پژوهشهای تولیدات دامی

Mendeley  

Zotero  

Taheri yeganeh A, Sanjabi M R, Fayazi J, Zandi M, Van Der Werf J. Estimation of Variance Components and Genome Partitioning According to Minor Allele Frequency for Quantitative Traits in Sheep. rap. 2022; 13 (35) :139-148
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1225-fa.html

چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: برآورد دقیق اجزای واریانس ژنتیکی، از ملزومات پیش ­بینی صحیح ارزش­ های اصلاحی می ­باشد. کشف نشانگرهای SNP و پیشرفت‌های به دست آمده در ژنتیک مولکولی وکشف روش‌های نوین توالی‌یابی کل ژنوم موجودات زنده و پیشرفت روش‌های بیوانفورماتیک و دانش رایانه ای و... حجم بسیار زیادی از داده‌های مولکولی را فراهم آورده و در علم ژنتیک شاخه‌ای به نام ژنومیک ایجاد کرده است. هدف از انجام این پژوهش برآورد اجزای واریانس ژنومی گوسفند بوردر با استفاده از داده‌های SNP بود.
مواد و روش‌ها: برای انجام این پژوهش از پنل SNP که با تراشه نشانگری 50k شرکت ایلومینا، تعیین ژنوتیپ شده بودند، استفاده شد. داده ها در مزرعه فالکینر استرالیا جمع آوری شدند. صفات مورد مطالعه اوزان تولد و شیرگیری، قطر و طول تار پشم بودند. برای مطالعه رابطه بین فراوانی آللی و مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی توجیه شده، SNPها در پنج گروه مختلف از فراوانی آللی کمیاب (MAF)، با تعداد تقریبا برابر در هر گروه، طبقه بندی شدند (0/01-0/1، 0/1-0/2، 0/2-0/3، 0/3-0/4 و 0/4-0/5). تجزیه و تحلیل‌ها با رویکرد حداکثر درست‌نمایی محدود شده ژنومی و روش تجزیه و تحلیل صفات پیچیده ژنوم گسترده، با نرم‌افزار GCTA انجام گرفت.
یافته‌ها: وراثت‌پذیری ژنومی برآورد شده توسط SNPهای با فراوانی آللی کمیاب بیشتر از یک درصد، برای اوزان تولد، شیرگیری، قطر و طول تار پشم به ترتیب برابر 0/58 و 0/47، 0/59 و 0/2 بود. سهم گروه‌های مختلف SNPهای با فراوانی آللی کمیاب در توجیه واریانس ژنتیکی  برای صفات متفاوت بوده و به طور کلی بخش قابل توجهی از واریانس ژنتیکی، توسط SNPهای با MAF < 0/20 توجیه شد. همبستگی ژنومی بین صفات وزن بدن بالا و بین صفات پشم پایین برآورد شد. در مجموع واریانس‌های ژنتیکی 5 گروه مختلف MAF، که در آنالیز جداگانه نسبت به واریانس محاسبه شده توسط همه SNPها به صورت همزمان، بسیار بزرگتر بود. اما مجموع این واریانس‌ها در آنالیز توأم، مشابه مقدار به دست آمده از کل SNPها، برای همه صفات مورد بررسی بود.
نتیجه‌گیری: اگر چه تعداد SNPها در گروه‌های مختلف، مشابه بود، اما مقدار واریانس ژنتیکی توجیه شده توسط گروه‌های مختلف MAF متفاوت بود. با توجه به نتایج به دست آمده حجم نمونه بسیار بزرگ، ایده‌آل و پوشش بهتر واریانت‌های با فراوانی پایین مورد نیاز است تا استنتاج قوی‌تر و قابل اعتمادتری به دست آید.