دوره 9، شماره 20 - ( تابستان 1397 )                   جلد 9 شماره 20 صفحات 123-128 | برگشت به فهرست نسخه ها


XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Mohammadi Y, Sattaei Mokhtari M. Accuracy of Genomic Breeding Values in Small Genotyped Populations-A Simulation Study . rap. 2018; 9 (20) :123-128
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-825-fa.html
محمدی یحیی، ستایی مختاری مرتضی. برآورد صحت انتخاب ژنومی در جوامع کوچک ژنتیکی- مطالعه‌ شبیه‌سازی. پژوهشهاي توليدات دامي. 1397; 9 (20) :123-128

URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-825-fa.html


دانشگاه ایلام
چکیده:   (1206 مشاهده)
ددر پژوهش حاضر برای ارزیابی تأثیر منابع مختلف اطلاعات جوامع خارجی بر صحت برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی حیوانات جوان در جمعیت کوچک، دو جمعیت کوچک و بزرگ گاو شیری شبیه‌سازی گردید. یک جمعیت بزرگ متشکل از 200 هزار حیوان طی 15 نسل و سپس یک جمعیت کوچک متشکل از 5 هزار حیوان طی3 نسل به کمک نرم­افزار QMSim به گونه‌ای ایجاد شدند که دو جمعیت از لحاظ ژنتیکی مرتبط بودند. براساس منابع مختلف اطلاعات در دسترس سه راهبرد برآورد صحت ارزیابی‌های ژنومی تعریف گردید. در راهبرد اول، صحت‌های ارزش‌های اصلاحی ژنومی براساس ارزش‌های ژنومی دام‌ها در جمعیت کوچک برآورد گردیدند. در راهبرد دوم، صحت‌های ارزش‌های اصلاحی حیوانات به کمک اطلاعات دام‌ها در جمعیت کوچک و نیز ارزش‌های اصلاحی ژنومی دام‌های نر جمعیت بزرگ برآورد شدند. در راهبرد سوم، اطلاعات فنوتیپی، ژنوتیپی و شجره دام‌ها جمعیت بزرگ برای برآورد صحت‌ها یا ارزش‌های اصلاحی ژنومی دام‌ها جمعیت کوچک استفاده شد. میانگین‌های صحت برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی در راهبردهای اول، دوم و سوم به ترتیب 34/0، 40/0 و 50/0 به دست آمد. همچنین میانگین‌های ضریب پیش‌بینی رگرسیونی در راهبردهای اول، دوم و سوم به‌ترتیب 74/0، 83/0 و 93/0 برآورد گردید. نتایج حاصل از این پژوهش نشان دادند که استفاده همزمان از اطلاعات فنوتیپی، شجره‌ای و ژنوتیپی دو جمعیت برای برآورد صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی کاندیداهای انتخاب در جوامع کوچک در راهبرد سوم، علاوه بر افزایش صحت پیش‌بینی، تفاوت معنی‌داری در صحت پیش‌بینی را نسبت به دو راهبرد دیگر به همراه دارد.
 

 
متن کامل [PDF 1220 kb]   (536 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: ژنتیک و اصلاح نژاد دام
دریافت: 1396/8/10 | ویرایش نهایی: 1397/7/11 | پذیرش: 1397/3/27 | انتشار: 1397/7/11

فهرست منابع
1. Aguilar, I., I. Misztal, D.L. Johnson, A. Legarra, S. Tsuruta and T.J. Lawlor. 2010. Hot topic: A unified approach to utilize phenotypic, full pedigree, and genomic information for genetic evaluation of Holstein final score. Journal Dairy Science, 93: 743-752. [DOI:10.3168/jds.2009-2730]
2. Andonov, S., D.A.L. Lourenco, B.O. Fragomeni, Y. Masuda, I. Pocrnic, S. Tsuruta and I. Misztal. 2017. Accuracy of breeding values in small genotyped populations using different sources of external information-A simulation study. Journal Dairy Science, 100: 395-401. [DOI:10.3168/jds.2016-11335]
3. Cromie, A.R., D.P. Berry, B. Wickham, J.F. Kearney, J. Pena, J.B.C.H. Van Kaam, N. Gengler, J. Szyda, U. Schnyder, M. Coffey, B. Moster, K. Hagiya, J.I. Weller, D. Abernethy and R. Spelman. 2010. International genomic co-operation: Who, what, when, where, why and how? Interbull Bull, 42: 72-78.
4. Gao, H., O.F. Christensen, P. Madsen, U.S. Nielsen, Y. Zhang, M.S. Lund and G. Su. 2012. Comparison on genomic predictions using three GBLUP methods and two single step blending methods in the Nordic Holstein population. Genetics Selection Evolution, 44: 1-8. [DOI:10.1186/1297-9686-44-8]
5. Goddard, M.E. 2009. Genomic selection: Prediction of accuracy and maximization of long term response. Genetica, 136: 245-257. [DOI:10.1007/s10709-008-9308-0]
6. Habier, D., R.L. Fernando and J.C.M. Dekkers. 2007. The impact of genetic relationship information on genome-assisted breeding values. Genetics, 177: 2389-2397. [DOI:10.1534/genetics.107.081190]
7. Hayes, B.J., P.J. Bowman, A.C. Chamberlain, K. Verbyla and M.E. Goddard. 2009. Accuracy of genomic breeding values in multi breed dairy cattle populations. Genetic Selection Evolution, 41(1): 51. [DOI:10.1186/1297-9686-41-51]
8. Interbull. 2014. Interbull routine genetic evaluation for production traits, April 2014. Accessed Mar. 19, 2016.
9. Legarra, A., J.K. Bertrand, T. Strabel, R.L. Sapp, J.P. Sanchez and I. Misztal. 2007. Multi-breed genetic evaluation in a Gelbvieh population. Journal Animal Breeding Genetics, 124: 286-295. [DOI:10.1111/j.1439-0388.2007.00671.x]
10. Lund, M.S., I. van den Berg, P. Ma, R.F. Brøndum and G. Su. 2016. Review: How to improve genomic predictions in small dairy cattle populations. Animal, 1042-1049. [DOI:10.1017/S1751731115003031]
11. Lund, M.S., A.P.W. de Roos, A.G. de Vries, T. Druet, V. Ducrocq, S. Fritz, F. Guillaume, B. Guldbrandtsen, Z. Liu, R. Reents, C. Schrooten, F. Seefried and G. Su. 2011. A common reference population from four European Holstein populations increases reliability of genomic predictions. Genetic Selection Evolution, 43(1): 43. [DOI:10.1186/1297-9686-43-43]
12. Meuwissen, T.H., B.J. Hayes and M.E. Goddard. 2001. Prediction of total genetic value using genome-wide dense marker maps. Genetics, 157: 1819-1829.
13. Misztal, I., S. Tsuruta, D. Lourenco, I. Aguilar, A. Legarra and Z.Vitezica. 2015. Manual for BLUPF90 family of programs. Accessed Mar. 19, 2016.
14. Olson, K.M., P.M. VanRaden, M.E. Tooker and T.A. Cooper. 2011. Differences amongmethods to validate genomic evaluations for dairy cattle. Journal of Dairy Science, 94: 2613-2620. [DOI:10.3168/jds.2010-3877]
15. Patry, G. 2015. Euro-Genomics for reliable cattle breeding: How international collaboration fostered an efficient use of the genomics for a reliable cattle breeding. Session: Industry uptake of national (GEBV) and international (GMACE) genomic evaluations. Interbull Industry Meeting, Feb. 25, 2015, Verden, Germany. Accessed Mar. 19, 2016.
16. Pribyl, J., J. Bauer, P. Pešek, J. Pribylova, L. Vostry and L. Zavadlova. 2014. Domestic and Interbull information in the single step genomic evaluation of Holstein milk production. Czech Journal Animal Science, 59: 409-415. [DOI:10.17221/7652-CJAS]
17. Sargolzaei, M. and F.S. Schenkel. 2009. QMSim: a large-scale genome simulator for livestock. Bioinformatics, 25: 680-681. [DOI:10.1093/bioinformatics/btp045]
18. Schaeffer, L.R. 1994. Multiple-country comparison of dairy sires. Journal Dairy Science, 77: 2671-2678. [DOI:10.3168/jds.S0022-0302(94)77209-X]
19. Schaeffer, L.R. 2006. Strategy for applying genome-wide selection in dairy cattle. Journal of Animal Breeding and Genetics, 123: 218-223. [DOI:10.1111/j.1439-0388.2006.00595.x]
20. Schenkel, F., M. Sargolzaei, G. Kistemaker, G. Jansen, P. Sullivan, B.J. Van Doormaal, P.M. Vanraden and G. R. Wiggans. 2009. Reliability of genomic evaluation of Holstein cattle in Canada. Interbull Bulletin 39, 51-58. Strandén I and Mäntysaari EA 2010. A recipe for multiple trait de-regression. Inter bull Bulletin, 42: 21-24.
21. Vandenplas, J., F.G. Frederic and N. Gengler. 2014. Unified method to integrate and bled several, potentially related, sources of information for genetic evaluation. Genetic Selection Evolution, 46(1): 59. [DOI:10.1186/s12711-014-0059-3]
22. Vandenplas, J. and N. Gengler. 2012. Comparison and improvements of different Bayesian procedures to integrate external information into genetic evaluations. Journal Dairy Science, 95: 1513-1526. [DOI:10.3168/jds.2011-4322]
23. VanRaden, P.M., C.P. Van Tassell, G.R. Wiggans, T.S. Sonstegard, R.D. Schnabel, J.F. Taylor and F.S. Schenkel. 2009. Invited review: reliability of genomic predictions for North American Holstein bulls. Journal Dairy Science, 92: 16-24. [DOI:10.3168/jds.2008-1514]
24. Wiggans, G.R., P.M. VanRaden and T.A. Cooper. 2011. The genomic evaluation system in the United States: Past, present, future. Journal Dairy Science, 94: 3202-3211. [DOI:10.3168/jds.2010-3866]
25. Zhang, Z.W., R.L. Quaas and E.J. Pollak. 2002. Simulation study on the effects of incorporating external genetic evaluation results. Common. 20-14 in Proc. 7th World Congress Genetics Applied Livestock Production, Montpellier, France. INRA, Castanet-Tolosan, Cedex, France.

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


کلیه حقوق این وب سایت متعلق به پژوهشهای تولیدات دامی می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2020 All Rights Reserved | Research On Animal Production(Scientific and Research)

Designed & Developed by : Yektaweb