دوره 12، شماره 34 - ( زمستان 1400 )
جلد 12 شماره 34 صفحات 147-141 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
mijahjehj dolatabady M, rahimirezaei A. (2021). Association between Single Nucleotide Ppolymorphism (SNP) in the Intronic Region of (C2239T) B4-Defensin Gene with Milk Production Traits and Somatic Cell Count in Holstein Cattle. rap. 12(34), 141-147. doi:10.52547/rap.12.34.141
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1026-fa.html
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1026-fa.html
محقق دولت آبادی مصطفی، رحیمی رضایی اعظم. ارتباط چند شکلی تک نوکلئوتیدی ناحیه اینترون (C2239T) ژن بتا4-دیفنسین با صفات تولید شیر و تعداد سلول های بدنی در گاوهای هلشتاین پژوهشهاي توليدات دامي 1400; 12 (34) :147-141 10.52547/rap.12.34.141
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران
چکیده: (1677 مشاهده)
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: دیفنسین ها پپتیدهای ضد میکروبی کوچکی هستند که نقش مهمی در ایمنـی ذاتـی به عهده دارند. از این رو، ژن های کدکننده آنها می توانند به عنوان نشانگر، در انتخاب به کمک نشانگرها، به بهبود صفت اقتصادی دام های اهلی کمک بسزایی کنند. از این رو، هدف از این تحقیق بررسی ارتباط بین چند شکلی تک نوکلئوتیدی جایگاه 2239 ناحیه اینترون ژن بتا4-دیفنسین با صفات تولید شیر و تعداد سلولهای بدنی در گاوهای هلشتاین بود.
مواد و روشها: برای این منظور، در مجموع تعداد 182 رأس گاو شیری هلشتاین انتخاب و DNA ژنومی استخراج شد. سپس، با استفاده از آغازگرهای مناسب قطعه ای به طول 393 جفت باز، در برگیرنده جهش جایگاه مورد نظر (از جایگاه 2100 الی2493 ژن بتا-4 دیفنسین به شماره دسترسی AF008307.1)، توسط تکنیک واکنش زنجیره پلی مراز تکثیر شد. سپس محصولات تکثیر شده از این ناحیه از اینترون ژن بتا4-دیفنسین توسط تکنیک تفاوت فرم فضایی رشته های منفرد (SSCPs) و متعاقبا، تعیین توالی مورد بررسی قرار گرفت. برای بررسی ارتباط بین چند شکلی تک نوکلئوتیدی با صفات تولید شیر و تعداد سلول های بدنی از رویه مدل خطی عمومی (GLM) نرمافزار SAS (نسخه 9/1) استفاده شد.
یافتهها: نتایج این پژوهش حضور سه الگوی متفاوت SSCP در جمعیت مورد بررسی را نشان داد که نتایج تعیین توالی وجود چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی جایگاه 2239 (جایگزینی C با T) در این ناحیه را تایید کرد. فراوانی ژنوتیپ‌های CC، CT و TT شناسایی شده بر اساس توالیهای بدست آمده در جمعیت مورد مطالعه به ترتیب 0/79، 0/13 و 0/08 بود. ارتباط معنی داری بین ژنوتیپ جهش جایگاه 2239 ژن بتا 4-دیفنسین و صفات تولید شیر، درصد چربی، درصد پروتئین و تعداد سلولهای بدنی در نمونههای مورد بررسی مشاهده نشد. اگرچه، تمایل نزدیک به معنی‌داری بین ژنوتیپ ها و مقدار تولید شیر مشاهده شد (0/1=p). میانگین تولید شیر و تعداد سلولهای بدنی برای ژنوتیپ TT نسبت به ژنوتیپ‌های دیگر بیشتر بود در صورتی که ژنوتیپ های CT و CC به ترتیب کمترین تولید شیر و تعداد سلول های سوماتیکی را نشان دادند.
نتیجهگیری: در این پژوهش، ارتباط معنی‌داری بین ژنوتیپ های شناسایی شده با صفات تولیدی شیر و تعداد سلول های بدنی مشاهده نشد ولی این ارتباط برای صفت مقدار تولید شیر روزانه تمایل به معنی‌داری نشان داد. همچنین نتایج نشان داد ژنوتیپ های TT و CT برای این جهش به ترتیب دارای بیشترین و کمترین مقدار تولید شیر بودند.
مقدمه و هدف: دیفنسین ها پپتیدهای ضد میکروبی کوچکی هستند که نقش مهمی در ایمنـی ذاتـی به عهده دارند. از این رو، ژن های کدکننده آنها می توانند به عنوان نشانگر، در انتخاب به کمک نشانگرها، به بهبود صفت اقتصادی دام های اهلی کمک بسزایی کنند. از این رو، هدف از این تحقیق بررسی ارتباط بین چند شکلی تک نوکلئوتیدی جایگاه 2239 ناحیه اینترون ژن بتا4-دیفنسین با صفات تولید شیر و تعداد سلولهای بدنی در گاوهای هلشتاین بود.
مواد و روشها: برای این منظور، در مجموع تعداد 182 رأس گاو شیری هلشتاین انتخاب و DNA ژنومی استخراج شد. سپس، با استفاده از آغازگرهای مناسب قطعه ای به طول 393 جفت باز، در برگیرنده جهش جایگاه مورد نظر (از جایگاه 2100 الی2493 ژن بتا-4 دیفنسین به شماره دسترسی AF008307.1)، توسط تکنیک واکنش زنجیره پلی مراز تکثیر شد. سپس محصولات تکثیر شده از این ناحیه از اینترون ژن بتا4-دیفنسین توسط تکنیک تفاوت فرم فضایی رشته های منفرد (SSCPs) و متعاقبا، تعیین توالی مورد بررسی قرار گرفت. برای بررسی ارتباط بین چند شکلی تک نوکلئوتیدی با صفات تولید شیر و تعداد سلول های بدنی از رویه مدل خطی عمومی (GLM) نرمافزار SAS (نسخه 9/1) استفاده شد.
یافتهها: نتایج این پژوهش حضور سه الگوی متفاوت SSCP در جمعیت مورد بررسی را نشان داد که نتایج تعیین توالی وجود چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی جایگاه 2239 (جایگزینی C با T) در این ناحیه را تایید کرد. فراوانی ژنوتیپ‌های CC، CT و TT شناسایی شده بر اساس توالیهای بدست آمده در جمعیت مورد مطالعه به ترتیب 0/79، 0/13 و 0/08 بود. ارتباط معنی داری بین ژنوتیپ جهش جایگاه 2239 ژن بتا 4-دیفنسین و صفات تولید شیر، درصد چربی، درصد پروتئین و تعداد سلولهای بدنی در نمونههای مورد بررسی مشاهده نشد. اگرچه، تمایل نزدیک به معنی‌داری بین ژنوتیپ ها و مقدار تولید شیر مشاهده شد (0/1=p). میانگین تولید شیر و تعداد سلولهای بدنی برای ژنوتیپ TT نسبت به ژنوتیپ‌های دیگر بیشتر بود در صورتی که ژنوتیپ های CT و CC به ترتیب کمترین تولید شیر و تعداد سلول های سوماتیکی را نشان دادند.
نتیجهگیری: در این پژوهش، ارتباط معنی‌داری بین ژنوتیپ های شناسایی شده با صفات تولیدی شیر و تعداد سلول های بدنی مشاهده نشد ولی این ارتباط برای صفت مقدار تولید شیر روزانه تمایل به معنی‌داری نشان داد. همچنین نتایج نشان داد ژنوتیپ های TT و CT برای این جهش به ترتیب دارای بیشترین و کمترین مقدار تولید شیر بودند.
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
ژنتیک و اصلاح نژاد دام
دریافت: 1398/4/15 | ویرایش نهایی: 1400/11/16 | پذیرش: 1400/7/18 | انتشار: 1400/11/13
دریافت: 1398/4/15 | ویرایش نهایی: 1400/11/16 | پذیرش: 1400/7/18 | انتشار: 1400/11/13
فهرست منابع
1. Ashwell, M.S., C.P. Van Tassell and T.S. Sonstegard. 2001. A genome scan to identify quantitative trait loci affecting economically important traits in a US Holstein population. Journal of Dairy Science, 11: 2535-2542. [DOI:10.3168/jds.S0022-0302(01)74705-4]
2. Bagnicka, E., N. Strzałkowska, A. Jozwik, J. Krzyzewski, J. Horbanczuk and L. Zwierzchowski. 2008. A/C polymorphism in the β-4 defensin gene and its association with phenotypic and breeding values of milk production traits in Polish-Friesian cows. Animal Science Papers and Reports, 26(4): 239-250.
3. Bagnicka, E., N. Strzalkowska, K.Flisikowski, T. Szreder, A. Jozwik, B. Prusak, J. Krzyzewski and L. Zwierzchowski. 2007. The polymorphism in the β4-defensin gene and its association with production and somatic cell count in Holstein-Friesian cows. Animal Breeding and Genetics, 124(3): 150-156. [DOI:10.1111/j.1439-0388.2007.00649.x]
4. Circo, R., B. Skerlavaj, R Gennaro, A. Amoroso and M. Zanetti. 2002. Structural and functional characterization of hbd-1(ser35), a peptide deduced from a defb1 polymorphism. Biochemical and Biophysical research communications, 293: 586-592. [DOI:10.1016/S0006-291X(02)00267-X]
5. Gurao, A., R.S. Kataria, R. Singh, R.D. Kumar, S.K. Mishra and S.K. Kashyap. 2018. Association analysis of differential expression of beta defensins with mastitis in indicine dairy cattle. Indian Journal of Dairy Science, 71(5): 534-537.
6. Heringstad, B., D. Gianola, Y.M. Chang, J. Ødegard and G. Klemetsdal. 2006. Genetic associations between clinical mastitis and somatic cell score in early first-lactation cows. Journal of Dairy Science, 89: 2236-2244. [DOI:10.3168/jds.S0022-0302(06)72295-0]
7. Krzyzewski, J., E. Bagnicka, N. Strzałkowska, A. Jozwik, B. Pyzel and L. Zwierzchowski. 2008. Association between the polymorphism of bovine β4-defensin gene and milk traits in Holstein-Friesian cows as computed for standard (305 days) and the whole lactation. Animal Science Papers and Reports, 26: 191-198.
8. Lehrer, R.I. and T. Ganz. 1999. Antimicrobial peptides in mammalian and insect host defense. Current Opinion in Immunology, 11: 23-27. [DOI:10.1016/S0952-7915(99)80005-3]
9. Littlejohn, M.D., K. Tiplady, T. Lopdell, T.A. Law, A. Scott, C. Harland and R.G. Snell. 2014. Expression variants of the lipogenic AGPAT6 gene affect diverse milk composition phenotypes in Bos taurus. PloS One, 9(1): e85757 [DOI:10.1371/journal.pone.0085757]
10. Meredith, B.K., D.P. Berry, F. Kearney, E.K. Finlay, A.G. Fahey, D.C. Bradley and D.J. Lynn. 2013. A genome-wide association study for somatic cell score using the Illumina high-density bovine beadchip identifies several novels QTL potentially related to mastitis susceptibility. Frontiers in Genetics, 4: 229. [DOI:10.3389/fgene.2013.00229]
11. Meuwissen, T. 2003. Genomic selection: the future of marker assisted selection and animal breeding. Electronic Forum on Biotechnology in Food and Agriculture: Conference 10, workshop "Marker assisted selection: A fast track to increase genetic gain in plant and animal breeding?", Session II: MAS in animals, 17-18 October, Turin, Italy http://www.fao.org/biotech/torino.htm
12. Mookherjee, N. and R.E. Hancock. 2007. Cationic host defense peptides innate immune regulatory peptides as a novel approach for treating infections. Cellular and Molecular Life Sciences, 64: 922-933. [DOI:10.1007/s00018-007-6475-6]
13. Muhaghegh-Dolatabady, M. 2014. Single nucleotide polymorphism in the promoter region of bovine interleukin 8 genes and its association with milk production traits and somatic cell score of Holstein cattle in Iran. Iranian Journal of Biotechnology, 12(3): 36-41. [DOI:10.15171/ijb.1016]
14. Muhaghegh-Dolatabady, M. and A. Rahimi Rezaei. 2018. Sequence characterization in 3′-flanking region of bovine TNF-α: association with milk production traits and somatic cell score in Holstein cattle of Iran. Iranian Journal of Biotechnology, 16(1): 81-84. [DOI:10.21859/ijb.1195]
15. O'brien, S.J., J.E. Womack, L.A. Lyons, K.J. Moore, N.A. Jenkins and N.G. Copeland. 1993. Anchored reference loci for comparative genome mapping in mammals. Nature Genetics, 3: 103-112. [DOI:10.1038/ng0293-103]
16. Ramesha, K.P., D. Sandeep, M.A. Kataktalware, B.C. Saravanan, R. Pourouchottamane, J. Rajkhowal, and M Sarkar. 2010. Association of polymorphism of defensin genes with milk somatic cell count in yaks and related species. Indian Journal of Animal Sciences, 80(2): 181-182.
17. Ryniewicz, Z., L. Zwierzchowski, E. Bagnicka, I.J. Krzyzewsk and N. Strzalkowska. 2002. Preliminary investigations on the polymorphysm of defensin Genes in cattle. Animal Science Papers and Reports, 20: 125-131.
18. Ryniewicz, Z., L. Zwierzchowski, E. Bagnicka, K. Flisikowski, A. Maj, J. Krzyżewski and N. Strzałkowska. 2003. Association of the polymorphism at defensin gene loci with dairy production traits and milk somatic cell count in Black-and-White cows. Animal Science Papers and Reports, 21: 209-222.
19. Sangwan, M.L. 2011. Characterization of β4-defensin gene and its association with mastitis in Murrah buffaloes. Ph.D. Dissertation. Lala Lajpat Rai University of Veterinary & Animal Sciences, Hisar. India
20. SAS. 2005. Statistics analysis systems user's Guide. Release 9.1. SAS Institute Inc., Cary, North Carolina, USA.
21. Stone, R.T., E. Case, T.P. Smith, J.W. Keele, G. Harhay, G.L. Bennet, M. Koohmaraie, T.L. Wheler, S.D. Shackelford and W.M. Snelling. 2005. Identification of genetic markers for fat deposition and meat tenderness on bovine chromosome 5: Development of Low- density single nucleotide polymorphism map. Journal of Animal Science, 83: 2280-2288. [DOI:10.2527/2005.83102280x]
22. Tetens, J., J.J. Friedrich, A. Hartmann, M. Schwerin E. Kalm and G. Thaller. 2010. The spatial expression pattern of antimicrobial peptides across the healthy bovine udder. Journal of Dairy Science, 93: 775-783. [DOI:10.3168/jds.2009-2729]
23. Wojdak‐Maksymiec, K., M. Kmieć and A. Zukiewicz. 2006. Associations between defensin polymorphism and somatic cell count in milk and milk utility traits in Jersey dairy cows. Transboundary and Emerging Diseases, 53(10): 495-500. [DOI:10.1111/j.1439-0442.2006.00899.x]
24. Wojdak-Maksymiec, K., T. Strabel, J. Szyda and K. Mikolajczyk. 2012. Clinical mastitis and combined defensin polymorphism in dairy cattle. Animal and Veterinary Advances, 11: 2230-2237. [DOI:10.3923/javaa.2012.2230.2237]
25. Zakizadeh, S., M.J. Hashemi, R. Vakili and M. Ghods Rohani. 2016. The influence of two polymorphic sites of PPARGC1α gene on milk production traits in Brown Swiss cattle. Research on Animal Production, 7(14): 149-156 (In Persian). [DOI:10.29252/rap.7.14.156]
26. Yudin, N.S. and M.I. Voevoda. 2015. Molecular genetic markers of economically important traits in dairy cattle. Russian Journal of Genetics, 51(5): 506-517. [DOI:10.1134/S1022795415050087]
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
