دوره 10، شماره 26 - ( زمستان 1398 )
جلد 10 شماره 26 صفحات 112-104 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Vafaye Valleh M, Shahdadi Sardo S. (2019). PCR-SSCP Analysis of Genetic Variation in DNMT Gene Family in Holstein Cattle. rap. 10(26), 104-112. doi:10.29252/rap.10.26.104
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1003-fa.html
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1003-fa.html
وفای واله مهدی، شهدادی ساردو سجاد. بررسی تنوع ژنتیکی در ژن‌های خانواده DNMT در گاو‌های نژاد هلشتاین با تکنیک PCR-SSCP پژوهشهاي توليدات دامي 1398; 10 (26) :112-104 10.29252/rap.10.26.104
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران
چکیده: (3156 مشاهده)
ژن‌های خانواده DNA متیلترانسفراز (DNMTs) بواسطه نقش کلیدی در شکل‌گیری و ابقاء الگوهای اپی‌ژنتیکی، اهمیت بالایی در کنترل تکوین و رشد و نمو جنینی از مرحله لقاح تا دوران پس از تولد دارند. مطالعه حاضر بهمنظور شناسایی جهش‌های بالقوه در اگزون 33 ژن DNMT-1، اینترون 4 ژن DNMT-3a و اینترون 3 ژن DNMT-3b و ارتباط آن‌ها با وزن تولد در گاو‌های نژاد هلشتاین صورت گرفت. خون گیری بهطور تصادفی از تعداد 60 رأس گاو هلشتاین دارای رکورد وزن تولد تا بلوغ از یک گاوداری صنعتی در استان کرمان انجام شد. استخراج نمونه‌های DNA با استفاده از روش فنلکلروفرم انجام گرفت و جایگاه‌های هدف با استفاده از پرایمر‌های اختصاصی توسط واکنش‌های زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) تکثیر شدند. بهمنظور ردیابی چند‌شکلی در توالی‌های هدف از تکنیک چند‌شکلی ساختار فضایی رشته‌های منفرد (SSCP) و رنگآمیزی با نیتراتنقره استفاده شد. نتایج این مطالعه حاکی از عدم وقوع جهش در تمامی جایگاه‌های مورد مطالعه بود، بطوری که در تمام نمونه‌های مورد بررسی، بر اساس اندازه قطعه مورد بررسی، الگوی باندی یکسانی شناسائی شد. عدم شناسائی وجود چند‌شکلی در نواحی مورد بررسی، احتمالاً ممکن است بهدلایلی نظیر ناکارآمدی نسبی تکنیک PCR-SSCP در شناسائی جهش‌ها، کوچکبودن اندازه نمونه‌های مورد بررسی، پیامدهای تصادفی ناشی از رانش ژنی و یا تاثیر انتخاب مصنوعی و یا طبیعی بر علیه وقوع جهش در نواحی مزبور باشد. بنابراین، نواحی ژنی مورد بررسی در این تحقیق بهعنوان نشانگر مولکولی برای ارزیابی صفت وزن تولد در گاو‌های هلشتاین فاقد کارائی هستند.
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
ژنتیک و اصلاح نژاد دام
دریافت: 1398/1/24 | ویرایش نهایی: 1398/11/23 | پذیرش: 1398/6/23 | انتشار: 1398/11/1
دریافت: 1398/1/24 | ویرایش نهایی: 1398/11/23 | پذیرش: 1398/6/23 | انتشار: 1398/11/1
فهرست منابع
1. Akbari, H., G. Dashab, M. Vafaye Valleh. 2018. Exploration of MEG9 gene polymorphism and its association with birth weight in Sistani cattle. Research on Animal Production, 8 (17): 194-200. [DOI:10.29252/rap.8.17.194]
2. Biniszkiewicz, D., J. Gribnau, B. Ramsahoye, F. Gaudet, K. Eggan, D. Humpherys and R. Jaenisch. 2002. Dnmt1 overexpression causes genomic hypermethylation, loss of imprinting, and embryonic lethality. Molecular and Cellular Biology, 22(7): 2124-2135. [DOI:10.1128/MCB.22.7.2124-2135.2002]
3. Boligon, A.A., M.E.Z. Mercadante, S. Forni, R.B. Lobo and L.G.D. Albuquerque. 2010. Covariance functions for body weight from birth to maturity in Nellore cows. Journal of Animal Science, 88(3): 849-859. [DOI:10.2527/jas.2008-1511]
4. Cheng, P., H. Chen, R.P. Zhang, S.R. Liu and A. Zhou-Cun. 2014. Polymorphism in DNMT1 may modify the susceptibility to oligospermia. Reproductive Biomedicine Online, 28(5): 644-649. [DOI:10.1016/j.rbmo.2014.01.003]
5. Daraei, A., R. Salehi and F. MohamadHashem. 2011. DNA-methyltransferase 3B 39179 G> T polymorphism and risk of sporadic colorectal cancer in a subset of Iranian population. Journal of Research in Medical Sciences: The Official Journal of Isfahan University of Medical Sciences, 16(6): 807.
6. Dawson, W.M., R.W. Phillips and W.H. Black. 1947. Birth weight as a criterion of selection in beef cattle. Journal of Animal Science, 6(3): 247-257. [DOI:10.2527/jas1947.63247x]
7. Delaval, K. and R. Feil, 2004. Epigenetic regulation of mammalian genomic imprinting Current Opinion in Genetics and Development, 14(2): 188-195. [DOI:10.1016/j.gde.2004.01.005]
8. Denis, H., M.N. Ndlovu and F. Fuks. 2011. Regulation of mammalian DNA methyltransferases: a route to new mechanisms. EMBO Reports, 12: 647-656. [DOI:10.1038/embor.2011.110]
9. Farias, L.C., C.A. De Carvalho Fraga, M.V.M. De Oliveira, T.F. Silva, L. Marques-Silva, P.R. Moreira and A.L.S. Guimarães. 2010. Effect of age on the association between p16CDKN2A methylation and DNMT3B polymorphism in head and neck carcinoma and patient survival. International Journal of Oncology, 37(1): 167-176. [DOI:10.3892/ijo_00000664]
10. Fan, H., D.S. Liu, S.H. Zhang, J.B. Hu, F. Zhang and Z.J. Zhao. 2008. DNMT3B 579 G>T promoter polymorphism and risk of esophagus carcinoma in Chinese. World Journal of Gastroenterology, 14(14): 2230. [DOI:10.3748/wjg.14.2230]
11. Golding, M.C., G.L. Williamson, T.K. Stroud, M.E. Westhusin and C.R. Long. 2011. Examination of DNA methyltransferase expression in cloned embryos reveals an essential role for Dnmt1 in bovine development. Molecular Reproduction and Development, 78(5): 306-317. [DOI:10.1002/mrd.21306]
12. Feeney, A., E. Nilsson and M.K. Skinner. 2014. Epigenetics and transgenerational inheritance in domesticated farm animals. Journal of animal science and biotechnology, 5(1): 48-55. [DOI:10.1186/2049-1891-5-48]
13. Goll, M.G. and T.H. Bestor. 2005. Eukaryotic cytosine methyltransferases. Annual Review of Biochemistry, 74: 481-514. [DOI:10.1146/annurev.biochem.74.010904.153721]
14. Guo, X., X. Liu, X. Xu, M. Wu, X. Zhang, Q. Li and Y. Yu. 2012. The expression levels of DNMT3a/3b and their relationship with meat quality in beef cattle. Molecular Biology Reports, 39: 5473-5479. [DOI:10.1007/s11033-011-1349-2]
15. Haggarty, P., G. Hoad, S.E. Harris, J.M. Starr, H.C. Fox, I.J. Deary and L.J. Whalley. 2010. Human intelligence and polymorphisms in the DNA methyltransferase genes involved in epigenetic marking. PloS One, 5(6): e11329. [DOI:10.1371/journal.pone.0011329]
16. Haggarty, P., G. Hoad, G.W. Horgan, D.M. Campbell. 2010. DNA methyltransferase candidate polymorphisms, imprinting methylation, and birth outcome. PloS One, 8(7): e68896. [DOI:10.1371/journal.pone.0068896]
17. Hayashi, K. and D.W. Yandell. 1993. How sensitive is PCR‐SSCP?. Human Mutation, 2(5): 338-346. [DOI:10.1002/humu.1380020503]
18. Johanson, J.M., P.J. Berger, S. Tsuruta and I. Misztal. 2011. A Bayesian threshold-linear model evaluation of perinatal mortality, dystocia, birth weight, and gestation length in a Holstein herd. Journal of Dairy Science, 94(1): 450-460. [DOI:10.3168/jds.2009-2992]
19. Kamei, Y., T. Suganami, T. Ehara, S. Kanai, K. Hayashi, Y. Yamamoto and Y. Ogawa. 2010. Increased expression of DNA methyltransferase 3a in obese adipose tissue: studies with transgenic mice. Obesity, 18: 314-321. [DOI:10.1038/oby.2009.246]
20. Khatami, F., B. Noorinayer, S.R. Mohebi, S. Ghiasi, R. Mohebi, M. Hashemi and M. Zali. 2009. Effects of amino acid substitution polymorphisms of two DNA methyltransferases on susceptibility to sporadic colorectal cancer. Asian Pac J Cancer Prev, 10: 1183-1188.
21. Konstantinos, K.V., P. Panagiotis, V.T. Antonios, P. Agelos and N.V. Argiris. 2008. PCR-SSCP: A method for the molecular analysis of genetic diseases. Molecular biotechnology, 38(2): 155-163. [DOI:10.1007/s12033-007-9006-7]
22. Kristensen, T.N., A.A. Hoffmann, C. Pertoldi and A.V. Stronen. 2015. What can livestock breeders learn from conservation genetics and vice versa? Frontiers in genetics, 6: 38-50. [DOI:10.3389/fgene.2015.00038]
23. Kulis, M. and M. Esteller. 2010. DNA methylation and cancer. Advances in Genetics, 70: 27-56. [DOI:10.1016/B978-0-12-380866-0.60002-2]
24. Lan, X., E.C. Cretney, J. Kropp, K. Khateeb, M.A. Berg, F. Peñagaricano, R. Magness, A.E. Radunz and H. Khatib. 2013. Maternal diet during pregnancy induces gene expression and DNA methylation changes in fetal tissues in sheep. Frontiers in genetics, 4: 49. [DOI:10.3389/fgene.2013.00049]
25. Liu, X., X.Y. Guo, X.Z. Xu, M. Wu, X. Zhang, Q. Li and C.H. Qin. 2012. Novel single nucleotide polymorphisms of the bovine methyltransferase 3b gene and their association with meat quality traits in beef cattle. Genetics and Molecular Research, 11: 2569-2577. [DOI:10.4238/2012.June.29.1]
26. Liu, X., T. Usman, Y. Wang, Z.Wang, X. Xu, M. Wu, Y. Zhang, X. Zhang, Q. Li, L. Liu, and W. Shi. 2015. Polymorphisms in epigenetic and meat quality related genes in fourteen cattle breeds and association with beef quality and carcass traits. Asian-Australasian journal of animal sciences, 28(4): 467-475. [DOI:10.5713/ajas.13.0837]
27. Meijering, A. 1984. Dystocia and stillbirth in cattle-A review of causes, relations and implications Livestock Production Science, 11(2): 143-177. [DOI:10.1016/0301-6226(84)90057-5]
28. Mmereole, F.U. and J.I. Obinne. 2010. Relationship of the body weight and linear measurements of the west African Dwarf (WAD) sheep under the humid environment of Nigeria. Agricultura Tropica et Subtropica, 43(1): 64-67.
29. Okano, M., D.W. Bell, D.A. Haber and E. Li. 1999. DNA methyltransferases Dnmt3a and Dnmt3b are essential for de novo methylation and mammalian development. Cell, 99: 247-257. [DOI:10.1016/S0092-8674(00)81656-6]
30. Olson, K.M., B.G. Cassell, A.J. McAllister and S.P. Washburn 2009. Dystocia, stillbirth, gestation length, and birth weight in Holstein, Jersey, and reciprocal crosses from a planned experiment. Journal of Dairy Science, 92(12): 6167-6175. [DOI:10.3168/jds.2009-2260]
31. Seidel, C.C. Florean, M. Schnekenburger, M. Dicato and M. Diederich. 2012. Chromatin-modifying agents in anti-cancer therapy. Biochemistry, 94: 2264-2279. [DOI:10.1016/j.biochi.2012.05.012]
32. Shariat, M., Gh.R. Dashab and M. Vafaye valleh. 2019. Comparison of evolutionary and phylogenetic processes of the nucleotide sequence of the hvr1 mitochondrial genome in goat and other animal species. Journal of Animal Production Research, 10(23): 133-143 (In Persian). [DOI:10.29252/rap.10.23.133]
33. Sunnucks, P., A.C.C. Wilson, L.B. Beheregaray, K. Zenger, J. French, and A.C. Taylor, 2000. SSCP is not so difficult: the application and utility of single-stranded conformation polymorphism in evolutionary biology and molecular ecology. Molecular ecology, 9(11): 1699-1710. [DOI:10.1046/j.1365-294x.2000.01084.x]
34. Tian, F., F. Zhan, N.D. VanderKraats, J.F. Hiken, J.R. Edwards, H. Zhang, K. Zhao and J. Song. 2013. DNMT gene expression and methylome in Marek's disease resistant and susceptible chickens prior to and following infection by MDV. Epigenetics, 8(4): 431-444. [DOI:10.4161/epi.24361]
35. Triantaphyllopoulos, K.A., I. Ikonomopoulos and A.J. Bannister. 2016. Epigenetics and inheritance of phenotype variation in livestock. Epigenetics and Chromatin, 9(1): 31. [DOI:10.1186/s13072-016-0081-5]
36. Xiang, G., F. Zhenkun, C. Shuang, Z. Jie, Z. Hua, J. Wei, P. Da and L. Dianjun. 2010. Association of DNMT1 gene polymorphisms in exons with sporadic infiltrating ductal breast carcinoma among Chinese Han women in the Heilongjiang Province. Clinical Breast Cancer, 10: 373-377. [DOI:10.3816/CBC.2010.n.049]
37. Ye, C., A. Beeghly-Fadiel, W. Lu, J. Long, X.O. Shu, Y.T. Gao, W. Zheng and Q. Cai. 2010. Two-stage case-control study of DNMT-1 and DNMT-3B gene variants and breast cancer risk. Breast Cancer Research and Treatment, 121: 765-769. [DOI:10.1007/s10549-009-0569-9]
38. Zhong, X., Y. Peng, C. Yao, Y. Qing, Q. Yang, X. Guo, W. Xie, M. Zhao, X. Cai and J.G. Zhou. 2016. Association of DNA methyltransferase polymorphisms with susceptibility to primary gouty arthritis. Biomedical Reports, 5: 467-472. [DOI:10.3892/br.2016.746]
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
