دوره 9، شماره 20 - ( تابستان 1397 )                   جلد 9 شماره 20 صفحات 88-99 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

mosavi kashani M, Rahimi mianji G, Moradi shahrbabak H. Genome-Wide Scan for Selection Signatures in Iranian Sarabi and Taleshi Indigenous Breed. rap. 2018; 9 (20) :88-99
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-720-fa.html
موسوی کاشانی ماکان، رحیمی میانجی قدرت، مرادی شهربابک حسین. کاوش ژنومی نشانه های انتخاب در گاوهای بومی نژاد سرابی و تالشی ایران. پژوهشهاي توليدات دامي. 1397; 9 (20) :88-99

URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-720-fa.html


دانشگاه تهران، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی
چکیده:   (289 مشاهده)

     هدف این مطالعه پیدا کردن نشانه­های انتخاب در گاو­هابی بومی سرابی و تالشی بود، تعداد 296 راس گاو از دو نژاد سرابی و تالشی نمونه برداری و تعیین ژنوتایپ با ریزآرایه k 40 شرکت ایلومینا انجام شد. تعداد 43 دام به ­دلیل عدم کسب شاخص نرخ حیوانات ژنوتیپ شده (ACR) برابر با  09/0 حذف شدند. تعداد نشانگرها بعد از گذراندن فیلتر حداقل فراوانی آللی (MAF) برابر با 01/0 و تعادل هاردی واینبرگ (برابر6-10) به 28782 نشانگر رسید. جهت بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت ­ها و خرده ساختار جمعیتی از آنالیز مؤلفه­ های اصلی (PCA) استفاده شد. برای شناسایی نشانه­ های انتخاب در جمعیت خالص سرابی و تالشی شناسایی شده با PCA، آماره تتا محاسبه شد. جهت کاهش اریب مقادیر تتای محاسبه شده با روش میانگین­ گیری نشانگرهای مجاور، گراف منهتن توسط نرم ­افزار Haploview بدست آمد که کروموزوم­های 2، 5، 6، 7، 10، 22، 25 ،27 دارای نشانه انتخاب بودند. برای جستجوی نشانه­های انتخاب در هر دو جمعیت از آماره هموزیگوسیتی توسعه داده شده (EHH) و میزان شکستگی LD برای آلل اجدادی و جهش یافته برای هر کروموزوم از نرم­ افزار R استفاده شد بررسی شد. برای مطالعه بیشتر جایگاه­هایی که نشانه­ های انتخاب را نشان دادند وب سایت­های بیوانفورماتیکی مورد جستجو قرار گرفت. در کروموزوم 2 ژن EIF4G3 شناسایی شد. این ژن در انتقال RNA از هسته به سیتوپلاسم نقش اساسی در بیان ژن دارد. در کروموزم 6 ژن ANK2 شناسایی شد که پلی پپتید آنکیرین B را رمز می­ کند و در تمام بافت­ ها بیان می­ شوند. در کروموزم 7 ژن ARHGAP26 شناسایی که به­ عنوان ژن سرکوب گر تومور گزارش شده است. در کروموزم 10 ژن کدکننده پروتیین SYNJ2BP شناسایی شد که متوقف کننده سیگنالینگ اکتیوین می ­باشد. در کروموزوم 22 ژن کد کننده پروتیین FAM3D که در مسیر بیوشیمیایی تنظیم سیتو اسکلتون اکتین فعالیت دارد شناسایی شد. این ژن بیشتر در جفت بیان شده و بر عملکرد­های بیولوژیکی مانند مهاجرت و عملکرد لکوسیت، تنظیم درجه حرارت، بقای سلول و تمایز خون­سازی نقش دارد.
 

 

متن کامل [PDF 1036 kb]   (166 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: ژنتیک و اصلاح نژاد دام

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA code

ارسال پیام به نویسنده مسئول


کلیه حقوق این وب سایت متعلق به پژوهشهای تولیدات دامی می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2019 All Rights Reserved | Research On Animal Production(Scientific and Research)

Designed & Developed by : Yektaweb