دوره 14، شماره 39 - ( بهار 1402 )
جلد 14 شماره 39 صفحات 153-145 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Karimi M, Ghafouri-Kesbi F, Zamani P. Investigating the Impact of Dominance Genetic Effects on the Accuracy of Genomic Evaluation. rap 2024; 14 (39) :145-153
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1342-fa.html
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1342-fa.html
کریمی مسلم، غفوری کسبی فرهاد، زمانی پویا. بررسی میزان تأثیر اثرات ژنتیکی غالبیت بر صحت ارزیابی ژنومی. پژوهشهاي توليدات دامي. 1402; 14 (39) :145-153
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی سینا، همدان، ایران
چکیده: (251 مشاهده)
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: بررسی مقالات منتشر شده در حوزه انتخاب ژنومی نشان می دهد که در اکثر مطالعات انجام شده در گونه های دامی و زراعی ارزیابی ژنومی و پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی بدون در نظر گرفتن اثرات ژنتیکی غالبیت انجام شده است. در صورتیکه مطالعاتی که اخیرا انجام شده، نشان میدهند که اثرات ژنتیکی غالبیت به نحو قابل توجهی در تنوع فنوتیپی صفات تولیدی دام های اهلی مشارکت دارند. از این رو به نظر میرسد چشم پوشی از اثرات ژنتیکی غالبیت صحت ارزیابی ژنومی را تحت تاثیر قرار میدهد. در این مطالعه پیامدهای در نظر نگرفتن اثرات ژنتیکی غالبیت در مدل ارزیابی ژنومی بر صحت، میانگین مربعات خطا، اریبی و قابلیت اعتماد ارزش های اصلاحی ژنومی بررسی شد.
مواد و روش ها: ژنومی شامل 5 کروموزوم، هر کدام به طول یک مورگان و حاوی 5000 نشانگر تک نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) در سطح وراثتپذیری 0/5 شبیه سازی شد. به همه جایگاه های صفات کمی (QTLها) اثرات ژنتیکی افزایشی داده شد. توزیع های متفاوت اثرات QTL (یکنواخت، نرمال و گاما) و نیز سه سناریو از تعدادQTL به‌صورت 5، 10 و 20% از تعداد کل SNPها (به‌ترتیب 250، 500 و 1000 QTL) به‌صورت فرضیههای شبیهسازی در نظر گرفته شد. در سناریوهای مختلف به صفر، 10، 25، 50 و 100% از QTLها اثرات غالبیت داده شد. ارزش های اصلاحی ژنومی با استفاده از روش بهترین پیشبینی نااریب خطی ژنومی (GBLUP) برآرود شده و شاخص های روش LR، شامل صحت پیشبینی، میانگین مربعات خطای پیشبینی، اریبی و قابلیت اعتماد ارزش های اصلاحی برای تجزیه و تحلیل ارزش های اصلاحی حاصل از GBLUP مورد استفاده قرار گرفتند.
یافته ها: نتایج نشان داد در صورتیکه اثرات ژنتیک غالبیت در تنوع فنوتیپی صفت مشارکت داشته باشند اما در مدل ارزیابی ژنومی لحاظ نشده و به‌صورت تفکیک نشده از اثرات ژنتیکی افزایشی باقی بمانند، منجر به کاهش صحت ارزش های اصلاحی ژنومی تا حدود 25% خواهد شد. همچنین میانگین مربعات خطای پیشبینی ارزش های اصلاحی ژنومی نیز با افزایش درصد QTLهای دارای اثر غالبیت (از 0/00 به 100%) تا 60% افزایش یافت. میزان اریبی ارزش های اصلاحی ژنومی نیز تحت تاثیر چشم پوشی از اثرات غالبیت قرار گرفت و با افزایش درصد QTLهای دارای اثر غالبیت (از 0/00 به 100%) تا 36% افزایش یافت. در ضمن قابلیت اعتماد ارزش های اصلاحی ژنومی نیز به‌طور چشمگیری با افزایش درصد QTLهای دارای اثر غالبیت (از 00/00 به 100%) تا حدود 40% کاهش یافت.
نتیجه‌گیری: به‌طورکلی نتایج این تحقیق نشان داد که عدم تفکیک اثرات ژنتیکی غالبیت از اثرات ژنتیکی افزایشی منجر به برآوردهای با صحت پایین، اریب و غیرقابل اعتماد از ارزش های اصلاحی ژنومی می شود که در نهایت بازدهی انتخاب ژنومی را کاهش می دهد. بنابراین پیشنهاد می شود که به‌منظور افزایش کارایی طرح های انتخاب ژنومی، اثرات غالبیت در مدل ارزیابی ژنومی منظور شود.
مقدمه و هدف: بررسی مقالات منتشر شده در حوزه انتخاب ژنومی نشان می دهد که در اکثر مطالعات انجام شده در گونه های دامی و زراعی ارزیابی ژنومی و پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی بدون در نظر گرفتن اثرات ژنتیکی غالبیت انجام شده است. در صورتیکه مطالعاتی که اخیرا انجام شده، نشان میدهند که اثرات ژنتیکی غالبیت به نحو قابل توجهی در تنوع فنوتیپی صفات تولیدی دام های اهلی مشارکت دارند. از این رو به نظر میرسد چشم پوشی از اثرات ژنتیکی غالبیت صحت ارزیابی ژنومی را تحت تاثیر قرار میدهد. در این مطالعه پیامدهای در نظر نگرفتن اثرات ژنتیکی غالبیت در مدل ارزیابی ژنومی بر صحت، میانگین مربعات خطا، اریبی و قابلیت اعتماد ارزش های اصلاحی ژنومی بررسی شد.
مواد و روش ها: ژنومی شامل 5 کروموزوم، هر کدام به طول یک مورگان و حاوی 5000 نشانگر تک نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) در سطح وراثتپذیری 0/5 شبیه سازی شد. به همه جایگاه های صفات کمی (QTLها) اثرات ژنتیکی افزایشی داده شد. توزیع های متفاوت اثرات QTL (یکنواخت، نرمال و گاما) و نیز سه سناریو از تعدادQTL به‌صورت 5، 10 و 20% از تعداد کل SNPها (به‌ترتیب 250، 500 و 1000 QTL) به‌صورت فرضیههای شبیهسازی در نظر گرفته شد. در سناریوهای مختلف به صفر، 10، 25، 50 و 100% از QTLها اثرات غالبیت داده شد. ارزش های اصلاحی ژنومی با استفاده از روش بهترین پیشبینی نااریب خطی ژنومی (GBLUP) برآرود شده و شاخص های روش LR، شامل صحت پیشبینی، میانگین مربعات خطای پیشبینی، اریبی و قابلیت اعتماد ارزش های اصلاحی برای تجزیه و تحلیل ارزش های اصلاحی حاصل از GBLUP مورد استفاده قرار گرفتند.
یافته ها: نتایج نشان داد در صورتیکه اثرات ژنتیک غالبیت در تنوع فنوتیپی صفت مشارکت داشته باشند اما در مدل ارزیابی ژنومی لحاظ نشده و به‌صورت تفکیک نشده از اثرات ژنتیکی افزایشی باقی بمانند، منجر به کاهش صحت ارزش های اصلاحی ژنومی تا حدود 25% خواهد شد. همچنین میانگین مربعات خطای پیشبینی ارزش های اصلاحی ژنومی نیز با افزایش درصد QTLهای دارای اثر غالبیت (از 0/00 به 100%) تا 60% افزایش یافت. میزان اریبی ارزش های اصلاحی ژنومی نیز تحت تاثیر چشم پوشی از اثرات غالبیت قرار گرفت و با افزایش درصد QTLهای دارای اثر غالبیت (از 0/00 به 100%) تا 36% افزایش یافت. در ضمن قابلیت اعتماد ارزش های اصلاحی ژنومی نیز به‌طور چشمگیری با افزایش درصد QTLهای دارای اثر غالبیت (از 00/00 به 100%) تا حدود 40% کاهش یافت.
نتیجه‌گیری: به‌طورکلی نتایج این تحقیق نشان داد که عدم تفکیک اثرات ژنتیکی غالبیت از اثرات ژنتیکی افزایشی منجر به برآوردهای با صحت پایین، اریب و غیرقابل اعتماد از ارزش های اصلاحی ژنومی می شود که در نهایت بازدهی انتخاب ژنومی را کاهش می دهد. بنابراین پیشنهاد می شود که به‌منظور افزایش کارایی طرح های انتخاب ژنومی، اثرات غالبیت در مدل ارزیابی ژنومی منظور شود.
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
ژنتیک و اصلاح نژاد دام
دریافت: 1401/9/15 | ویرایش نهایی: 1402/3/9 | پذیرش: 1401/11/5 | انتشار: 1402/3/9
دریافت: 1401/9/15 | ویرایش نهایی: 1402/3/9 | پذیرش: 1401/11/5 | انتشار: 1402/3/9
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
