دوره 12، شماره 32 - ( تابستان 1400 )                   جلد 12 شماره 32 صفحات 150-159 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Bayeriyar M, hafezian H, khaltabadi farahani A H, farhadi A, mohammadi H. Bioinformatics Analysis of Some Genomic Regions in Sheep Population Based on Meta-Analysis. rap. 2021; 12 (32) :150-159
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1163-fa.html
بایری یار مهدی، حافطیان سیدحسن، خلت آبادی فراهادی امیرحسین، فرهادی ایوب، محمدی حسین. تجزیه و تحلیل بیو انفورماتیکی برخی مناطق ژنومی در جمعیت گوسفندان بر پایه فرا تحلیل. پژوهشهاي توليدات دامي. 1400; 12 (32) :150-159

URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1163-fa.html


گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
چکیده:   (3640 مشاهده)
    انتخاب برای افزایش فراوانی موتاسیون­ های جدیدی که فقط در برخی از زیر­جمعیت ­ها سودمند هستند باعث باقی­ گذاشتن نشانه­ هایی در سطح ژنوم می­شود. اغلب این مناطق با ژن­ها و QTL­های مرتبط با صفات مهم اقتصادی در ارتباط هستند. هدف این مطالعه، شناسایی نشانه­ های انتخاب مرتبط با صفات عملکردی در تعدادی از گوسفندان جهان با استفاده از روش­های نوین بود. برای این­ منظور فایل­های تعیین ژنوتیپ با استفاده از تراشه ­های ژنومی مربوطه به 1591 رأس گوسفند از نژاد­های مختلف جهان شامل 52 نژاد از 20 کشور تمام قاره ­ها و 13 مطالعه انجام­ شده که در پایگاه ­های مختلف داده­ های ژنومی (Dryad ،Frontiresin ،Zenodo ، Animal Genom،Hapmap) ذخیره شده بودند، استفاده شد. ابتدا جهت تعیین اختلاط جمعیتی بین نژاد­های مختلف از مناطق با شرایط آب و هوایی متنوع آنالیز ساختار جمعیتی یا همان لایه ­بندی جمعیتی انجام گرفت. برای شناسایی نشانه ­های انتخاب از آزمون­های Fst، hapflk، iHs،Rsb ، XpEHH و در نهایت فرا تحلیل روش­های فوق استفاده شد. جمعیت با آنالیز PCA در سه گروه جدا از یکدیگر شامل AIT: نژادهای آسیایی، ترکیه­ای و آفریقایی، AUNZ: نژاد­های استرالیایی و نیوزیلند و EU: نژاد­های اروپایی قرار گرفتند. براساس آزمون فرا­تحلیل 10 منطقه ژنگانی روی کروموزوم­های 22، 20، 12، 9، 7، 6، 5، 4، 3، 2 شناسایی شدند. به­ طوری­که ژن MC1R با رنگ پوست، ژن DSG2 با کیفیت و کمیت پشم و ژن AICDA با تولید ایمونوگلوبولین مرتبط هستند. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی نشان داد که برخی از این مناطق ژنگانی به­ طور مستقیم و غیرمستقیم با ژن­­های مؤثر بر سازگاری با شرایط محیطی(ADAMTS9)، تولیدمثلی (GNAQ)، تنظیم ملانوسیت ­ها (KITLG)، تولید ایمونوگلوبولین (BATF، TNFSF13، AICDA، MZB1)، تمایز سلولی (TNFSF13، TGFB1فرآیند ایمنی (AGBL5، ATG7، PRDX1، CCL26، IL17RC، TNFSF12، TGFB2، PTGS1پاسخ سلولی به تحریکات بیرونی (PRKAA1، NFKB1، MAP3K2)، تولید اینترفرون آلفا (DDX58فرآیند پاسخ دفاعی (CCL24، FAM13B، LDLR، CLDN7)، هموستاز سلولی (BAMBI، DVL2تنظیم پروتئین کیناز فعال ­شده با میتوژن (PLCE1) و تنظیم پاسخ به استرس (FXR2، HSPH1) همپوشانی دارند. تجزیه و تحلیل تطبیقی فرا­تحلیل نشانه­ های انتخاب بر اساس پایگاه داده­ های بیو­انفورماتیکی می ­تواند مناطق ژنومی مورد انتخاب برای صفات با اهمیت اقتصادی و بیولوژیکی در گوسفند را شناسایی کند.
متن کامل [PDF 1437 kb]   (1185 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: ژنتیک و اصلاح نژاد دام
دریافت: 1399/9/25 | ویرایش نهایی: 1400/6/9 | پذیرش: 1399/12/2 | انتشار: 1400/6/9

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به پژوهشهای تولیدات دامی می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2021 CC BY-NC 4.0 | Research On Animal Production(Scientific and Research)

Designed & Developed by : Yektaweb