دوره 7، شماره 14 - ( پاییز و زمستان 1395 )                   جلد 7 شماره 14 صفحات 180-185 | برگشت به فهرست نسخه ها


XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

(2016). Analysis of Genetic Diversity in Fars Native Chicken Based on Partial Mitochondrial DNA D-loop Region Sequences. Res Anim Prod. 7(14), 185-180. doi:10.29252/rap.7.14.185
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-708-fa.html
نیکوبین بروجنی مهسا، پیرانی نصرالله، رفیعی بروجنی فریبا. ارزیابی تنوع ژنتیکی مرغان بومی فارس بر مبنای توالی‌یابی بخشی از ناحیه D-loop ژنوم میتوکندری پژوهشهاي توليدات دامي 1395; 7 (14) :180-185 10.29252/rap.7.14.185

URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-708-fa.html


چکیده:   (4743 مشاهده)

  طیور بومی به عنوان ذخایر ژنتیکی ملی مطرح هستند و نگهداری آن‌ها از نظر حفظ تنوع زیستی بسیار با ‌‌اهمیت است. بررسی ژنوم میتوکندری در یک نژاد و مقایسه آن با سایر نژادها می‌تواند شاخص مناسبی از میزان تنوع موجود در آن جمعیت را ارائه دهد. این پژوهش با هدف تعیین توالی بخش بسیار متغیر 1(HVR-I)  از ناحیه D-loop ژنوم میتوکندری مرغ بومی فارس صورت گرفت. به این منظور از تعداد 20 قطعه مرغ بومی فارس به­طور تصادفی خون‌گیری انجام شد. پس از استخراج DNA از خون کامل، ناحیه HVR-I با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر و سپس توالی‌یابی شد. در کل 12 عدد توالی با کیفیت مناسب به دست آمد. بعد از تجزیه و تحلیل توالی­ها، تعداد 3 هاپلوتیپ از بین توالی‌های مورد بررسی مشخص شد که دارای 5 جایگاه چند شکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) بودند. این تغییرات به­طور عمده از نوکلئوتیدهای شماره 217 تا 446 مشاهده شدند. درخت فیلوژنی پس از اخذ توالی‌های مشابه ژنوم میتوکندری دیگر نژادهای موجود در بانک جهانی ژن ترسیم شد. نتایج فیلوژنی مشخص کرد که مرغان بومی فارس با مرغان بومی کشور آذربایجان، لگهورن سفید، مرغ ابریشمی، مرغ جنگلی خاکستری (سونراتی)، پلیموت راک پر‌خط‌دار، مرغ بومی مرندی و مازندرانی ایران در یک دسته قرار دارند. بنابراین می‌توان نتیجه‌گیری کرد که مرغ فارس ممکن است دارای برخی شباهت‌های ژنتیکی با این نژادها باشد.

متن کامل [PDF 311 kb]   (1849 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: تخصصي
دریافت: 1395/10/1 | پذیرش: 1395/10/1

فهرست منابع
1. Anderson, S.A.T., G. Bankier, M. Barrell, A. De Bruijn, J. Couson, I. Drouin, B. Nierlich, F. Roe, PH. Sanger and Young I.G. 1981. Sequence and organization of the human mitochondrial genome. Nature, 290: 457-465. [DOI:10.1038/290457a0]
2. Bailes, S.M., J.J. Devers, J.D. Kirby and D.D. Rhoads. 2007. An expensive, simple protocol for DNA isolation from blood for high-throughput genotyping by polymerase chain reaction or restriction endonuclease digestion. Poultry Science, 86: 102-106. [DOI:10.1093/ps/86.1.102]
3. Desjardins, P. and R. Morais. 1990. Sequence and gene organization of the chicken mitochondrial genome. A novel gene order in higher vertebrates. Journal of Molecular Biology, 212: 599-634. [DOI:10.1016/0022-2836(90)90225-B]
4. Elyasi Zarringhabaie, G.H., N. Pirany and A. Javanmard. 2011. Molecular traceability of the species origin of meats using multiplex PCR. African Journal of Biotechnology, 10: 15461-16465. [DOI:10.5897/AJB11.1250]
5. Excoffier, L., G. Laval and S. Schneider. 2005. Arlequin version 3.0: an integrated software package for population genetics data analysis. Evolutionary Bioinformatics Online, 1: 47-50. [DOI:10.1177/117693430500100003]
6. Fumihito, A., T. Miyake, S. Sumi, M. Takada, S. Ohno and N. Kondo. 1994. One subspecies of the red jungle fowl (Gallus gallus gallus) suffices as the matriarchic ancestor of all domestic breeds. National Academy of Sciences of the United States of America, 91: 12505-12509. [DOI:10.1073/pnas.91.26.12505]
7. Guha, S., S.P. Goyal and V.K. Kashyap. 2006. Genomic variation in the mitochondrially encoded cytochorome b and 12s RNA genes. Characterization of eight endsngered pecorn species. Animal Genetics, 37: 262-265. [DOI:10.1111/j.1365-2052.2006.01421.x]
8. Hall, TA. 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 4: 95-98.
9. Mohammadipestebik, F., N. Pirany, J. Shodja and A. Mohammadhashemi. 2011. Determination the mtDNA D-loop Sequence in Marandi Native Chicken Population and Its Phylogenic Relationships with Other Breeds. Research Journal of Animal Science, 21: 1-9 (In Persian).
10. Norollahi, H. and M.A. Kamali. 2011. A survey on performance of native poultry in rural areas of Fars. Animal Sciences Journal (Pajouhesh & Sazandegi), 95: 8-12 (In Persian).
11. Oka, T., Y. Ino, K. Nomura, S. Kawashima, T. Kuwayama, H. Hanada, T. Amano, M. Takada, N. Takahata, Y. Hayashi and F. Akishinonomi-ya. 2007. Analysis of mtDNA sequences shows Japanese native chickens have multiple origins. Animal Genetics, 38: 287-293. [DOI:10.1111/j.1365-2052.2007.01604.x]
12. Pirany, N., A. Mohammadhashemi, S. Alijani, R. Rezazadeh Goli and S. Ghanbari. 2010. Molecular Analysis of Mazandrani native chicken population based on HVR-I region of Mitochondrial DNA Journal of Agricultural Biotechnology, 1: 53-65 (In Persian).
13. Silva, P., X. Guan, O. Ho-Shing, J. Jones, J. Xu, D. Hui, D. Notter and Smith E. 2008. Mitochondrial DNA-based analysis of genetic variation and relatedness among Sri Lankan indigenous chickens and the Ceylon jungle fowl (Gallus lafayetti). Animal Genetics, 40: 1-9. [DOI:10.1111/j.1365-2052.2008.01783.x]
14. Sultana, S. and H. Mannen. 2004. Polymorphism and evolutionary profile of mitochondrial DNA control region inferred from the sequences of Pakistani goats. Animal Science Journal, 75: 303-309. [DOI:10.1111/j.1740-0929.2004.00190.x]
15. Tamura, K., J. Dudley, M. Nei and S. Kumar. 2007. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution, 24: 1596-1599. [DOI:10.1093/molbev/msm092]
16. Wallce, D.C. 1992. Mitochondrial genetics a paradigm for aging and degenerative diseases. Science, 256: 628-632. [DOI:10.1126/science.1533953]
17. Yacoub, H.A. and M.M. Fathi. 2013. Phylogenetic analysis using D-loop marker of mtDNA of Saudi native c

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به پژوهشهای تولیدات دامی می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2025 CC BY-NC 4.0 | Research On Animal Production

Designed & Developed by : Yektaweb