دوره 15، شماره 4 - ( زمستان 1403 )
جلد 15 شماره 4 صفحات 106-93 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Fazeli Moghadam N, Rahimi Miyanji G, Farhadi A, Nejati Jawarami A, Younesi Melardi E. (2024). Identification of Genetic Variants Based on Single Nucleotide Polymorphisms and Insertion-Deletion Events in TLR8, IRF10b, and GAPDH Genes Related to the Immune System in Rainbow Trout Using Transcriptomic Data
.. Res Anim Prod. 15(4), 93-106. doi:10.61186/rap.15.4.93
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1444-fa.html
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1444-fa.html
فاضلی مقدم نجمه، رحیمی میانجی قدرت، فرهادی ایوب، نجاتی جوارمی اردشیر، یونسی ملردی الهام.(1403). شناسایی واریانت های ژنتیکی مبتنی بر چندشکلی تک نوکلئوتیدی و رخداد حذف-اضافه در ژن های TLR8 ،IRF10b و GAPDH مرتبط با سیستم ایمنی در ماهی قزل آلای رنگین کمان با استفاده از داده های ترانسکریپتومی پژوهشهاي توليدات دامي 15 (4) :106-93 10.61186/rap.15.4.93
1- گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران
2- گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
3- دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران
2- گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
3- دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران
چکیده: (3951 مشاهده)
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: سپتی سمی هموراژیک ویروسی (VHS) یکی از شایعترین بیماریهای ویروسی در صنعت پرورش ماهی قزلآلا رنگینکمان است که باعث خسارات اقتصادی سنگین میشود. اهمیت ماهی قزلآلای رنگینکمان در صنعت آبزیپروری ایران از یک سو و افزایش تلفات ناشی از شیوع بیماریهای عفونی از سوی دیگر نیاز به شناخت بیشتر سیستم ایمنی ماهیان و همچنین دستیابی به ابزاری جهت تشخیص دقیق عوامل ایجاد بیماریهای اینگونه از ماهیان را مشخص میسازد. کنترل و پیشگیری از شیوع بیماریها در ماهیان پرورشی مستلزم اجرای یک برنامه منظم تشخیص و درمان میباشد که در این رابطه نشانگرهای مولکولی میتوانند بهعنوان یک ابزار پایش و تشخیص مفید باشند. مطالعات اخیر نشان داد که رویکردهای محاسباتی برای شناسایی واریانتهای RNA توالییابی شده، از روشهای بسیار کارآمد و مقرون بهصرفه جهت ردیابی تنوع ژنومیکی هستند. برخی از واریانتهای مبتنی بر چند شکلی تک نوکلئوتیدی (SNP)، از جمله مترادف، غیر مترادف و غیر کد شونده و همچنین رخداد حذف-اضافه (InDel) ناشی از دادههای RNA توالییابی شده میتوانند بهعنوان یک نشانگر ژنتیکی مطلوب در آنالیزهای تفرق ژنتیکی بهویژه در بررسی بیان اختصاصی آللها مورد استفاده قرار گیرند. هدف از مطالعه حاضر شناسایی واریانتهای ژنتیکی مبتنی بر SNP و رخداد حذف-اضافه با استفاده از دادههای ترانسکریپتومی در برخی از ژنهای بیان شده در ماهی قزلآلای رنگینکمان تیمار شده با ویروس VHSV بود.
مواد و روشها: در این تحقیق از دادههای حاصل از توالییابیRNA از بافت طحال ماهی قزلآلای رنگینکمان تیمار شده با ویروس VHSV استفاده شد. کنترل کیفی و همردیفی خوانشها بهترتیب با استفاده از نرمافزارهای FastQC و STAR انجام شد. برای شناساییSNP ها و InDelها از مجموعهای از ابزارهای بیوانفورماتیکی(GATK) استفاده شد. واریانتها در مرحله نخست با استفاده ازGTAK HaplotypeCaller شناسایی و در مرحله بعد برای افزایش دقت و فیلترینگ SNPهای شناسایی شده اولیه، از ابزار GTAK Variant Filtration استفاده شد. پس از فیلترینگ، واریانتهای شناسایی شده با استفاده از نرمافزار SnpEff حاشیهنویسی و تعیین هویت شدند. در مرحله پایانی با استفاده از نرمافزار STRING ژنهای مرتبط با سه ژن اصلی TLR8، IRF10 و GAPDH شناسایی و شبکه ژنی برمبنای این سه ژن ترسیم و ژن GAPDH بهعنوان ژن اصلی در نظر گرفته شد.
یافتهها: در این تحقیق واریانتهای ژنومیکی از نوع چندشکلی تک نوکلئوتیدی و رخداد حذف –اضافه در سه ژن TLR8، IRF10b و GAPDH که از ژن های مرتبط با سیستم ایمنی هستند در ماهی قزل آلای رنگین برای اولین بار شناسایی و گزارش شدند. در این پژوهش تعداد 72SNP و 15 InDel در ژن TLR8، 20SNP و 3 InDel در ژن IRF10 و 21 SNP و 8 InDel در ژن GAPDH شناسایی شد. در جایگاه ژنی TLR8، بهترتیب 9/7 و 2/8 درصد از واریانتهای SNP در بالادست و پائیندست این ژن و نیز رخداد InsDel برابر با 26/7 درصد در بالادست و 26/7 درصد در پائیندست این ژن شناسایی شدند. در جایگاه ژنی IRF10 بهترتیب 10 و 65 درصد از واریانتهای SNP در بالا دست و پائین دست و تنها 33/3 درصد از رخداد InsDel در پائیندست این ژن شناسایی شدند. در جایگاه ژنی GAPDH هریک از واریانتهای SNP و InsDel بهترتیب برابر با 47/6 و 12/5 درصد تنها در پائیندست این ژن شناسایی شدند. هیچیک از این نوع واریانتها در بالادست جایگاه ژنی GAPDH شناسایی نشده است.
نتیجهگیری: از کارهای تحقیقاتی ضروری در رمزگشایی نقشههای فنوتیپی و ژنوتیپی در دامهای اهلی، شناسایی آللهای خاص در تنطیم بیان ژنهاست. در این راستا اولین گام، ردیابی واریانتهای ژنومیکی در ژنهای بیان شده است. آنالیز نتایج این تحقیق نشان داد که موقعیت مکانی، نوع و وفور واریانتهای ژنتیکی در هریک از جایگاههای نشانگر مورد مطالعه متفاوت بودند. با توجه به شناسایی واریانتهای مبتنی بر SNP و رخداد InDel در سه ژن TLR8، IRF10b و GAPDH میتوان از این یافتهها در برنامههای اصلاح نژادی با استفاده از روش انتخاب بهکمک نشانگر در برابر عفونتهای ویروسی از جمله VHS و همچنین در طراحی اسنیپ چیپها در گونه ماهی استفاده نمود. از آنجاییکه واریانتهای مختلف شناسایی شده در هریک از جایگاههای نشانگری مورد مطالعه نقش تنظیمی در بیان ژنها دارند، فلذا بررسی تأثیر هریک از آنها در بیان اختصاصی آللها بسیار حائز اهمیت است. همچنین با داشتن اطلاعات ژنهای درگیر در سیستم ایمنی و با شناسایی نشانگرهای مولکولی مرتبط به این جایگاهها و از طرفی مطالعه همبستگی بین این جایگاهها با صفات کمی میتوان از آنها در طراحی برنامههای اصلاح نژاد در صنعت پرورش ماهی برای تولید سویههای مقاوم در مقابل بیماریها بهره برد.
مقدمه و هدف: سپتی سمی هموراژیک ویروسی (VHS) یکی از شایعترین بیماریهای ویروسی در صنعت پرورش ماهی قزلآلا رنگینکمان است که باعث خسارات اقتصادی سنگین میشود. اهمیت ماهی قزلآلای رنگینکمان در صنعت آبزیپروری ایران از یک سو و افزایش تلفات ناشی از شیوع بیماریهای عفونی از سوی دیگر نیاز به شناخت بیشتر سیستم ایمنی ماهیان و همچنین دستیابی به ابزاری جهت تشخیص دقیق عوامل ایجاد بیماریهای اینگونه از ماهیان را مشخص میسازد. کنترل و پیشگیری از شیوع بیماریها در ماهیان پرورشی مستلزم اجرای یک برنامه منظم تشخیص و درمان میباشد که در این رابطه نشانگرهای مولکولی میتوانند بهعنوان یک ابزار پایش و تشخیص مفید باشند. مطالعات اخیر نشان داد که رویکردهای محاسباتی برای شناسایی واریانتهای RNA توالییابی شده، از روشهای بسیار کارآمد و مقرون بهصرفه جهت ردیابی تنوع ژنومیکی هستند. برخی از واریانتهای مبتنی بر چند شکلی تک نوکلئوتیدی (SNP)، از جمله مترادف، غیر مترادف و غیر کد شونده و همچنین رخداد حذف-اضافه (InDel) ناشی از دادههای RNA توالییابی شده میتوانند بهعنوان یک نشانگر ژنتیکی مطلوب در آنالیزهای تفرق ژنتیکی بهویژه در بررسی بیان اختصاصی آللها مورد استفاده قرار گیرند. هدف از مطالعه حاضر شناسایی واریانتهای ژنتیکی مبتنی بر SNP و رخداد حذف-اضافه با استفاده از دادههای ترانسکریپتومی در برخی از ژنهای بیان شده در ماهی قزلآلای رنگینکمان تیمار شده با ویروس VHSV بود.
مواد و روشها: در این تحقیق از دادههای حاصل از توالییابیRNA از بافت طحال ماهی قزلآلای رنگینکمان تیمار شده با ویروس VHSV استفاده شد. کنترل کیفی و همردیفی خوانشها بهترتیب با استفاده از نرمافزارهای FastQC و STAR انجام شد. برای شناساییSNP ها و InDelها از مجموعهای از ابزارهای بیوانفورماتیکی(GATK) استفاده شد. واریانتها در مرحله نخست با استفاده ازGTAK HaplotypeCaller شناسایی و در مرحله بعد برای افزایش دقت و فیلترینگ SNPهای شناسایی شده اولیه، از ابزار GTAK Variant Filtration استفاده شد. پس از فیلترینگ، واریانتهای شناسایی شده با استفاده از نرمافزار SnpEff حاشیهنویسی و تعیین هویت شدند. در مرحله پایانی با استفاده از نرمافزار STRING ژنهای مرتبط با سه ژن اصلی TLR8، IRF10 و GAPDH شناسایی و شبکه ژنی برمبنای این سه ژن ترسیم و ژن GAPDH بهعنوان ژن اصلی در نظر گرفته شد.
یافتهها: در این تحقیق واریانتهای ژنومیکی از نوع چندشکلی تک نوکلئوتیدی و رخداد حذف –اضافه در سه ژن TLR8، IRF10b و GAPDH که از ژن های مرتبط با سیستم ایمنی هستند در ماهی قزل آلای رنگین برای اولین بار شناسایی و گزارش شدند. در این پژوهش تعداد 72SNP و 15 InDel در ژن TLR8، 20SNP و 3 InDel در ژن IRF10 و 21 SNP و 8 InDel در ژن GAPDH شناسایی شد. در جایگاه ژنی TLR8، بهترتیب 9/7 و 2/8 درصد از واریانتهای SNP در بالادست و پائیندست این ژن و نیز رخداد InsDel برابر با 26/7 درصد در بالادست و 26/7 درصد در پائیندست این ژن شناسایی شدند. در جایگاه ژنی IRF10 بهترتیب 10 و 65 درصد از واریانتهای SNP در بالا دست و پائین دست و تنها 33/3 درصد از رخداد InsDel در پائیندست این ژن شناسایی شدند. در جایگاه ژنی GAPDH هریک از واریانتهای SNP و InsDel بهترتیب برابر با 47/6 و 12/5 درصد تنها در پائیندست این ژن شناسایی شدند. هیچیک از این نوع واریانتها در بالادست جایگاه ژنی GAPDH شناسایی نشده است.
نتیجهگیری: از کارهای تحقیقاتی ضروری در رمزگشایی نقشههای فنوتیپی و ژنوتیپی در دامهای اهلی، شناسایی آللهای خاص در تنطیم بیان ژنهاست. در این راستا اولین گام، ردیابی واریانتهای ژنومیکی در ژنهای بیان شده است. آنالیز نتایج این تحقیق نشان داد که موقعیت مکانی، نوع و وفور واریانتهای ژنتیکی در هریک از جایگاههای نشانگر مورد مطالعه متفاوت بودند. با توجه به شناسایی واریانتهای مبتنی بر SNP و رخداد InDel در سه ژن TLR8، IRF10b و GAPDH میتوان از این یافتهها در برنامههای اصلاح نژادی با استفاده از روش انتخاب بهکمک نشانگر در برابر عفونتهای ویروسی از جمله VHS و همچنین در طراحی اسنیپ چیپها در گونه ماهی استفاده نمود. از آنجاییکه واریانتهای مختلف شناسایی شده در هریک از جایگاههای نشانگری مورد مطالعه نقش تنظیمی در بیان ژنها دارند، فلذا بررسی تأثیر هریک از آنها در بیان اختصاصی آللها بسیار حائز اهمیت است. همچنین با داشتن اطلاعات ژنهای درگیر در سیستم ایمنی و با شناسایی نشانگرهای مولکولی مرتبط به این جایگاهها و از طرفی مطالعه همبستگی بین این جایگاهها با صفات کمی میتوان از آنها در طراحی برنامههای اصلاح نژاد در صنعت پرورش ماهی برای تولید سویههای مقاوم در مقابل بیماریها بهره برد.
واژههای کلیدی: بیماری سپتی سمی هموراژیک ویروسی، توالی یابی RNA، قزل آلای رنگین کمان، واریانت های ژنتیکی، SNP، InDel
فهرست منابع
1. Akira, S., & Takeda, K. (2004). Toll-like receptor signaling. Nature Reviews Immunology, 4(7), 499-511. [DOI:10.1038/nri1391]
2. Andrews, S. (2010). FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data. In: Babraham Bioinformatics, Babraham Institute, Cambridge, United Kingdom.
3. Aghajeri, J., Rahimi mianji, G., Hafezian, H., Gholizadeh, M. (2018). Genetic Diversity of TLR4 and IL2 Loci Involved In Immune System in Some Iranian Indigenous Chicken Breeds. Research on Animal Production. 9(21), 120-128. [In Persian] [DOI:10.29252/rap.9.21.120]
4. Bai, X., Rivera-Vega, L., Mamidala, P., Bonello, P., Herms, D. A., & Mittapalli, O. (2011). Transcriptomic signatures of ash (Fraxinus spp.) phloem. PLoS One, 6(1), e16368. [DOI:10.1371/journal.pone.0016368]
5. Ballesteros, N. A., Alonso, M., Saint-Jean, S. R., & Perez-Prieto, S. I. (2015). An oral DNA vaccine against infectious haematopoietic necrosis virus (IHNV) encapsulated in alginate microspheres induces dose-dependent immune responses and significant protection in rainbow trout (Oncorrhynchus mykiss). Fish & Shellfish Immunology, 45(2), 877-888. [DOI:10.1016/j.fsi.2015.05.045]
6. Baoprasertkul, P., Xu, P., Peatman, E., Kucuktas, H., & Liu, Z. (2007). Divergent Toll-like receptors in catfish (Ictalurus punctatus): TLR5S, TLR20, TLR21. Fish & Shellfish Immunology, 23(6), 1218-1230. [DOI:10.1016/j.fsi.2007.06.002]
7. Barbier, M., Araújo, R., Rebours, C., Jacquemin, B., Holdt, S. L., & Charrier, B. (2020). Development and objectives of the PHYCOMORPH European Guidelines for the Sustainable Aquaculture of Seaweeds (PEGASUS). Botanica Marina, 63(1), 5-16. [DOI:10.1515/bot-2019-0051]
8. Barret, M., Malamut, G., Rahmi, G., Samaha, E., Edery, J., Verkarre, V., . . . Cerf-Bensussan, N. (2012). Diagnostic yield of capsule endoscopy in refractory celiac disease. Official Journal of the American College of Gastroenterology, 107(10), 1546-1553. [DOI:10.1038/ajg.2012.199]
9. Battistini, A. (2009). Interferon regulatory factors in hematopoietic cell differentiation and immune regulation. Journal of Interferon & Cytokine Research, 29(12), 765-780. [DOI:10.1089/jir.2009.0030]
10. Bekkevold, D., Helyar, S. J., Limborg, M. T., Nielsen, E. E., Hemmer-Hansen, J., Clausen, L. A., & Carvalho, G. R. (2015). Gene-associated markers can assign origin in a weakly structured fish, Atlantic herring. ICES Journal of Marine Science, 72(6), 1790-1801. [DOI:10.1093/icesjms/fsu247]
11. Bonin, A. (2008). Population genomics: a new generation of genome scans to bridge the gap with functional genomics. In: Wiley Online Library. [DOI:10.1111/j.1365-294X.2008.03854.x]
12. Cenik, C., Chua, H. N., Zhang, H., Tarnawsky, S. P., Akef, A., Derti, A., . . . Roth, F. P. (2011). Genome analysis reveals interplay between 5′ UTR introns and nuclear mRNA export for secretory and mitochondrial genes. PLoS Genetics, 7(4), e1001366. [DOI:10.1371/journal.pgen.1001366]
13. Chen, X., Wang, Q., Yang, C., Rao, Y., Li, Q., Wan, Q., . . . Su, J. (2013). Identification, expression profiling of a grass carp TLR8 and its inhibition leading to the resistance to reovirus in CIK cells. Developmental & Comparative Immunology, 41(1), 82-93. [DOI:10.1016/j.dci.2013.04.015]
14. D'Agaro, E., Gibertoni, P., & Esposito, S. (2022). Recent Trends and Economic Aspects in the Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss) Sector. Applied Sciences, 12(17), 8773. [DOI:10.3390/app12178773]
15. Davidson, W. (2012). Adaptation genomics: next generation sequencing reveals a shared haplotype for rapid early development in geographically and genetically distant populations of rainbow trout. In: Wiley Online Library. [DOI:10.1111/j.1365-294X.2011.05387.x]
16. Galván-Peña, S., Carroll, R. G., Newman, C., Hinchy, E. C., Palsson-McDermott, E., Robinson, E. K., . . . Haneklaus, M. (2019). Malonylation of GAPDH is an inflammatory signal in macrophages. Nature Communications, 10(1), 338. [DOI:10.1038/s41467-018-08187-6]
17. Ghaderzadeh, M., Rahimi Mianji, G., Nejati Javaremi, A., & Shahbazian, N. (2021). Effect of Viral Hemorrhagic Septicemia (VHS) disease on the biometric parameters in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Veterinary Researches & Biological Products, 34(1), 111-123.
18. Ghiasi, F., & Rizbandi, T. (2013). Determination of VHS virus titer in experimentally infected rainbow trout, Oncorhynchus mykiss. In 6th International Conference Water and Fish.
19. Giaquinto, P. C., & Hara, T. J. (2008). Discrimination of bile acids by the rainbow trout olfactory system: evidence as potential pheromone. Biological Research, 41(1), 33-42. [DOI:10.4067/S0716-97602008000100005]
20. Gjedrem, T., Robinson, N., & Rye, M. (2012). The importance of selective breeding in aquaculture to meet future demands for animal protein: a review. Aquaculture, 350, 117-129. [DOI:10.1016/j.aquaculture.2012.04.008]
21. Haghighi, A., Soltani, M., Kazemi, B., Sohrabi, I., & Sharifpour, I. (2007). Use of Immunohistochemical and PCR Methods in Diagnosis of Infection Haematopoietic Necrosis Disease in some Rainbow Trout Hatcheries in Iran. Pakistan Journal of Biological Sciences, 10(2), 230-234. [DOI:10.3923/pjbs.2007.230.234]
22. Houston, R. D., Taggart, J. B., Cézard, T., Bekaert, M., Lowe, N. R., Downing, A., . . . Bron, J. E. (2014). Development and validation of a high density SNP genotyping array for Atlantic salmon (Salmo salar). BMC Genomics, 15(1), 1-13. [DOI:10.1186/1471-2164-15-90]
23. Hassnvand, S., Farhadi, A., Yonesi, E., Rahimimianji, G., & Hasan Pur, K. (2024). Identification of Single-Nucleotide Polymorphisms in B3GAT2, CPQ, and HPSE Genes in the Liver Tissue of Arian Broilers with Ascites using RNA-seq Data. Research on Animal Production, 15(3), 10-19. [In Persian] [DOI:10.61186/rap.15.3.10]
24. Inkpen, S. M., Hori, T. S., Gamperl, A. K., Nash, G. W., & Rise, M. L. (2015). Characterization and expression analyses of five interferon regulatory factor transcripts (Irf4a, Irf4b, Irf7, Irf8, Irf10) in Atlantic cod (Gadus morhua). Fish & Shellfish Immunology, 44(1), 365-381. [DOI:10.1016/j.fsi.2015.02.032]
25. Jenkins, T. L., Ellis, C. D., & Stevens, J. R. (2019). SNP discovery in European lobster (Homarus gammarus) using RAD sequencing. Conservation Genetics Resources, 11(3), 253-257. [DOI:10.1007/s12686-018-1001-8]
26. Jin, S., Zhao, X., Wang, H., Su, J., Ding, C., Li, Y., & Xiao, T. (2018). Molecular characterization and expression of TLR7 and TLR8 in barbel chub (Squaliobarbus curriculus): Responses to stimulation of grass carp reovirus and lipopolysaccharide. Fish & Shellfish Immunology, 83, 292-307. [DOI:10.1016/j.fsi.2018.09.035]
27. Khoshkholgh, M., & Nazari, S. (2020). Characterization of single nucleotide polymorphism markers for the narrow-clawed crayfish Pontastacus leptodactylus (Eschscholtz, 1823) based on RAD sequencing. Conservation Genetics Resources, 12(4), 549-553. [DOI:10.1007/s12686-020-01154-8]
28. Kim, R., & Faisal, M. (2011). Emergence and resurgence of the viral hemorrhagic septicemia virus (Novirhabdovirus, Rhabdoviridae, Mononegavirales). Journal of Advanced Research, 2(1), 9-23. [DOI:10.1016/j.jare.2010.05.007]
29. Lee, P.-T., Zou, J., Holland, J. W., Martin, S. A., Kanellos, T., & Secombes, C. J. (2013). Identification and characterization of TLR7, TLR8a2, TLR8b1 and TLR8b2 genes in Atlantic salmon (Salmo salar). Developmental & Comparative Immunology, 41(2), 295-305. [DOI:10.1016/j.dci.2013.05.013]
30. Li, S., Lu, L.-F., Feng, H., Wu, N., Chen, D.-D., Zhang, Y.-B., . . . Zhang, Y.-A. (2014). IFN regulatory factor 10 is a negative regulator of the IFN responses in fish. The Journal of Immunology, 193(3), 1100-1109. [DOI:10.4049/jimmunol.1400253]
31. Li, Y., Handberg, K., Juul-Madsen, H., Zhang, M., & Jørgensen, P. H. (2007). Transcriptional profiles of chicken embryo cell cultures following infection with infectious bursal disease virus. Archives of Virology, 152, 463-478. [DOI:10.1007/s00705-006-0878-9]
32. Liu, S., Vallejo, R. L., Palti, Y., Gao, G., Marancik, D. P., Hernandez, A. G., & Wiens, G. D. (2015). Identification of single nucleotide polymorphism markers associated with bacterial cold water disease resistance and spleen size in rainbow trout. Frontiers in Genetics, 6, 298. [DOI:10.3389/fgene.2015.00298]
33. Lodish, H. F., Zhou, B., Liu, G., & Chen, C.-Z. (2008). Micromanagement of the immune system by microRNAs. Nature Reviews Immunology, 8(2), 120-130. [DOI:10.1038/nri2252]
34. McKenna, A., Hanna, M., Banks, E., Sivachenko, A., Cibulskis, K., Kernytsky, A., . . . Daly, M. (2010). The Genome Analysis Toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data. Genome Research, 20(9), 1297-1303. [DOI:10.1101/gr.107524.110]
35. Nazari, S., Jafari, V., Pourkazemi, M., Miandare, H. K., & Abdolhay, H. A. (2016). Association between myostatin gene (MSTN-1) polymorphism and growth traits in domesticated rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Agri Gene, 1, 109-115. [DOI:10.1016/j.aggene.2016.08.003]
36. Nazari, S., & Pourkazmi, M. (2021). Isolation and characterization of SNP markers of rainbow trout (Onchorhynchus mykiss Walbaum, 1792) from transcriptomic sequences. Molecular Biology Reports, 48(1), 989-995. [DOI:10.1007/s11033-020-06088-w]
37. Nehyba, J., Hrdličková, R., Burnside, J., & Bose Jr, H. R. (2002). A novel interferon regulatory factor (IRF), IRF-10, has a unique role in immune defense and is induced by the v-Rel oncoprotein. Molecular and Cellular Biology, 22(11), 3942-3957. [DOI:10.1128/MCB.22.11.3942-3957.2002]
38. Noga, E. J. (2010). Fish Disease: Diagnosis and Treatment. John Wiley & Sons. [DOI:10.1002/9781118786758]
39. OIE. (2009). Manual of diagnostic tests for aquatic animals. In: OIE Paris.
40. Olson, W., Emmenegger, E., Glenn, J., Simchick, C., Winton, J., & Goetz, F. (2013). Expression kinetics of key genes in the early innate immune response to Great Lakes viral hemorrhagic septicemia virus IVb infection in yellow perch (Perca flavescens). Developmental & Comparative Immunology, 41(1), 11-19. [DOI:10.1016/j.dci.2013.03.012]
41. Palti, Y., Gao, G., Liu, S., Kent, M., Lien, S., Miller, M., . . . Moen, T. (2015). The development and characterization of a 57 K single nucleotide polymorphism array for rainbow trout. Molecular Ecology Resources, 15(3), 662-672. [DOI:10.1111/1755-0998.12337]
42. Rausell, A., Mohammadi, P., McLaren, P. J., Bartha, I., Xenarios, I., Fellay, J., & Telenti, A. (2014). Analysis of stop-gain and frameshift variants in human innate immunity genes. PLoS Computational Biology, 10(7), e1003757. [DOI:10.1371/journal.pcbi.1003757]
43. Robledo, D., Fernández, C., Hermida, M., Sciara, A., Álvarez-Dios, J. A., Cabaleiro, S., . . . Bouza, C. (2016). Integrative transcriptome, genome and quantitative trait loci resources identify single nucleotide polymorphisms in candidate genes for growth traits in turbot. International Journal of Molecular Sciences, 17(2), 243. [DOI:10.3390/ijms17020243]
44. Sandlund, N., Gjerset, B., Bergh, Ø., Modahl, I., Olesen, N. J., & Johansen, R. (2014). Screening for viral hemorrhagic septicemia virus in marine fish along the Norwegian coastal line. PLoS One, 9(9), e108529. [DOI:10.1371/journal.pone.0108529]
45. Servantes, D. M., Pelcerman, A., Salvetti, X. M., Salles, A. F., de Albuquerque, P. F., de Salles, F. C. A., . . . Filho, J. A. O. (2012). Effects of home-based exercise training for patients with chronic heart failure and sleep apnoea: a randomized comparison of two different programmes. Clinical Rehabilitation, 26(1), 45-57. [DOI:10.1177/0269215511403941]
46. Skjesol, A., Skjæveland, I., Elnæs, M., Timmerhaus, G., Fredriksen, B. N., Jørgensen, S. M., . . . Jørgensen, J. B. (2011). IPNV with high and low virulence: host immune responses and viral mutations during infection. Virology Journal, 8, 1-14. [DOI:10.1186/1743-422X-8-396]
47. Soliman, H., & El-Matbouli, M. (2006). Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) for rapid detection of viral hemorrhagic septicaemia virus (VHS). Veterinary Microbiology, 114(3-4), 205-213. [DOI:10.1016/j.vetmic.2005.11.063]
48. Soltani, Z., Moghadam, A., Tahmasebi, A., & Niazi, A. (2023). Integrative systems biology analysis of barley transcriptome- hormonal signaling against biotic stress. PLoS One, 18(4), e0281470. [DOI:10.1371/journal.pone.0281470]
49. Suzuki, Y., Yasuike, M., Kondo, H., Aoki, T., & Hirono, I. (2011). Molecular cloning and expression analysis of interferon regulatory factor 10 (IRF10) in Japanese flounder, Paralichthys olivaceus. Fish & Shellfish Immunology, 30(1), 67-76. [DOI:10.1016/j.fsi.2010.09.010]
50. Su, J., Su, J., Shang, X., Wan, Q., Chen, X., & Rao, Y. (2015). SNP detection of TLR8 gene, association study with susceptibility/resistance to GCRV and regulation on mRNA expression in grass carp, Ctenopharyngodon idella. Fish & Shellfish Immunology, 43(1), 1-12. [DOI:10.1016/j.fsi.2014.12.005]
51. Tamura, T., Yanai, H., Savitsky, D., & Taniguchi, T. (2008). The IRF family transcription factors in immunity and oncogenesis. Annual Review of Immunology, 26, 535-584. [DOI:10.1146/annurev.immunol.26.021607.090400]
52. Walker, P. J., Dietzgen, R. G., Joubert, D. A., & Blasdell, K. R. (2011). Rhabdovirus accessory genes. Virus Research, 162(1-2), 110-125. [DOI:10.1016/j.virusres.2011.09.004]
53. Welsh, P. G., Lipton, J., Mebane, C. A., & Marr, J. C. (2008). Influence of flow-through and renewal exposures on the toxicity of copper to rainbow trout. Ecotoxicology and Environmental Safety, 69(2), 199-208. [DOI:10.1016/j.ecoenv.2007.04.003]
54. Williams, D. E. (2012). The rainbow trout liver cancer model: response to environmental chemicals and studies on promotion and chemoprevention. Comparative Biochemistry and Physiology Part C: Toxicology & Pharmacology, 155(1), 121-127. [DOI:10.1016/j.cbpc.2011.05.013]
55. Wringe, B. F., Devlin, R. H., Ferguson, M. M., Moghadam, H. K., Sakhrani, D., & Danzmann, R. G. (2010). Growth-related quantitative trait loci in domestic and wild rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). BMC Genetics, 11(1), 1-14. [DOI:10.1186/1471-2156-11-63]
56. Xu, Q., Jiang, Y., Wangkahart, E., Zou, J., Chang, M., Yang, D., . . . Wang, T. (2016). Sequence and expression analysis of interferon regulatory factor 10 (IRF10) in three diverse teleost fish reveals its role in antiviral defense. PLoS One, 11(1), e0147181. [DOI:10.1371/journal.pone.0147181]
57. Zhang, J., Li, Y.-x., & Hu, Y.-h. (2015). Molecular characterization and expression analysis of eleven interferon regulatory factors in half-smooth tongue sole, Cynoglossusásemilaevis. Fish & Shellfish Immunology, 44(1), 272-282. [DOI:10.1016/j.fsi.2015.02.033]
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
