پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
چکیده: (80 مشاهده)
مقدمه و هدف: انتخاب طبیعی و مصنوعی در جهت افزایش فراوانی آلل‌های مطلوب در جمعیت‌های حیوانی، سبب برجای ماندن برخی نشانه‌ها در ژنوم حیوانات میشود که معمولاً با صفات مهمی در ارتباط هستند. امروزه با پیشرفت توالی‌یابی نسل جدید و دسترسی آسان‌تر به اطلاعات ژنومی حیوانات، مدل‌هایی برای شناسایی نشانه‌های انتخاب بر پایه فراوانی آللی و طول هاپلوتیپی ارائه شده است. در این پژوهش نشانه‌های انتخاب متمایزکننده دو جمعیت اسب نژاد کرد و کاسپین با استفاده از تراشه k۷۰ مورد بررسی قرار گرفت.
مواد و روشها: در این تحقیق از ۳۵ راس اسب نژاد کاسپین و ۳۱ راس اسب نژاد کردی نمونه خون جمع‌آوری شد. پس از استخراج DNA و تعیین توالی ( توسط شرکت ایلومینا) کنترل کیفی دادهها برای فراوانی آلل حداقل )01/0PMAF< ( و نرخ تعیین ژنوتیپ )05/0 (PGENO< و انحراف از تعادل هاردی-واینبرگ) 6- ۱۰×۱ PH-W< ) انجام شد. سپس این کنترل کیفی با استفاده از آزمون تتا (θ) انجام شد و با استفاده از سایت Ensemble به شناسایی جایگاههای SNPها پرداخته و در نهایت ژنهای مرتبط با این جایگاهها مشخص شد.
یافته ها: پس از انجام کنترل کیفیت داده‌های ژنومی و ادغام اطلاعات دو جمعیت بر اساس بسته نرم افزاری R درنهایت ۶۱ اسب با ۵۲۶۵۰ SNP برای ادامه آنالیزها انتخاب شد. در این پژوهش از آزمون‌های آماری Fst به روش براوردگر نااریب تتا(θ) جهت شناسایی تمایز دو جمعیت استفاده و در نهایت تعداد ۳۱ نشانگر متمایزکننده دو نژاد شناسایی شد.
نتیجه گیری: ﻧﺘﺎیﺞ نشان داد ﮐﻪ دو ﻧﮋاد اﺳﺐ ﮐﺎﺳﭙﯿﻦ و اﺳﺐ ﮐﺮد در دو دﺳﺘﻪ ﺟﺪاﮔﺎﻧﻪ ﻗﺮار دارﻧﺪ. ﻧﮋاد اﺳﺐ ﮐﺮدی دارای ﺗﻨﻮع و ﭘﺮاﮐﻨﺪﮔﯽ ﺑﯿﺸﺘﺮی ﻧﺴﺒﺖ ﺑﻪ اﺳب ﮐﺎﺳﭙﯿﻦ است از مهم‌ترین ژنهای شناسایی‌شده مرتبط با جایگاههای معنی‌دار ژنهای INPP5F، HPSE2، R3HCC1، DOCK3،ITGB6 ، GM6B، PHEX، WDR13، LRCH2، GRIA3، THOC2 بود. بیشتر ژنهای شناسایی‌شده در این پژوهش با تبادلات بین سلولی، انقباضات ماهیچه‌ای، ایمنی، پشتیبانی غشا پایه، پایداری DNA، سیستم عصبی در ارتباط بودند.
مواد و روشها: در این تحقیق از ۳۵ راس اسب نژاد کاسپین و ۳۱ راس اسب نژاد کردی نمونه خون جمع‌آوری شد. پس از استخراج DNA و تعیین توالی ( توسط شرکت ایلومینا) کنترل کیفی دادهها برای فراوانی آلل حداقل )01/0PMAF< ( و نرخ تعیین ژنوتیپ )05/0 (PGENO< و انحراف از تعادل هاردی-واینبرگ) 6- ۱۰×۱ PH-W< ) انجام شد. سپس این کنترل کیفی با استفاده از آزمون تتا (θ) انجام شد و با استفاده از سایت Ensemble به شناسایی جایگاههای SNPها پرداخته و در نهایت ژنهای مرتبط با این جایگاهها مشخص شد.
یافته ها: پس از انجام کنترل کیفیت داده‌های ژنومی و ادغام اطلاعات دو جمعیت بر اساس بسته نرم افزاری R درنهایت ۶۱ اسب با ۵۲۶۵۰ SNP برای ادامه آنالیزها انتخاب شد. در این پژوهش از آزمون‌های آماری Fst به روش براوردگر نااریب تتا(θ) جهت شناسایی تمایز دو جمعیت استفاده و در نهایت تعداد ۳۱ نشانگر متمایزکننده دو نژاد شناسایی شد.
نتیجه گیری: ﻧﺘﺎیﺞ نشان داد ﮐﻪ دو ﻧﮋاد اﺳﺐ ﮐﺎﺳﭙﯿﻦ و اﺳﺐ ﮐﺮد در دو دﺳﺘﻪ ﺟﺪاﮔﺎﻧﻪ ﻗﺮار دارﻧﺪ. ﻧﮋاد اﺳﺐ ﮐﺮدی دارای ﺗﻨﻮع و ﭘﺮاﮐﻨﺪﮔﯽ ﺑﯿﺸﺘﺮی ﻧﺴﺒﺖ ﺑﻪ اﺳب ﮐﺎﺳﭙﯿﻦ است از مهم‌ترین ژنهای شناسایی‌شده مرتبط با جایگاههای معنی‌دار ژنهای INPP5F، HPSE2، R3HCC1، DOCK3،ITGB6 ، GM6B، PHEX، WDR13، LRCH2، GRIA3، THOC2 بود. بیشتر ژنهای شناسایی‌شده در این پژوهش با تبادلات بین سلولی، انقباضات ماهیچه‌ای، ایمنی، پشتیبانی غشا پایه، پایداری DNA، سیستم عصبی در ارتباط بودند.
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
ژنتیک و اصلاح نژاد دام
دریافت: 1401/9/13 | ویرایش نهایی: 1401/11/26 | پذیرش: 1401/11/5
دریافت: 1401/9/13 | ویرایش نهایی: 1401/11/26 | پذیرش: 1401/11/5
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
