دوره 14، شماره 39 - ( بهار 1402 )
جلد 14 شماره 39 صفحات 130-121 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Mirzapour A, Hedayat N, Khalkhali R, Seyedsharifi R, Abdi H. Genome-Wide San for Detection of Runs of Homozygosity in Iranian Indigenous Sheep Breeds. rap 2024; 14 (39) :121-130
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1308-fa.html
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1308-fa.html
میرزاپور آبی بگلو عباس، هدایت نعمت، خلخالی رضا، سیدشریفی رضا، عبدی حسین. پویش ژنومی برای شناسایی رشته‌های هموزیگوت و ژن های موجود در این نواحی در ژنوم گوسفندان بومی ایرانی. پژوهشهاي توليدات دامي. 1402; 14 (39) :121-130
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
چکیده: (262 مشاهده)
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: گوسفند یکی از مهم‌ترین حیوانات مزرعه ای با توانایی در سازگاری به اقلیم‌های متفاوت به شمار می‌رود و در ایران نیز از تنوع نژادی زیادی برخوردار است. در نتیجه‌ی انتخاب‌های مکرر، برخی نواحی ژنومی خلوص بالایی به خود می گیرند که رشته های هوموزیگوت مشترک (ROH) نامیده می‌شوند. با بررسی این نواحی در ژنوم گوسفندان می‌توان هدف‌های انتخاب در این نژادها را دنبال و ژن‌های موجود در این نواحی را شناسایی نمود.
مواد و روش‌ها: برای این منظور، داده‌های ژنومی 28 نمونه از گوسفندان ایرانی شامل نژادهای افشار، قزل، قره‌گل، مغانی، ماکویی، بلوچی، خاکستری و شال، از پایگاه داده NCBI دریافت شد. پس از بررسی کیفی و تصحیح داده‌ها، خوانش‌های باکیفیت بالا توسط نرم‌افزار BWA به ژنوم مرجع گوسفند هم‌تراز شد و سپس واریانت‌ها شناسایی و فیلتر شدند. با استفاده از نرم‌افزار VCFtools، فایل VCF 1 با محتوی اطلاعات مرتبط با SNPها تولید شد. سپس رشته‌های هموزیگوت استخراج شده و در نهایت ژن‌های موجود در این نواحی شناسایی شدند.
یافته‌ها: براساس نتایج PCA، نمونه‌های مربوط به نژادهای ایرانی، به سه گروه تقسیم‌بندی شدند. گروه اول شامل نژادهای قره‌گل و بلوچی (KB)، گروه دوم شامل نژادهای مغانی و ماکویی (MM) و گروه سوم شامل نژادهای شال، افشاری، قزل و خاکستری (SGAG) بودند. طبق نتایج این آنالیز، در هر یک از جمعیت‌های KB، MM و SGAG به‌ترتیب 419 (52/375 ناحیه به ازای هر فرد)، 139 (23/17 ناحیه به ازای هر فرد) و 876 (62/57 ناحیه به ازای هر فرد) ناحیه ROH شناسایی شدند. علاوه بر این، 6 و 17 رشته‌ی هموزیگوت مشترک (حداقل دو نمونه)، به‌ترتیب در جمعیت‌های KB و SGAG شناسایی شدند، در حالی که در جمعیت MM هیچ ناحیه ROH مشترکی شناسایی نشد. پس از شرح‌نویسی ROHهای مشترک، به‌ترتیب 99 و 173 ژن کد کننده‌ی پروتئین در داخل این مناطق ژنومی برای جمعیت‌های KB و SGAG شناسایی شدند. نتایج آنالیز ژن آنتولوژی نشان داد که اغلب این ژن‌ها در مسیر و فرآیندهایی مانند متابولیسم انرژی و چربی (FLCN، ELOVL3، STK3، SREBF1 و NCOR1) و همچنین رشد و نمو بافت عضلانی و کیفیت گوشت (MYL6 و TMOD1) دخیل هستند.
نتیجه‌گیری: با توجه به نتایج حاصل از این مطالعه، می‌توان گفت که سطح بالایی از تنوع و آمیختگی در نژادهای گوسفند بومی ایران وجود دارد. از این ظرفیت ویژه در نژادهای گوسفند بومی می‌توان در زمینه اهداف اصلاح نژادی مختلف و تولید نژادهایی با سطح تولید مناسب استفاده کرد. از طرف دیگر، ژن‌های کاندید شناسایی شده در این تحقیق نیز زمان دست یابی به اهداف اصلاحی در این نژادها را شتاب می بخشند.
مقدمه و هدف: گوسفند یکی از مهم‌ترین حیوانات مزرعه ای با توانایی در سازگاری به اقلیم‌های متفاوت به شمار می‌رود و در ایران نیز از تنوع نژادی زیادی برخوردار است. در نتیجه‌ی انتخاب‌های مکرر، برخی نواحی ژنومی خلوص بالایی به خود می گیرند که رشته های هوموزیگوت مشترک (ROH) نامیده می‌شوند. با بررسی این نواحی در ژنوم گوسفندان می‌توان هدف‌های انتخاب در این نژادها را دنبال و ژن‌های موجود در این نواحی را شناسایی نمود.
مواد و روش‌ها: برای این منظور، داده‌های ژنومی 28 نمونه از گوسفندان ایرانی شامل نژادهای افشار، قزل، قره‌گل، مغانی، ماکویی، بلوچی، خاکستری و شال، از پایگاه داده NCBI دریافت شد. پس از بررسی کیفی و تصحیح داده‌ها، خوانش‌های باکیفیت بالا توسط نرم‌افزار BWA به ژنوم مرجع گوسفند هم‌تراز شد و سپس واریانت‌ها شناسایی و فیلتر شدند. با استفاده از نرم‌افزار VCFtools، فایل VCF 1 با محتوی اطلاعات مرتبط با SNPها تولید شد. سپس رشته‌های هموزیگوت استخراج شده و در نهایت ژن‌های موجود در این نواحی شناسایی شدند.
یافته‌ها: براساس نتایج PCA، نمونه‌های مربوط به نژادهای ایرانی، به سه گروه تقسیم‌بندی شدند. گروه اول شامل نژادهای قره‌گل و بلوچی (KB)، گروه دوم شامل نژادهای مغانی و ماکویی (MM) و گروه سوم شامل نژادهای شال، افشاری، قزل و خاکستری (SGAG) بودند. طبق نتایج این آنالیز، در هر یک از جمعیت‌های KB، MM و SGAG به‌ترتیب 419 (52/375 ناحیه به ازای هر فرد)، 139 (23/17 ناحیه به ازای هر فرد) و 876 (62/57 ناحیه به ازای هر فرد) ناحیه ROH شناسایی شدند. علاوه بر این، 6 و 17 رشته‌ی هموزیگوت مشترک (حداقل دو نمونه)، به‌ترتیب در جمعیت‌های KB و SGAG شناسایی شدند، در حالی که در جمعیت MM هیچ ناحیه ROH مشترکی شناسایی نشد. پس از شرح‌نویسی ROHهای مشترک، به‌ترتیب 99 و 173 ژن کد کننده‌ی پروتئین در داخل این مناطق ژنومی برای جمعیت‌های KB و SGAG شناسایی شدند. نتایج آنالیز ژن آنتولوژی نشان داد که اغلب این ژن‌ها در مسیر و فرآیندهایی مانند متابولیسم انرژی و چربی (FLCN، ELOVL3، STK3، SREBF1 و NCOR1) و همچنین رشد و نمو بافت عضلانی و کیفیت گوشت (MYL6 و TMOD1) دخیل هستند.
نتیجه‌گیری: با توجه به نتایج حاصل از این مطالعه، می‌توان گفت که سطح بالایی از تنوع و آمیختگی در نژادهای گوسفند بومی ایران وجود دارد. از این ظرفیت ویژه در نژادهای گوسفند بومی می‌توان در زمینه اهداف اصلاح نژادی مختلف و تولید نژادهایی با سطح تولید مناسب استفاده کرد. از طرف دیگر، ژن‌های کاندید شناسایی شده در این تحقیق نیز زمان دست یابی به اهداف اصلاحی در این نژادها را شتاب می بخشند.
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
ژنتیک و اصلاح نژاد دام
دریافت: 1401/3/17 | ویرایش نهایی: 1402/3/9 | پذیرش: 1401/5/4 | انتشار: 1402/3/9
دریافت: 1401/3/17 | ویرایش نهایی: 1402/3/9 | پذیرش: 1401/5/4 | انتشار: 1402/3/9
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
