Research on Animal Production
پژوهشهاي توليدات دامي
rap
Agriculture
http://rap.sanru.ac.ir
1
admin
2251-8622
2676-461X
8
10.61186/rap
14
8888
13
fa
jalali
1396
10
1
gregorian
2018
1
1
8
17
online
1
fulltext
fa
ارزیابی تنوع ژنتیکی و روابط فیلوژنتیکی مرغان بومی ایران بر مبنای توالی
ناحیه D- loop از DNA میتوکندریایی
Assessment of Genetic Diversity and Phylogenetic Relationship of Iranian Indigenous Chickens Based on Mitochondrial D-Loop Sequences
تخصصي
Special
پژوهشي
Research
<strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">در مطالعه حاضر به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی و روابط فیلوژنی مرغان بومی ایران، 39 نمونه خون از مرغان بومی مراکز اصلاح نژاد مرغ بومی کشور (اصفهان، مازندران، یزد، فارس، آذربایجان غربی و خراسان) جمع­آوری گردید. به منظور مقایسه نتایج حاصل با دیگر نژادهای آسیایی، آفریقایی و اروپایی توالی ناحیه </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">D-loop</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> میتوکندری موجود در بانک جهانی ژن دریافت شد. </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">DNA</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> با استفاده از روش نمکی بهینه یافته استخراج و به عنوان الگو برای تکثیر و تعیین توالی ناحیه </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">D-Loop</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> ژنوم میتوکندری به کار برده شدند. با مطالعه توالی 2- 1231 جفت بازی ناحیه </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">D-Loop</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> در نمونه­های فوق، 16 هاپلوتایپ به همراه 14 جایگاه متغیر تشخیص داده شد. آنالیز واریانس مولکولی با استفاده از روش کیمورا انجام گرفت. مقادیر شاخص تثبیت با استفاده از روش کیمورا در دامنه­ای بین 1570/0- 37763/0 قرار گرفت. میزان واریانس در داخل و بین جمعیتهای مورد مطالعه به ترتیب برابر با 05/81 و 95/18 درصد برآورد شد. این آزمون نشان داد که در جمعیت­های مورد مطالعه، جمعیت­های آذربایجان غربی و اصفهان، اصفهان و فارس، اصفهان و خراسان، اصفهان و مازندران، اصفهان و یزد، فارس و خراسان و هم­چنین فارس و یزد با یکدیگر از نظر ژنتیکی متفاوت بودند (05/0></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">P</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">). از بین جمعیت­های مورد مطالعه جمعیت اصفهان با تمامی جمعیت­های دیگر از نظر ژنتیکی تفاوت معنی­دار داشته است (05/0></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">P</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">). به طور کلی نتایج بدست آمده نشان داد که مرغ بومی ایران دارای تنوع ژنتیکی قابل قبول بوده و درخت فیلوژنی ترسیم شده برمبنای هاپلوتایپ­های حاصله مرغان بومی ایران در دسته هاپلو گروه </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">A</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> (مرغان بومی</span></span></strong> <strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ژاپن، لکهورن سفید، ردآیلندرد)، هاپلوگروه </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">E</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> (مرغان بومی خاورمیانه و اروپا) و هاپلوگروه </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">C</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> (مرغان بومی آفریقا) قرار گرفتند. هم­چنین نتایج فیلوژنی مشخص کرد که مرغ بومی ایران همانند مرغ بومی ژاپن، چین، خاورمیانه، اروپا و آفریقا از آسیای جنوب شرقی و هندوستان منشا گرفته و احتمالا از طریق مسیرهای باستانی، از آسیای جنوب شرقی و هندوستان به ایران و از ایران به سمت غرب امتداد یافته و به دنیای غرب معرفی شده است.</span></span></strong>
In the present study for evaluation of genetic variability within and between Iranian native fowls, thirty nine blood samples were randomly collected from native fowls breeding stations of west Azarbayjan, Khorasan, Fars, Mazandaran, Yazd and Esfahan provinces. Inorder to compare the obtained results with other Asian, African and European breeds the D-loop sequences of mtDNA taken from GenBank. Total DNA of the samples was extracted by salting out procedure and was used as a template for amplification and sequencing of D-loop region of mtDNA. Sequence analysis of the 1231-2 bp D-loop region in all samples revealed a total of 16 haplotypes with 14 polymorphic sites. Analysis of molecular variance (AMOVA) was carried out based on Kimura method .The Fixation index values using kimura-2 parameter method ranged from -0.157 to 0.37763. The variation within and between the populations was estimate as (81.05 and 18.95, respectively). The genetic distance between Esfahan and West Azarbayejan, Esfahan and Fars, Esfahan and Khorasan, Esfahan and Mazandaran, Esfahan and Yazd, Fars and khorasan, Fars and Yazd populations were significantly different (p<0/05). The genetic distance was statistically significant (P<0.05) between Esfahan and all other populations. The result obtained in the present study showed an acceptable genetic variation in Iranian native chicken and according to the phylogenic tree, based on obtained haplotypes the Iranian breeds was clustred in haplogroup A (Japanese native, white leghorn, Rhode Island Red), haplogroup E (middle east and eruption chicken) and haplogroup C(African native chicken). AlSo in order to these results the Iranian native fowls like China, Japan, Middle east and African local fowls originated from Southeast Asia and Indian subcontinent then from this ancient way of Iran may probably extended and introduced to the western world.<br>
مرغ بومی ایران,DNA میتوکندری, فیلوژنی, تنوع ژنتیکی
Genetic diversity, Genetic distance, Iranian native chickens, mtDNA, Phylogenic
140
148
http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-250&slc_lang=fa&sid=1
kasra
Ahmadian
کسری
احمدیان
10031947532846007395
10031947532846007395
Yes
Ghodrat
Rahimi mianji
قدرت
رحیمی میانجی
10031947532846007396
10031947532846007396
No
Hadi
Sayahzadeh
هادی
سیاح زاده
10031947532846007397
10031947532846007397
No
Hamid
Deldar
حمید
دلدار
10031947532846007398
10031947532846007398
No