XML English Abstract Print


گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی سینا، همدان،ایران
چکیده:   (84 مشاهده)
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: بازیابی ژنوتیپ در طرح­ های انتخاب ژنومی به دلیل آنکه می­تواند هزینه­ های انتخاب ژنومی را کاهش دهد بدون اینکه تأثیر منفی بر صحت انخاب ژنومی داشته باشد در طی سال­های اخیر مورد توجه محققین قرر گرفته است. در فرآیند بازیابی ژنوتیپ، ژنوتیپ نشانگرهایی که به هر دلیل اطلاعات ژنوتیپی آن­ها از دست رفته است با استفاده از روش ­های مختلف آماری بازیابی می ­شود.
مواد و روش­ ها: جهت ایجاد ماتریس ژنوتیپی، ژنومی متشکل از 1 کروموزوم به طول یک مورگان برای 250 و 1000 فرد شبیه ­سازی شد که بر روی آنها در سناریوهای مختلف، 250، 500، 750، 1000، 1500 و 2000 نشانگر چند شکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) توزیع گردید. جهت ایجاد فایل اطلاعات حاوی ژنوتیپ­های از دست رفته، اطلاعات ژنوتیپی به ترتیب 5، 10، 25، 50، 75 و 90 درصد SNPها از ماتریس ژنوتیپی حذف شده تا مجدداً توسط روش KNN بازیابی شوند. درصد ژنوتیپ­ های به درستی بازیابی شده (نسبت تعداد ژنوتیپ­ های به درستی بازیابی شده به کل ژنوتیپ­های از دست رفته) و  همبستگی بین ماتریس ژنوتیپی اولیه (فاقد اطلاعات ژنوتیپی از دست رفته) و ماتریس ژنوتیپی بازیابی شده به عنوان شاخص ­های صحت بازیابی ژنوتیپ مورد استفاده قرار گرفت.
یافته­ ها: در جمعیت شامل 250 فرد صحت بازیابی ژنوتیپ در سناریوهای 5، 10، 25، 50، 75 و 90 درصد، صحت بازیابی ژنوتیپ به ترتیب برابر 0/82، 0/82، 0/80، 0/76، 0/62 و 0/40 بود اما با افزایش جمعیت به 1000 فرد، صحت بازیابی ژنوتیپ برابر 0/83، 0/83، 0/82، 0/82، 0/71 و 0/54 حاصل شد که بویژه تاثیر افزایش جمعیت در دو سناریو 75 و 90 درصد  ژنوتیپ از دست رفته قابل توجه بود. همبستگی بین ماتریس ژنوتیپی اولیه و ماتریس ژنوتیپی بازیابی شده نیز با افزایش درصد حذف کاهش یافت. با افزایش تعداد SNPها از 250 به 2000، صحت بازیابی ژنوتیپ از 0/67 به 0/84 افزایش یافت. همچنین یک رابطه معکوس بین فراوانی آلل نادر (MAF) با صحت بازیابی ژنوتیپ مشاهده شد به صورتیکه با افزایش MAF از 01/0 به 5/0، صحت بازیابی ژنوتیپ 15 درصد کاهش نشان داد. مدت زمان بازیابی ژنوتیپ نیز با افزایش ابعاد ماتریس ژنوتیپی به صورت تصاعدی افزایش یافت. با افزایش درصد ژنوتیپ­ های بازیابی شده، صحت پیش­بینی ارزش­ های اصلاحی ژنومی کاهش یافت. در سناریوهای 5 و10 درصد ژنوتیپ بازیابی شده تغییری در صحت مشاهده نشد اما در دو سناریو 75 و 90 درصد ژنوتیپ بازیابی شده، صحت پیش­بینی ارزش­ های اصلاحی ژنومی به ترتیب 16 و 32 درصد کاهش یافت.
نتیجه‌گیری: به طور کلی صحت بازیابی ژنوتیپ‌های از دست رفته با استفاده از روش KNN قابل قبول بود به طوری که با افزایش درصد ژنوتیپ‌های از دست رفته تا 50 درصد، KNN با صحتی در حدود 80 درصد ژنوتیپ‌های از دست رفته را بازیابی نمود و بنابراین می ­توان این روش را برای طرح ­های انتخاب ژنومی پیشنهاد نمود.
     
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: ژنتیک و اصلاح نژاد دام
دریافت: 1400/2/15 | ویرایش نهایی: 1401/1/24 | پذیرش: 1400/9/16 | انتشار: 1401/1/10

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به پژوهشهای تولیدات دامی می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2022 CC BY-NC 4.0 | Research On Animal Production(Scientific and Research)

Designed & Developed by : Yektaweb