دوره 10، شماره 23 - ( بهار 1398 )
جلد 10 شماره 23 صفحات 143-133 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Shariat M, Dashab G R, Vafaye Valleh M. (2019). Comparison of Phylogenetic and Evolutionary of Nucleotide Squences of HVR1 region of Mitochondria genom in Goats and Other Livestock Species. Res Anim Prod. 10(23), 133-143. doi:10.29252/rap.10.23.133
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-970-fa.html
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-970-fa.html
شریعت مریم، داشاب غلامرضا، وفای واله مهدی. مقایسه روند تکاملی و فیلوژنتیکی توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری در بز و سایر گونه های دامی پژوهشهاي توليدات دامي 1398; 10 (23) :143-133 10.29252/rap.10.23.133
1- دانشگاه زابل
چکیده: (3715 مشاهده)
حفظ تنوع ژنتیکی در جمعیت های بومی بز در نقاط مختلف ایران برای انجام برنامه های اصلاح نژادی، افزایش تولید، بقاء، مقاومت به بیماری ها و تغییرات شرایط محیطی مختلف ضروری است. هدف از مطالعه حاضر تعیین توالی ناحیه HVR1 از ژنوم میتوکندری از بزهای بومی ایران شامل اکوتیپ های سیستانی، پاکستانی، لری سیاه و عدنی (هر کدام 4 رأس)، بررسی میزان تنوع محتمل در این جمعیت ها و ترسیم رابطه فیلوژنی آنها در مقایسه با برخی گونه های حیوانی بود. استخراج DNA کل به روش فنل-کلروفرم انجام شد و به عنوان الگو جهت تکثیر ناحیهHVR1 ژنوم میتوکندری مورد استفاده قرار گرفت و باندهای بدست آمده به روش سانگر تعیین توالی شدند. توالی های نوکلئوتیدی مذکور به همراه 30 توالی از ناحیه مشابه ژنوم میتوکندری مربوط به برخی گونه های حیوانی بدست آمده از بانک جهانی ژن (NCBI) جهت تجزیه ژنتیکی و ترسیم درخت فیلوژنتیکی مورد استفاده قرار گرفت. میانگین تنوع هاپلوتایپی و تنوع نوکلئوتیدی در بین گونه ها به ترتیب 994/0 و 12891/0 و در اکوتیپهای مورد بررسی 1و 02929/0 محاسبه شد. میزان عددی نسبت جایگزینی dn/ds برای اکوتیپ های مورد بررسی و سایر گونه ها به ترتیب 17/1 و 12/1 محاسبه شد که نشان دهنده انتخاب مثبت در فرایند تکامل این ژن است. نتایج حاصل از درخت فیلوژنی توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR1 شامل دو شاخه اصلی و تعداد ۷ زیر شاخه فرعی بودند. در بین گونه های مورد بررسی اکوتیپهای بز با گونه گوسفند شباهت بیشتری داشتند. تجزیه ژنتیکی و فیلوژنی گونه های مورد بررسی بیانگر تمایز و مسیر تکاملی متفاوت هر گونه است و ناحیه HVR1 می تواند موجب گروه بندی صحیح گونه ها و زیر گونه های انشقاق یافته از آنها شود.
فهرست منابع
1. Ahmadian, K., G. Rahimi Mianji, H. Sayahzadeh and H. Deldar. 2017. Assessment of Genetic diversity and phylogenetic relationship of Iranian indigenous chickens based on mitochondrial D-Loop sequences. Research on Animal Production, 8(17): 140-148 (In Persian). [DOI:10.29252/rap.8.17.140]
2. Fajardo, V., I. González, I. López-Calleja, I. Martín, P.E. Hernández, T. García and R. Martín, R. 2006. PCR-RFLP authentication of m eats from red deer (Cervus elaphus), fallow deer (Dama dama), roe deer (Capreolus capreolus), cattle (Bos taurus), sheep (Ovis aries), and goat (Capra hircus). Journal of agricultural and food chemistry, 54(4): 1144-1150. [DOI:10.1021/jf051766r]
3. Guha, S., S.P. Goyal and V.K. Kashyap. 2006. Genomic variation in the mitochondrially encoded cytochrome b (MT‐CYB) and 16S rRNA (MT‐RNR2) genes: characterization of eight endangered Pecoran species. Animal Genetics, 37(3): 262-265. [DOI:10.1111/j.1365-2052.2006.01421.x]
4. Harrison, R.G. 1989. Animal mitochondrial DNA as a genetic marker in population and evolutionary biology. Trends in Ecology & Evolution, 4(1): 6-11. [DOI:10.1016/0169-5347(89)90006-2]
5. Hiendleder, S., K. Mainz, Y. Plante and H. Lewalski. 1998. Analysis of mitochondrial DNA indicates that domestic sheep are derived from two different ancestral maternal sources: no evidence for contributions from urial and argali sheep. Journal of Heredity, 89(2): 113-120. [DOI:10.1093/jhered/89.2.113]
6. Hoda, A., Y. Biçoku and P. Dobi. 2014. Genetic diversity of Albanian goat breeds revealed by mtDNA sequence variation. Biotechnology & Biotechnological Equipment, 28(1): 77-81. [DOI:10.1080/13102818.2014.901672]
7. Joshi, M.B., P.K. Rout, A.K. Mandal, C. Tyler-Smith, L. Singh and K. Thangaraj. 2004. Phylogeography and origin of Indian domestic goats. Molecular Biology and Evolution, 21(3): 454-462. [DOI:10.1093/molbev/msh038]
8. Karimi, V., N. Hedayat Evrigh, R. Seyed Sharifi and S. Nikbin. 2017. Invetigation of genetic structure of Khalkhali goat using mitochondrial genome. Novin Genetic Journal, 12(2); 217-227. (In Persian)
9. Khaldari, M. 2011. Principles of breeding sheep and goats. Jihad University Press, Second edition. (In Persian)
10. Liu, Y.P., S.X. Cao, S.Y. Chen, Y.G. Yao and T.Z. Liu. 2009. Genetic diversity of Chinese domestic goat based on the mitochondrial DNA sequence variation. Journal of Animal Breeding and Genetics, 126(1): 80-89. [DOI:10.1111/j.1439-0388.2008.00737.x]
11. Lopez, A. and M.G. Bonasora. 2017. Phylogeography, genetic diversity and population structure in a Patagonian endemic plant. AoB Plants, 16(4): 275-285. [DOI:10.1093/aobpla/plx017]
12. Mohammadi, P., J. Nazemi Rafie and J. Rostamzadeh. 2018. Evaluation of phylogenetic characteristics of Iranian honeybee (Apis mellifera meda) populations based on mitochondrial ND gene. Research on Animal Production, 9(21): 93-104 (In Persian).
13. Morovati, S. and M. Modaresi. 2005. Study of the HV1 region of mtDNA for use in identity recognition through maternal generations. Journal of Military Medicine, 20: 113-119. (In Persian)
14. Muezzini, F., S. Afraz, F. Vahid and A. Toligiyani. 2015. Study of mitochondrial DNA diversity in native goat populations of Khalkhal and Qazvini. The 9th National Conference of the Islamic Republic of Iran, pp: 66-89 (In Persian).
15. Naderi, S., H.R. Rezaei, P. Taberlet, S. Zundel, S.A. Rafat, H.R. Naghash, M.A.A. Elbarody, O. Ertugrul, F. Pompanon. 2007. Large-scale mitochondrial DNA analysis of the domestic goat reveals six haplogroups with high diversity. Plos One, 2(10): 1-12. [DOI:10.1371/journal.pone.0001012]
16. Nei, M. and S. Kumar. 2000. Molecular evolution and phylogenetics. Oxford university press.
17. Pakpahan S., W. Tunas Artama, R. Widayanti and G. Suparta. 2015. Genetic variations and the origin of native Indonesian goat breeds based on mtDNA D-Loop sequences. Asia Journal of Animal Science, 9: 341-350. [DOI:10.3923/ajas.2015.341.350]
18. Phuphuakrat, A and P. Auewarakul. 2003. Heterogeneity of HIV-1 Rev response element. AIDS Research and Human Retroviruses, 19: 569-574. [DOI:10.1089/088922203322230932]
19. Rozas J., J.C. Sachez-Delbarrio, X. Messeguer and R. Rozas. 2003. DnaSP, DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods. Bioinformatics, 19: 2496-2497. [DOI:10.1093/bioinformatics/btg359]
20. Tamura, K., M. Nei and S. Kumar. 2004. Prospects for inferring very large phylogenies by using the neighbor-joining method. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 101(30): 11030-11035. [DOI:10.1073/pnas.0404206101]
21. Tavakolian, J. 1999. An attitude to the genetic resources of indigenous livestock and poultry. National Animal Science Research Institute, Karaj, Iran. (In Persian)
22. Untergasser, A., I. Cutcutache, T. Koressaar, J. Ye, B.C. Faircloth, M. Remm and S.G. Rozen. 2012. Primer3--new capabilities and interfaces. Nucleic Acids Research, 40(15): e115. [DOI:10.1093/nar/gks596]
23. Zeder, M.A. and H.A. Lapham. 2010. Assessing the reliability of criteria used to identify postcranial bones in sheep, Ovis and goats, Capra. Journal of Archaeological Science, 37(11): 2887-2905. [DOI:10.1016/j.jas.2010.06.032]
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
