دوره 13، شماره 35 - ( بهار 1401 )
جلد 13 شماره 35 صفحات 157-149 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
farzaneh dizaj R, aminafshar M, esmaeilkhanian S, emam jomeh kashan N, banabazy M H. (2022). The Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) Discovery on Transcriptome of Pure Sistani and Cross-Breeding of Sistani and Holstein, Simmental and Monte Billiard Bulls. Res Anim Prod. 13(35), 149-157. doi:10.52547/rap.13.35.149
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1228-fa.html
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1228-fa.html
فرزانه دیزج رسول، امین افشار مهدی، اسماعیل خانیان سعید، امام جمعه کاشان ناصر، بنابازی محمد حسین. شناسایی چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی بر روی ترانسکریپتوم گاو نژادخالص سیستانی و آمیخته سیستانی با گاوهای هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد پژوهشهاي توليدات دامي 1401; 13 (35) :157-149 10.52547/rap.13.35.149
رسول فرزانه دیزج1، مهدی امین افشار2، سعید اسماعیل خانیان*2، ناصر امام جمعه کاشان1، محمد حسین بنابازی2
1- گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران
2- بخش پژوهش های بیو تکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
2- بخش پژوهش های بیو تکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
چکیده: (2397 مشاهده)
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: آمیخته‌گری بین گاوهای بوس ایندیکوس با بوس تاِئوروس در منطقه سیستان ایران طی سال‌های اخیر و از طریق استفاده از اسپرم مایع، اسپرم منجمد و یا گاو نر خارجی انجام شده است. در خصوص اثرات برنامه‌های آمیخته‌گری در گاو سیستانی مطالعات اندکی در ایران وجود دارد. پژوهش حاضر، به منظور شناسایی چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی (SNP) مبتنی بر دادههای RNA-Seq در گاوهای نژاد خالص سیستانی و آمیخته‌های آن با سه نژاد گاوهای خارجی هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد انجام شد.
مواد و روش‌ها: در این تحقیق، از دادههای RNA-Seq مربوط به گاو نژاد خالص سیستانی، آمیخته سیستانی و هلشتاین، آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد و آمیخته سیستانی و سیمنتال استفاده شد. به این منظور، در ابتدا از سیاهرگ دمی گاوهای نژاد خالص و آمیخته آن با هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد (4 تیمار و برای هر تیمار دو تکرار بیولوژیکی) در شرایط یکسان محیطی، تغدیه‌ای و مدیریتی واقع در مرکز اصلاح نژاد گاو سیستانی شهر زابل خونگیری شد.
یافته‌ها: آنالیز شناسایی SNPبر روی ترانسکریپتوم با استفاده از بسته نرم‌افزاری SAMtools انجام شد که به ترتیب منجر به شناسایی 152496، 177042، 134285 و 163362 جایگاه SNP در گاوهای نژاد خالص سیستانی و آمیخته‌های آن با سه نژاد گاوهای خارجی هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد شد. در این مطالعه، ارتباط مستقیمی بین تعدادSNP های شناسایی شده و طول کروموزوم‌ها وجود نداشت. همچنین 12 نوع SNPشناسایی شد که چهار نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عملکردی و هشت نوع جایگزینی نوکلئوتیدی غیرعملکردی بودند. متداولترین SNPهای شناخته شده، از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عملکردی بودند که در نژادخالص سیستانی 71/84 درصد، در آمیخته سیستانی و هلشتاین 72/65 درصد، در آمیخته سیستانی و سیمنتال 72/60 درصد و در آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد 71/94 درصد وجود داشت.
نتیجه‌گیری: در مجموع نتایج این مطالعه تایید نمود که فناوری RNA-Seqروشی موثر، اقتصادی و کارآمد برای شناسایی جایگاه‌هایSNP است و دلیل اختلاف تعداد SNPهای شناسایی شده در این مطالعه و مطالعات مذکور احتمالاً ناشی از تفاوت گونه‌ها، نژادها، نوع بافت مورد ارزیابی و سایر عوامل و فاکتورهای موثر در ارزیابی RNA-Seq نظیر تعداد نمونه‌ها می‌باشد.
مقدمه و هدف: آمیخته‌گری بین گاوهای بوس ایندیکوس با بوس تاِئوروس در منطقه سیستان ایران طی سال‌های اخیر و از طریق استفاده از اسپرم مایع، اسپرم منجمد و یا گاو نر خارجی انجام شده است. در خصوص اثرات برنامه‌های آمیخته‌گری در گاو سیستانی مطالعات اندکی در ایران وجود دارد. پژوهش حاضر، به منظور شناسایی چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی (SNP) مبتنی بر دادههای RNA-Seq در گاوهای نژاد خالص سیستانی و آمیخته‌های آن با سه نژاد گاوهای خارجی هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد انجام شد.
مواد و روش‌ها: در این تحقیق، از دادههای RNA-Seq مربوط به گاو نژاد خالص سیستانی، آمیخته سیستانی و هلشتاین، آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد و آمیخته سیستانی و سیمنتال استفاده شد. به این منظور، در ابتدا از سیاهرگ دمی گاوهای نژاد خالص و آمیخته آن با هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد (4 تیمار و برای هر تیمار دو تکرار بیولوژیکی) در شرایط یکسان محیطی، تغدیه‌ای و مدیریتی واقع در مرکز اصلاح نژاد گاو سیستانی شهر زابل خونگیری شد.
یافته‌ها: آنالیز شناسایی SNPبر روی ترانسکریپتوم با استفاده از بسته نرم‌افزاری SAMtools انجام شد که به ترتیب منجر به شناسایی 152496، 177042، 134285 و 163362 جایگاه SNP در گاوهای نژاد خالص سیستانی و آمیخته‌های آن با سه نژاد گاوهای خارجی هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد شد. در این مطالعه، ارتباط مستقیمی بین تعدادSNP های شناسایی شده و طول کروموزوم‌ها وجود نداشت. همچنین 12 نوع SNPشناسایی شد که چهار نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عملکردی و هشت نوع جایگزینی نوکلئوتیدی غیرعملکردی بودند. متداولترین SNPهای شناخته شده، از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عملکردی بودند که در نژادخالص سیستانی 71/84 درصد، در آمیخته سیستانی و هلشتاین 72/65 درصد، در آمیخته سیستانی و سیمنتال 72/60 درصد و در آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد 71/94 درصد وجود داشت.
نتیجه‌گیری: در مجموع نتایج این مطالعه تایید نمود که فناوری RNA-Seqروشی موثر، اقتصادی و کارآمد برای شناسایی جایگاه‌هایSNP است و دلیل اختلاف تعداد SNPهای شناسایی شده در این مطالعه و مطالعات مذکور احتمالاً ناشی از تفاوت گونه‌ها، نژادها، نوع بافت مورد ارزیابی و سایر عوامل و فاکتورهای موثر در ارزیابی RNA-Seq نظیر تعداد نمونه‌ها می‌باشد.
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
