1 بود. این مقادیر برای خون 86/17 میکروگرم و 83/1 گزارش شد. نتایج ارائه شده در مطالعه ی حاضر و مقایسه ی آن با مطالعات قبلی نشان داد که روش ساده و بهینه ی ارائه شده در این بررسی یک روش اقتصادی، راحت، ایمن، کارآمد بوده و قابل توصیه به آزمایشگاه های بیوتکنولوژی است.
ریشه ی مو که مقادیر بالای DNA با کمیت وکیفیت مناسب را فراهم میآورد، معرفی می گردد. در این آزمایش جهت استخراج DNAاز 400 نمونهی مو و 40 نمونه ی خون گاومیش استفاده شد. کمیت و کیفیت DNA استخراج شده از هر دو بافت با استفاده از نسبت جذب نوری (260-280 OD) و ژل آگارز 2/1% و واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR)، ارزیابی شد. میانگین میزان و خلوص DNA استخراج شده از مو بهترتیب 12/28 میکروگرم و 87/1 بود. این مقادیر برای خون 86/17 میکروگرم و 83/1 گزارش شد. نتایج ارائه شده در مطالعه ی حاضر و مقایسه ی آن با مطالعات قبلی نشان داد که روش ساده و بهینه ی ارائه شده در این بررسی یک روش اقتصادی، راحت، ایمن، کارآمد بوده و قابل توصیه به آزمایشگاه های بیوتکنولوژی است.
فهرست منابع
1. Alberts, C.C., J.T. Ribeiro-Paes, G. Aranda-Selverio, J.R. Cursino-Santos, V.R. Moreno-Cotuli, A.L.D. Oliveir, W.F. Porchia, Santos, Departamento and E.B. Souza. 2010. DNA extraction from hair shafts of wild Brazilian felids and canids. Genetics and Molecular Research, 9: 2429-2435. [DOI:10.4238/vol9-4gmr1027]
2. Bauerova, M., M. Bauer and D. Vasicek. 1999. A simple and inexpensive DNA purification from malignant hyperthermia PCR detection in porcine hair roots. Meat Science, 51: 325-327. [DOI:10.1016/S0309-1740(98)00127-2]
3. Campbell, A.M., J. Williamson, D. Padula and S. Sundby. 1997. Use PCR & single hair to produce a "DNA fingerprint". The American Biology Teacher, 59: 172-178. [DOI:10.2307/4450275]
4. Chaisomchit, S., R. Wichajarn, S. Chowpreecha and W. Chareonsiriwatana. 2003. A simple method for extraction and purification of genomic DNA from dried blood spots on filter paper. Southeast Asian J Trop Med Public Health, 34: 641-645.
5. Graham, E.A.M. 2007. DNA Reviews: hair. Forensic Science, Medicine, and Pathology, 3: 133-137. [DOI:10.1007/s12024-007-9005-9]
6. Grimberg, J., S. Nawoscihik, L. Belluscio, R. McKee, A. Turk and A. Eisenberg. 1989. A simple and efficient non-organic procedure for the isolation of genomic DNA from blood. Nucleic Acids Research, 17: 83-90. [DOI:10.1093/nar/17.20.8390]
7. Heyen, D.W., J.E. Beever, R.E. Evart, C. Green, S.R.E. Bates, J.S. Ziegle and H.A. Lewin. 1997. Exclusion probabilities of 22 bovine microsatellite markers in flurescent multiplexes for semi- automated parentage testing. Animal Genetics, 28: 21-27. [DOI:10.1111/j.1365-2052.1997.t01-1-00057.x]
8. Higuchi, R., C.H. Beroldingen, G.F. Sensabaugh and H.A. Erlich. 1988. DNA typing from single hairs. Nature, 332: 543-546. [DOI:10.1038/332543a0]
9. Huang, X., F.J. Zeller, S.L. Hsam and G. Wenzel. 2000. Chromosomal location of AFLP markers in common wheat utilizing nulli-tetrasomic stocks. Genome, 43: 298-305. [DOI:10.1139/gen-43-2-298]
10. King, I.B., J. Satia-Abouta, M.D. Thornquist, J. Bigler, R.E. Patterson and A.R. Kristal. 2002. Buccal cell DNA yield, quality and collection costs: comparison of methods for large-scale studies. Cancer Epidemiology, Biomarkers Preventation, 11: 1130-1133.
11. Kotchoni, S.O. and E.W. Gachomo. 2009. A rapid and hazardous reagent free protocol for genomic DNA extraction suitable for genetic studies in plants. Molecular Biology Reports, 36: 1633-1636. [DOI:10.1007/s11033-008-9362-9]
12. Kumar, P., V. Choudharya, T.K. Bhattacharya, B. Buushan and A. Sharma. 2005. PCR-RFLP based genotyping of cattle using DNA extracted from hair samples. Indian Journal of Biotechnology, 4: 287-289.
13. Lutz, S., H.J. Weisser, J. Heizmann and S. Pollak. 1996. mtDNA as a tool for identification of human remains. International Journal of Legal Medicine, 109: 205-209. [DOI:10.1007/BF01225519]
14. McNevin, D., L. Wilson-Wilde, J. Robertson, J. Kyd and C. Lennard. 2005. Short tandem repeat (STR) genotyping of keratinised hair. Part 1. Review of current status and knowledge gaps. Forensic Science International, 153: 237-246. [DOI:10.1016/j.forsciint.2005.05.006]
15. Michele, K., P.D. Nishiguchi, M. Egan, K. David, P. Aloysius, P. Lorenzo, C. Howard, E.T. Rosenbaum, W. Yael, D. Rob and G. Gonzalo. 2002. DNA Isolation Procedures. Methods and tools in biosciences and medicine. Birkhäuser Verlag Basel/Switzerland, pp: 250-281.
16. Miller, S.A., D.D. Dykes and H.F. Polesky. 1998. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Research, 16: 12-15. [DOI:10.1093/nar/16.3.1215]
17. Milne, E., F.M. Bockxmeer, L. Robertson, J.M. Brisbane, L.J. Ashton and R.J. Scott. 2006. Buccal DNA collection: comparison of buccal swabs with FTA cards. Cancer Epidemiology, Biomarkers Preventation, 15: 69-81. [DOI:10.1158/1055-9965.EPI-05-0753]
18. Miyaki, C.Y. 1996. Um Estudo Filogenético de Psitacídeos (Psittaciformes, Aves) Baseado em Seqüências de Genes Mitocondriais. Doctoral thesis, Instituto de Biociências. Universidade de São Paulo, São Paulo, 168 pp.
19. Pfeiffer, I., I. Volkel, H. Taubert and B. Brenig. 2004. Forensic DNA-typing of dog hair: DNA-extraction and PCR amplification. Forensic Science International, 141: 149-151. [DOI:10.1016/j.forsciint.2004.01.016]
20. Roon, D.A., D. Waits, K.C. LandKendall. 2003. A quantitative evaluation of two methods for preserving hair samples. Molecular Ecology Notes, 3: 163-166. [DOI:10.1046/j.1471-8286.2003.00358.x]
21. Salah, M.A.R. and E.H. Elsayed. 2007. Genetic similarity among the three Egyptian water buffalo flocks using RAPD-PCR and PCR-RFLP techniques. Research Journal of Agriculture and Biological Sciences, 3: 351-355.
22. Suenaga, E. and H. Nakamura. 2005. Evaluation of three methods for effective extraction of DNA from human hair. Journal of Chromatography B, 820: 137-141. [DOI:10.1016/j.jchromb.2004.11.028]
23. Suzanne, M., B.S. Leanza, D. Robert, M.D. Burk, E. Thomas and M.D. Rohan. 2007. Whole genome amplification of DNA extracted from hair samples: Potential for use in molecular epidemiologic studies. Cancer Detection and Prevention, 31: 480-488. [DOI:10.1016/j.cdp.2007.10.009]
24. Takayanagi, K., H. Asamura, K. Tsukada, M. Ota, S. Saito and H. Fukushima. 2003. Investigation of DNA extraction from hair shafts. International Congress Series, 1239: 759- 764. [DOI:10.1016/S0531-5131(02)00582-4]
25. Tanigawara, Y., T. Kita, M. Hirono, T. Sakaeda, F. Komada and K. Okumura. 2001. Identification of N-acetyltransferase 2 and CYP2C19 genotypes for hair, buccal cell swabs, or fingernails compared with blood. Therapeutic Drug Monitoring, 23: 341-346. [DOI:10.1097/00007691-200108000-00004]
26. Thi, Hue, H.C. Dieu, P. Tuan, T.L. Thao and D.T. Giang. 2012. Extraction of Human Genomic DNA from Dried Blood Spots and Hair Roots. International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics, 2: 21-26. [DOI:10.7763/IJBBB.2012.V2.62]
27. Zadworney, D. and U. Kuhnlein. 1990. The identification of the kappa casein genotype in Holstein dairy cattle using polymerase chain reaction. Theoretical Applied Genetics, 80: 631-634. [DOI:10.1007/BF00224222]
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
