جستجو در مقالات منتشر شده
۷ نتیجه برای رنگ
علی هاتفی، آرمین توحیدی، ابوالفضل زالی، سعید زین الدینی، مهدی گنج خانلو،
دوره ۸، شماره ۱۶ - ( ۸-۱۳۹۶ )
دوره ۸، شماره ۱۶ - ( ۸-۱۳۹۶ )
چکیده
در این پژوهش، اثر به کارگیری بتا-۲ آگونیست زیلپاترول هیدروکلرید بهعنوان یک محرک رشد بر شاخصهای رنگ،
ویژگیهای شیمیایی (محتوای پروتین، چربی، خاکستر و ماده خشک) و برخی از خصوصیات کیفی برای مصرفکننده (افت پخت، تردی، آبداری، طعم، شدت بد طعمی و پذیرش کلی) ماهیچه راسته در بزغالههای نر اخته شده نژاد مهابادی مورد بررسی قرار گرفت. در این تحقیق از ۱۶ بزغاله نر اخته شده مهابادی با میانگین وزنی و سنی به ترتیب ۸۴/۱±۲۳ کیلوگرم ۶ ماهه برای دوره پروار ۹۳ روزه در دو گروه (n=۸) مورد استفاده قرار گرفتند. بزغالهها با جیرهای بر پایه ۲/۱۵ درصد پروتئین و ۳۵/۲ مگاکالری انرژی متابولیسمی تغذیه شدند. در روز ۶۰ دوره پروار، این بتاآگونیست در سطح ۲/۰ میلیگرم بر کیلوگرم وزن زنده به بزغالههای مورد نظر به مدت ۳۰ روز خورانده شد. بزغالهها بعد از سپری کردن ۳ روز دوره محرومیت از مصرف زیلپاترول هیدروکلرید، در کشتارگاه صنعتی کشتار شدند و لاشههای حاصل در دمای °C۴ به مدت ۲۴ ساعت نگهداری شدند. بعد این مدت و پس از ارزیابی رنگ، ماهیچه راسته از ناحیه دنده ۱۱ تا ۱۳ جدا و در دمای °C۱۸- نگهداری شد. استفاده زیلپاترول هیدروکلرید سبب افزایش محتوای پروتئین (۰۱/۰P<)، خاکستر (۰۸/۰P<)، رطوبت (۰۵/۰P<) و کاهش چربی (۰۵/۰P<) ماهیچه شد. اما سبب افزایش درصد اتلاف (۰۵/۰P<) پخت و کاهش پذیرش گوشت (۰۱/۰P<) از طرف مصرفکنندگان ارزیاب شد. همچنین، زیلپاترول موجب کاهش شاخصهای رنگی اشباعیت، a*، b* و افزایش L* (۰۱/۰P<) و زاویه رنگ (۰۵/۰P<) شد. بر اساس یافته‌های این پژوهش، بتاآگونسیت زیلپاترولهیدروکلرید سبب بهبود ترکیب شیمیایی و شاخصهای رنگ، ولی کاهش خصوصیات چشایی گوشت در بزغالههای نر اخته شد.
کمال سحرخیز بندفروزی، منصور رضایی، محمد کاظمی فرد،
دوره ۱۰، شماره ۲۳ - ( ۲-۱۳۹۸ )
دوره ۱۰، شماره ۲۳ - ( ۲-۱۳۹۸ )
چکیده
این آزمایش، به منظور بررسی تاثیر سطوح مختلف پودر گوجه‌فرنگی (صفر، ۴، ۸ و ۱۲ درصد) و مولتی آنزیم ناتوزیم پی (صفر و ۰۵/۰ درصد) بر عملکرد، فراسنجه‌های خونی و وضعیت آنتی اکسیدانی بلدرچین‌های ژاپنی طی دوره آغازین و رشد انجام شد. تعداد ۳۲۰ قطعه جوجه بلدرچین یک روزه در ۸ تیمار با ۴ تکرار و ۱۰ قطعه پرنده در هر واحد آزمایشی در قالب طرح کاملا تصادفی با آرایش فاکتوریل ۲×۴ مورد استفاده قرار گرفتند. نتایج نشان داد که افزودن سطوح مختلف پودر گوجه‌فرنگی، سبب افزایش خوراک مصرفی شد (۰۵/۰>p) به نحوی که این افزایش در تیمار تغذیه شده با ۱۲ درصد پودر گوجه‌فرنگی بیشتر از سایر تیمارها بود. اثر متقابل پودر گوجه‌فرنگی و آنزیم ناتوزیم‌پی بر افزایش وزن و ضریب تبدیل غذایی معنی‌دار بود (۰۵/۰>p) و در گروه تغذیه شده با ۸ درصد پودر گوجه‌فرنگی و سطح صفر آنزیم، بیشترین افزایش وزن و بهترین ضریب تبدیل غذایی مشاهده شد. غلظت گلوکز، تری‌گلیسرید، LDL، HDL،VLDL و ﺁﻧﺰﻳﻢﻫﺎﻯ کبدی ﺁﻻﻧﻴﻦﺁﻣﻴﻨﻮﺗﺮﺍﻧﺴﻔﺮﺍﺯ و ﺁﺳﭙﺎﺭﺗﺎﺕﺁﻣﻴﻨﻮﺗﺮﺍﻧﺴﻔﺮﺍﺯ نیز تحت تاثیر اثر متقابل پودر گوجه‌فرنگی و آنزیم ناتوزیم قرار گرفتند (۰۵/۰>p). در بلدرچین‌های تغذیه شده با ۴ درصد پودر گوجه‌فرنگی و سطح صفر آنزیم، بیشترین غلظت گلوکز پلاسما و کمترین غلظت ﺁﻧﺰﻳﻢﻫﺎﻯ ﺁﻻﻧﻴﻦﺁﻣﻴﻨﻮﺗﺮﺍﻧﺴﻔﺮﺍﺯ و ﺁﺳﭙﺎﺭﺗﺎﺕﺁﻣﻴﻨﻮﺗﺮﺍﻧﺴﻔﺮﺍﺯ و سوپر‌اکسید‌دیسموتاز بهدست آمد. غلظت تری‌گلیسرید و VLDL در تیمار دارای ۱۲درصد پودر گوجه‌فرنگی با آنزیم ناتوزیم، کمتر از سایر تیمارها بود اما در تیمار حاوی ۱۲ درصد پودر گوجه‌فرنگی با سطح صفر آنزیم، کمترین غلظتLDL و بیشترین غلظت HDL مشاهده شد. همچنین با افزودن سطوح مختلف پودر گوجه‌فرنگی، غلظت مالون‌دی‌آلدئید و آنزیم گلوتاتیون‌پراکسیداز به ترتیب در گروه‌های تغذیه شده با ۴ درصد و ۱۲درصد پودر گوجه‌فرنگی، کمتر از سایر تیمارها بود (۰۵/۰>p). بر مبنای یافته‌های تحقیق میتوان بیان نمود که افزودن توام پودر گوجه‌فرنگی و آنزیم به جیره بلدرچین‌های ژاپنی می‌تواند سبب بهبود عملکرد و تقویت فعالیت آنتیاکسیدانی شود.
فرهاد صمدیان، محمد جواد اسکندری، محمد رضا بحرینی بهزادی،
دوره ۱۰، شماره ۲۵ - ( ۸-۱۳۹۸ )
دوره ۱۰، شماره ۲۵ - ( ۸-۱۳۹۸ )
چکیده
مطالعه ترجیح جوجه‌های گوشتی به رنگ خوراک برای بهبود رفاه و راحتی جوجه‌های گوشتی مهم است و ممکن است در بهبود عملکرد نیز سودمند باشد. هدف آزمایش نخست بررسی ترجیح جوجه های یک روزه در تحت نورهای مختلف به رنگهای مختلف بود. یکصد و شصت قطعه جوجه راس ۳۰۸ به تازگی هچ شده که قبلاً خوراکی دریافت نکرده بودند، به پنهای نوردهی شده با رنگ نورهای مختلف (سفید، زرد، سبز و قرمز) اختصاص یافت. تحت هر رنگ نور چهار انتخاب از رنگ خوراک (قرمز، سبز، زرد و شاهد) ارائه شد. انتخاب در لحظهای که پرنده تلاش برای بهدست آوردن خوراک از یک رنگ مینمود ثبت میشد. در آزمایش دوم، ۸۰ قطعه جوجه انتخاب شد که سپس به طور مساوی به چهار پن نوردهی شده با نور سفید تقسیم شدند. شدتهای نور برای تمامی پنها یکسان بود. هر پن با استفاده از پلاستیکهای تیره برای جلوگیری از تداخل دید با پن های مجاور جدا شد. در هر پن چهار ظرف محتوی خوراکهایی با رنگ های مختلف قرار گرفت و جوجه ها مجاز به مصرف از خوراک با رنگ مورد ترجیح خود بودند. تمامی جوجه ها با یک جیره استاندارد NRC تغذیه شدند و در همه پن ها دسترسی آزاد به آب و خوراک داشتند. میزان مصرف خوراک از هر رنگ خوراک در هر پن بهصورت درصد از کل مصرف خوراک در آن پن تا روز ۲۸ دوره پرورشی تعیین شد. نتایج نشان داد که بین ترجیح جوجه ها یکروزه به رنگ های خوراکی تفاوت معنی دار آماری وجود نداشت. با این حال، مشاهده شد که تحت نور سفید جوجه ها متمایل بودند که رنگ خوراک سبز را به شاهد ترجیح دهند (۰۸/۰=P). بنا به نتایج آزمایش دوم، درصد مصرف خوراک از رنگ سبز بهطور معنی‌داری بالاتر از سایر رنگ های خوراکی بود. همچنین پایین ترین درصد مصرف خوراک در تحت نور سفید، مربوط به رنگ خوراک قرمز بود.
عاطفه جمشاسب، مجید متقی طلب،
دوره ۱۰، شماره ۲۵ - ( ۸-۱۳۹۸ )
دوره ۱۰، شماره ۲۵ - ( ۸-۱۳۹۸ )
چکیده
دستکاری جنسیت با استفاده از تزریق مهارکننده های آروماتاز در تخم مرغ، با هدف تولید درصد بالاتر جنس نر به دلیل ﺭﺷﺪ ﺳﺮیعتر ﻭ ﺿﺮﻳﺐ ﺗﺒﺪﻳﻞ بهتر از جمله مواردی است که در سالهای اخیر مورد توجه محققان و تولیدکنندگان قرار گرفته است. این مطالعه به منظور بررسی تأثیر تزریق عصاره آبی و الکلی گوجه فرنگی (به عنوان آنتی آروماتاز گیاهی) بر تمایز جنسیت، جوجهدرآوری و عملکرد جوجه های گوشتی انجام شد. ششصد عدد تخم مرغ نطفه دار به شش تیمار، چهار تکرار و ۲۵ تخم مرغ در هر تکرار، تقسیم شدند. تیمارهای آزمایشی عبارت بودند از: تزریق دو سطح عصاره آبی گوجه فرنگی به ترتیب ۳/۰ و ۶/۰ میلی لیتر (TWE۰,۳, TWE۰,۶) و دو سطح عصاره الکلی گوجه فرنگی با سطوح مشابه (TAE۰,۳, TAE۰,۶ ) و تزریق ۱/۰ میلی لیتر سرم فیزیولوژیک (Shame Group : SG) و گروه شاهد بدون تزریق (Cont) بودند. تزریق مواد آزمایشی در روز پنجم انکوباسیون از انتهای باریک تخم مرغ و با استفاده از سرنگ یک میلی لیتری انجام شد. بعد از تفریخ، جوجه ها تفکیک جنسیت شده و به مدت ۶ هفته به منظور بررسی ساختار گنادی و عملکرد پرورش داده شدند. نتایج به دست آمده نشان داد که تزریق ۳/۰ میلی لیترعصاره الکلی و ۶/۰ میلی لیترعصاره آبی گوجه فرنگی، درصد جوجه نر را به طور معنی داری افزایش داده (۰۵/۰p <)؛ در حالی که تأثیر منفی بر درصد جوجه درآوری و عملکرد جوجه ها نسبت به گروه شاهد ثبت نشد. نتایج دوره پرورش نشان داد که جوجه های نر به صورت معنی داری مصرف خوراک و افزایش وزن بالاتری داشتند (۰۵/۰p<). استنتاج نهایی این است که تزریق داخل تخم مرغی عصاره گوجه فرنگی که حاوی فلاونویید با خاصیت آنتی آروماتازی است، باعث افزایش درصد جوجه نر و متعاقب آن دستیابی به منافع اقتصادی بیشتر می‌شود. با این حال، برای اظهار نظر دقیق تر به تعداد نمونه بافتی و همچنین سطوح مختلفی از عصاره گوجه فرنگی به عنوان آنتی آروماتاز نیاز است.
مسعود دیدارخواه، موسی وطن دوست، فرشته جمیلی،
دوره ۱۱، شماره ۲۹ - ( ۷-۱۳۹۹ )
دوره ۱۱، شماره ۲۹ - ( ۷-۱۳۹۹ )
چکیده
هدف از انجام این پژوهش بررسی اثر جایگزینی سطوح مختلف تفاله سیلویی گوجه فرنگی به عنوان یک منبع الیافی بر عملکرد، تخمیر میکروبی، تولید اسیدهای چرب فرار و متابولیت های خونی در گوسفندان بلوچی بود. این پژوهش در قالب طرح کاملاً تصادفی روی ۳۰ راس بره بلوچی با ۳ تیمار ۱۰ بره (تکرار) با میانگین وزن ۵/۱ ± ۲۵ کیلوگرم انجام شد. طول دوره آزمایش ۹۰ روز بود. تیمارهای آزمایشی شامل: ۱). جیره پایه فقط سیلاژ ذرت ۲). جیره پایه + سیلاژ ذرت حاوی ۵ درصد تفاله گوجه فرنگی ۳). جیره پایه+ سیلاژ ذرت حاوی ۱۰ درصد تفاله گوجه فرنگی بود. نتایج مصرف ماده خشک و تغییر وزن بدن بین جیره های آزمایشی تفاوت معنی داری وجود نداشت. غلظت گلوکز پلاسما در تمام حیوانات آزمایشی در محدوده طبیعی مشاهده شد و تحت تأثیر جیره های آزمایشی قرار نگرفت. با مصرف سیلاژ تفاله گوجه فرنگی در جیره، مقدارpH مایع شکمبه گوسفندهای آزمایشی کاهش یافت و اختلاف معنی داری (۰۵/۰p<) با گروه شاهد داشت. به طور کلی با توجه به نتایج به دست آمده، استفاده از تفاله سیلویی گوجه فرنگی به عنوان یک محصول فرعی کشاورزی تا سطح ۱۰ درصد می تواند سبب بهبود عملکرد شود.
رضا وکیلی، سجاد ایمانی،
دوره ۱۳، شماره ۳۶ - ( ۴-۱۴۰۱ )
دوره ۱۳، شماره ۳۶ - ( ۴-۱۴۰۱ )
چکیده
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: ترکیبات زیست فعال متعددی درگیاهان وجود دارد که عملکرد رشد، وضعیت پاداکسندگی و سیستم ایمنی حیوانات را بهبود می بخشند. کنگر فرنگی و پیاز منبع غنی از آنتی اکسیدان ها و فلاونوئیدهای طبیعی هستند که خواص ضد میکروبی و آنتی اکسیدانی دارند.
مواد و روش ها: ۵۲۰ قطعه جوجه گوشتی یکروزه سویه تجاری راس ۳۰۸ در قالب این طرح کاملاً تصادفی به پنج تیمار و چهار تکرار (۲۶ قطعه جوجه در هر تکرار) از سن یک تا ۴۲ روزگی اختصاص یافتند. گروه‌های آزمایشی شامل: شاهد (جیره پایه)، جیره پایه + یک‌ونیم درصد پیاز، جیره پایه + سه درصد پیاز، جیره پایه + یک‌ونیم درصد کنگر فرنگی و جیره پایه + سه درصد کنگر فرنگی بودند. کنگر فرنگی بهصورت خشک و غده پیاز سفید بهصورت تازه و بدون پوست و پس از آسیاب و مخلوط شدن با ذرت، کنجاله سویا و سایر اجزا استفاده شد. اثرات سطوح مختلف پیاز و گیاه کنگر فرنگی بر عملکرد رشد، ریختشناسی ژژنوم و سیستم ایمنی جوجه‌های گوشتی بررسی شد.
یافته ها: مالون دی آلدئید، DPPH و SOD بطور معنی‌داری تحت تاثیر تیمارهای آزمایشی قرار گرفتند (۰/۰۵>p). به طوری که میزان مالون دی آلدئید به طور معنی‌داری در تیمارهای حاوی پیاز نسبت به تیمار شاهد کاهش یافت (۰/۰۵>p). همچنین درصد DPPH تیمارهای آزمایشی بویژه جیره های دارای ۳ درصد کنگرفرنگی و حاوی پیاز بطور معنی‌داری در مقایسه با جیره پایه افزایش نشان داد (۰/۰۵>p). افزودن کنگر فرنگی و پیاز به جیره باعث افزایش تیتر آنتیبادی علیه آنفولانزا در ۳۵ روزگی شد (۰/۰۵>p). با افزودن کنگر فرنگی و پیاز به جیره ارتفاع پرزها افزایش و عمق کریپت‌ها کاهش معنی‌داری یافت (۰/۰۵>p). درکل دوره آزمایش، جوجه‌هایی تغذیه شده با تیمار حاوی پیاز (یک و نیم و سه درصد) افزایش وزن بالاتری را نشان دادند (۰/۰۵>p). تیمارهای آزمایشی بر درصد وزن سینه، ران و لاشه جوجه‌های گوشتی تأثیر معنی‌داری نداشتند. افزودن کنگر فرنگی و پیاز به جیره سبب بهبود وضعیت پاداکسندگی، تیتر آنتیبادی علیه آنفولانزا و بهبود ارتفاع پرزهای ژژنوم نسبت به شاهد شد. بهترین سطح ۱/۵ درصد کنگر فرنگی خشک شده یا ۳ درصد پیاز تازه بود.
نتیجه گیری: ترکیبات فلاونوئیدی یکی از ترکیباتی هستند که بصورت تجاری در آینده وجود دارند. با توجه به بهبود شاخص های وضعیت پاد اکسندگی تیمارهای حاوی کنگر فرنگی و پیاز، پیشنهاد می شود که فلاونوئیدها و سایر مواد موثره پیاز و کنگر فرنگی استخراج شده و اثرات استفاده از این ترکیبات بصورت خالص در جیره جوجه های گوشتی بررسی شود.
مقدمه و هدف: ترکیبات زیست فعال متعددی درگیاهان وجود دارد که عملکرد رشد، وضعیت پاداکسندگی و سیستم ایمنی حیوانات را بهبود می بخشند. کنگر فرنگی و پیاز منبع غنی از آنتی اکسیدان ها و فلاونوئیدهای طبیعی هستند که خواص ضد میکروبی و آنتی اکسیدانی دارند.
مواد و روش ها: ۵۲۰ قطعه جوجه گوشتی یکروزه سویه تجاری راس ۳۰۸ در قالب این طرح کاملاً تصادفی به پنج تیمار و چهار تکرار (۲۶ قطعه جوجه در هر تکرار) از سن یک تا ۴۲ روزگی اختصاص یافتند. گروه‌های آزمایشی شامل: شاهد (جیره پایه)، جیره پایه + یک‌ونیم درصد پیاز، جیره پایه + سه درصد پیاز، جیره پایه + یک‌ونیم درصد کنگر فرنگی و جیره پایه + سه درصد کنگر فرنگی بودند. کنگر فرنگی بهصورت خشک و غده پیاز سفید بهصورت تازه و بدون پوست و پس از آسیاب و مخلوط شدن با ذرت، کنجاله سویا و سایر اجزا استفاده شد. اثرات سطوح مختلف پیاز و گیاه کنگر فرنگی بر عملکرد رشد، ریختشناسی ژژنوم و سیستم ایمنی جوجه‌های گوشتی بررسی شد.
یافته ها: مالون دی آلدئید، DPPH و SOD بطور معنی‌داری تحت تاثیر تیمارهای آزمایشی قرار گرفتند (۰/۰۵>p). به طوری که میزان مالون دی آلدئید به طور معنی‌داری در تیمارهای حاوی پیاز نسبت به تیمار شاهد کاهش یافت (۰/۰۵>p). همچنین درصد DPPH تیمارهای آزمایشی بویژه جیره های دارای ۳ درصد کنگرفرنگی و حاوی پیاز بطور معنی‌داری در مقایسه با جیره پایه افزایش نشان داد (۰/۰۵>p). افزودن کنگر فرنگی و پیاز به جیره باعث افزایش تیتر آنتیبادی علیه آنفولانزا در ۳۵ روزگی شد (۰/۰۵>p). با افزودن کنگر فرنگی و پیاز به جیره ارتفاع پرزها افزایش و عمق کریپت‌ها کاهش معنی‌داری یافت (۰/۰۵>p). درکل دوره آزمایش، جوجه‌هایی تغذیه شده با تیمار حاوی پیاز (یک و نیم و سه درصد) افزایش وزن بالاتری را نشان دادند (۰/۰۵>p). تیمارهای آزمایشی بر درصد وزن سینه، ران و لاشه جوجه‌های گوشتی تأثیر معنی‌داری نداشتند. افزودن کنگر فرنگی و پیاز به جیره سبب بهبود وضعیت پاداکسندگی، تیتر آنتیبادی علیه آنفولانزا و بهبود ارتفاع پرزهای ژژنوم نسبت به شاهد شد. بهترین سطح ۱/۵ درصد کنگر فرنگی خشک شده یا ۳ درصد پیاز تازه بود.
نتیجه گیری: ترکیبات فلاونوئیدی یکی از ترکیباتی هستند که بصورت تجاری در آینده وجود دارند. با توجه به بهبود شاخص های وضعیت پاد اکسندگی تیمارهای حاوی کنگر فرنگی و پیاز، پیشنهاد می شود که فلاونوئیدها و سایر مواد موثره پیاز و کنگر فرنگی استخراج شده و اثرات استفاده از این ترکیبات بصورت خالص در جیره جوجه های گوشتی بررسی شود.
نجمه فاضلی مقدم، قدرت رحیمی میانجی، ایوب فرهادی، اردشیر نجاتی جوارمی، الهام یونسی ملردی،
دوره ۱۵، شماره ۴ - ( ۱۰-۱۴۰۳ )
دوره ۱۵، شماره ۴ - ( ۱۰-۱۴۰۳ )
چکیده
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: سپتی سمی هموراژیک ویروسی (VHS) یکی از شایعترین بیماریهای ویروسی در صنعت پرورش ماهی قزلآلا رنگینکمان است که باعث خسارات اقتصادی سنگین می‌شود. اهمیت ماهی قزلآلای رنگینکمان در صنعت آبزیپروری ایران از یک سو و افزایش تلفات ناشی از شیوع بیماریهای عفونی از سوی دیگر نیاز به شناخت بیشتر سیستم ایمنی ماهیان و همچنین دستیابی به ابزاری جهت تشخیص دقیق عوامل ایجاد بیماریهای اینگونه از ماهیان را مشخص میسازد. کنترل و پیشگیری از شیوع بیماریها در ماهیان پرورشی مستلزم اجرای یک برنامه منظم تشخیص و درمان میباشد که در این رابطه نشانگرهای مولکولی میتوانند بهعنوان یک ابزار پایش و تشخیص مفید باشند. مطالعات اخیر نشان داد که رویکردهای محاسباتی برای شناسایی واریانتهای RNA توالییابی شده، از روشهای بسیار کارآمد و مقرون بهصرفه جهت ردیابی تنوع ژنومیکی هستند. برخی از واریانتهای مبتنی بر چند شکلی تک نوکلئوتیدی (SNP)، از جمله مترادف، غیر مترادف و غیر کد شونده و همچنین رخداد حذف-اضافه (InDel) ناشی از دادههای RNA توالییابی شده میتوانند بهعنوان یک نشانگر ژنتیکی مطلوب در آنالیزهای تفرق ژنتیکی بهویژه در بررسی بیان اختصاصی آللها مورد استفاده قرار گیرند. هدف از مطالعه حاضر شناسایی واریانتهای ژنتیکی مبتنی بر SNP و رخداد حذف-اضافه با استفاده از دادههای ترانسکریپتومی در برخی از ژنهای بیان شده در ماهی قزلآلای رنگینکمان تیمار شده با ویروس VHSV بود.
مواد و روش‌ها: در این تحقیق از دادههای حاصل از توالییابیRNA از بافت طحال ماهی قزلآلای رنگینکمان تیمار شده با ویروس VHSV استفاده شد. کنترل کیفی و همردیفی خوانشها بهترتیب با استفاده از نرمافزارهای FastQC و STAR انجام شد. برای شناساییSNP ها و InDelها از مجموعهای از ابزارهای بیوانفورماتیکی(GATK) استفاده شد. واریانتها در مرحله نخست با استفاده ازGTAK HaplotypeCaller شناسایی و در مرحله بعد برای افزایش دقت و فیلترینگ SNPهای شناسایی شده اولیه، از ابزار GTAK Variant Filtration استفاده شد. پس از فیلترینگ، واریانتهای شناسایی شده با استفاده از نرمافزار SnpEff حاشیهنویسی و تعیین هویت شدند. در مرحله پایانی با استفاده از نرمافزار STRING ژنهای مرتبط با سه ژن اصلی TLR۸، IRF۱۰ و GAPDH شناسایی و شبکه ژنی برمبنای این سه ژن ترسیم و ژن GAPDH بهعنوان ژن اصلی در نظر گرفته شد.
یافته‌ها: در این تحقیق واریانتهای ژنومیکی از نوع چندشکلی تک نوکلئوتیدی و رخداد حذف –اضافه در سه ژن TLR۸، IRF۱۰b و GAPDH که از ژن های مرتبط با سیستم ایمنی هستند در ماهی قزل آلای رنگین برای اولین بار شناسایی و گزارش شدند. در این پژوهش تعداد ۷۲SNP و ۱۵ InDel در ژن TLR۸، ۲۰SNP و ۳ InDel در ژن IRF۱۰ و ۲۱ SNP و ۸ InDel در ژن GAPDH شناسایی شد. در جایگاه ژنی TLR۸، بهترتیب ۹/۷ و ۲/۸ درصد از واریانتهای SNP در بالادست و پائیندست این ژن و نیز رخداد InsDel برابر با ۲۶/۷ درصد در بالادست و ۲۶/۷ درصد در پائیندست این ژن شناسایی شدند. در جایگاه ژنی IRF۱۰ بهترتیب ۱۰ و ۶۵ درصد از واریانتهای SNP در بالا دست و پائین دست و تنها ۳۳/۳ درصد از رخداد InsDel در پائیندست این ژن شناسایی شدند. در جایگاه ژنی GAPDH هریک از واریانتهای SNP و InsDel بهترتیب برابر با ۴۷/۶ و ۱۲/۵ درصد تنها در پائیندست این ژن شناسایی شدند. هیچیک از این نوع واریانتها در بالادست جایگاه ژنی GAPDH شناسایی نشده است.
نتیجه‌گیری: از کارهای تحقیقاتی ضروری در رمزگشایی نقشههای فنوتیپی و ژنوتیپی در دامهای اهلی، شناسایی آللهای خاص در تنطیم بیان ژنهاست. در این راستا اولین گام، ردیابی واریانتهای ژنومیکی در ژنهای بیان شده است. آنالیز نتایج این تحقیق نشان داد که موقعیت مکانی، نوع و وفور واریانتهای ژنتیکی در هریک از جایگاههای نشانگر مورد مطالعه متفاوت بودند. با توجه به شناسایی واریانتهای مبتنی بر SNP و رخداد InDel در سه ژن TLR۸، IRF۱۰b و GAPDH میتوان از این یافته‌ها در برنامههای اصلاح نژادی با استفاده از روش انتخاب بهکمک نشانگر در برابر عفونتهای ویروسی از جمله VHS و همچنین در طراحی اسنیپ چیپها در گونه ماهی استفاده نمود. از آنجاییکه واریانتهای مختلف شناسایی شده در هریک از جایگاههای نشانگری مورد مطالعه نقش تنظیمی در بیان ژنها دارند، فلذا بررسی تأثیر هریک از آنها در بیان اختصاصی آللها بسیار حائز اهمیت است. همچنین با داشتن اطلاعات ژنهای درگیر در سیستم ایمنی و با شناسایی نشانگرهای مولکولی مرتبط به این جایگاهها و از طرفی مطالعه همبستگی بین این جایگاهها با صفات کمی میتوان از آنها در طراحی برنامههای اصلاح نژاد در صنعت پرورش ماهی برای تولید سویههای مقاوم در مقابل بیماریها بهره برد.
مقدمه و هدف: سپتی سمی هموراژیک ویروسی (VHS) یکی از شایعترین بیماریهای ویروسی در صنعت پرورش ماهی قزلآلا رنگینکمان است که باعث خسارات اقتصادی سنگین می‌شود. اهمیت ماهی قزلآلای رنگینکمان در صنعت آبزیپروری ایران از یک سو و افزایش تلفات ناشی از شیوع بیماریهای عفونی از سوی دیگر نیاز به شناخت بیشتر سیستم ایمنی ماهیان و همچنین دستیابی به ابزاری جهت تشخیص دقیق عوامل ایجاد بیماریهای اینگونه از ماهیان را مشخص میسازد. کنترل و پیشگیری از شیوع بیماریها در ماهیان پرورشی مستلزم اجرای یک برنامه منظم تشخیص و درمان میباشد که در این رابطه نشانگرهای مولکولی میتوانند بهعنوان یک ابزار پایش و تشخیص مفید باشند. مطالعات اخیر نشان داد که رویکردهای محاسباتی برای شناسایی واریانتهای RNA توالییابی شده، از روشهای بسیار کارآمد و مقرون بهصرفه جهت ردیابی تنوع ژنومیکی هستند. برخی از واریانتهای مبتنی بر چند شکلی تک نوکلئوتیدی (SNP)، از جمله مترادف، غیر مترادف و غیر کد شونده و همچنین رخداد حذف-اضافه (InDel) ناشی از دادههای RNA توالییابی شده میتوانند بهعنوان یک نشانگر ژنتیکی مطلوب در آنالیزهای تفرق ژنتیکی بهویژه در بررسی بیان اختصاصی آللها مورد استفاده قرار گیرند. هدف از مطالعه حاضر شناسایی واریانتهای ژنتیکی مبتنی بر SNP و رخداد حذف-اضافه با استفاده از دادههای ترانسکریپتومی در برخی از ژنهای بیان شده در ماهی قزلآلای رنگینکمان تیمار شده با ویروس VHSV بود.
مواد و روش‌ها: در این تحقیق از دادههای حاصل از توالییابیRNA از بافت طحال ماهی قزلآلای رنگینکمان تیمار شده با ویروس VHSV استفاده شد. کنترل کیفی و همردیفی خوانشها بهترتیب با استفاده از نرمافزارهای FastQC و STAR انجام شد. برای شناساییSNP ها و InDelها از مجموعهای از ابزارهای بیوانفورماتیکی(GATK) استفاده شد. واریانتها در مرحله نخست با استفاده ازGTAK HaplotypeCaller شناسایی و در مرحله بعد برای افزایش دقت و فیلترینگ SNPهای شناسایی شده اولیه، از ابزار GTAK Variant Filtration استفاده شد. پس از فیلترینگ، واریانتهای شناسایی شده با استفاده از نرمافزار SnpEff حاشیهنویسی و تعیین هویت شدند. در مرحله پایانی با استفاده از نرمافزار STRING ژنهای مرتبط با سه ژن اصلی TLR۸، IRF۱۰ و GAPDH شناسایی و شبکه ژنی برمبنای این سه ژن ترسیم و ژن GAPDH بهعنوان ژن اصلی در نظر گرفته شد.
یافته‌ها: در این تحقیق واریانتهای ژنومیکی از نوع چندشکلی تک نوکلئوتیدی و رخداد حذف –اضافه در سه ژن TLR۸، IRF۱۰b و GAPDH که از ژن های مرتبط با سیستم ایمنی هستند در ماهی قزل آلای رنگین برای اولین بار شناسایی و گزارش شدند. در این پژوهش تعداد ۷۲SNP و ۱۵ InDel در ژن TLR۸، ۲۰SNP و ۳ InDel در ژن IRF۱۰ و ۲۱ SNP و ۸ InDel در ژن GAPDH شناسایی شد. در جایگاه ژنی TLR۸، بهترتیب ۹/۷ و ۲/۸ درصد از واریانتهای SNP در بالادست و پائیندست این ژن و نیز رخداد InsDel برابر با ۲۶/۷ درصد در بالادست و ۲۶/۷ درصد در پائیندست این ژن شناسایی شدند. در جایگاه ژنی IRF۱۰ بهترتیب ۱۰ و ۶۵ درصد از واریانتهای SNP در بالا دست و پائین دست و تنها ۳۳/۳ درصد از رخداد InsDel در پائیندست این ژن شناسایی شدند. در جایگاه ژنی GAPDH هریک از واریانتهای SNP و InsDel بهترتیب برابر با ۴۷/۶ و ۱۲/۵ درصد تنها در پائیندست این ژن شناسایی شدند. هیچیک از این نوع واریانتها در بالادست جایگاه ژنی GAPDH شناسایی نشده است.
نتیجه‌گیری: از کارهای تحقیقاتی ضروری در رمزگشایی نقشههای فنوتیپی و ژنوتیپی در دامهای اهلی، شناسایی آللهای خاص در تنطیم بیان ژنهاست. در این راستا اولین گام، ردیابی واریانتهای ژنومیکی در ژنهای بیان شده است. آنالیز نتایج این تحقیق نشان داد که موقعیت مکانی، نوع و وفور واریانتهای ژنتیکی در هریک از جایگاههای نشانگر مورد مطالعه متفاوت بودند. با توجه به شناسایی واریانتهای مبتنی بر SNP و رخداد InDel در سه ژن TLR۸، IRF۱۰b و GAPDH میتوان از این یافته‌ها در برنامههای اصلاح نژادی با استفاده از روش انتخاب بهکمک نشانگر در برابر عفونتهای ویروسی از جمله VHS و همچنین در طراحی اسنیپ چیپها در گونه ماهی استفاده نمود. از آنجاییکه واریانتهای مختلف شناسایی شده در هریک از جایگاههای نشانگری مورد مطالعه نقش تنظیمی در بیان ژنها دارند، فلذا بررسی تأثیر هریک از آنها در بیان اختصاصی آللها بسیار حائز اهمیت است. همچنین با داشتن اطلاعات ژنهای درگیر در سیستم ایمنی و با شناسایی نشانگرهای مولکولی مرتبط به این جایگاهها و از طرفی مطالعه همبستگی بین این جایگاهها با صفات کمی میتوان از آنها در طراحی برنامههای اصلاح نژاد در صنعت پرورش ماهی برای تولید سویههای مقاوم در مقابل بیماریها بهره برد.
| صفحه ۱ از ۱ |
پایگاه های مرتبط
کلمات کلیدی
تولیدات , دام ,نظرسنجی
کلیه حقوق این وب سایت متعلق به پژوهشهای تولیدات دامی می باشد.
طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق
© 2025 CC BY-NC 4.0 | Research On Animal Production
Designed & Developed by : Yektaweb