fa بررسی الگوی عدم تعادل لینکاژی و مطالعه ارتباط ژنومی هاپلوتیپی جهت شناسایی مناطق ژنومی موثر بر دو قلوزایی در گوسفندان نژاد بلوچی تخصصي Special پژوهشي Research <p>&nbsp;<strong> دوقلوزایی از صفات مهم اقتصادی در پرورش گوسفند می&shy;باشند. صفات تولید&shy;مثلی نه تنها در بین نژادهای مختلف گوسفند بلکه در بین گوسفندان یک نژاد نیز دارای تفاوت&shy;های عمده می&shy;باشند. در این تحقیق مطالعه الگوی عدم&shy;تعادل لینکاژی و ارتباط ژنومی هاپلوتیپی با استفاده از 42416 نشانگر تک&shy;نوکلئوتیدی برای شناسایی نواحی ژنومی مؤثر بر نرخ دو&shy;قلوزایی در گوسفند بلوچی انجام شد. نمونه&shy;های خون از 96 رأس گوسفند بلوچی همراه با داده&shy;های فنوتیپی مرتبط به صفات زایش و رشد متعلق به دو گله از ایستگاه تحقیقاتی عباس&shy;آباد تهیه شد. نمونه&shy;ها با استفاده از ریز&shy;آرایه&shy;های نانویی گوسفندی ( </strong><strong>50K </strong><strong>) تعیین ژنوتیپ شدند. با استفاده از نرم&shy;افزار </strong><strong>PLINK </strong><strong>ماتریس خویشاوندی </strong><strong>IBS </strong><strong>و هاپلوتیپ&shy;ها برای افراد محاسبه و مطالعه ارتباط هاپلوتیپ&shy;ها برای نرخ دو&shy;قلوزایی برای 4 شکم زایش با در نظر گرفتن بعد اول آزمون </strong><strong>MDS </strong><strong>و اثر گله به&shy;عنوان متغیر کمکی انجام شد. برای کنترل نرخ اشتباه در سطح خانواده، از تصحیح بنفرونی استفاده شد. ارتباط معنی&shy;دار پیشنهادی برای هاپلوتیپ&shy;ها روی کروموزوم&shy;های 1، 10 و 15 شناسایی شد. مقدار عدم تعادل لینکاژی با استفاده از آماره </strong><strong>r² </strong><strong>بین تمام جفت لوکوس ها محاسبه شد.. در فاصله کمتر از </strong><strong>10 Kb </strong><strong>میانگین </strong><strong>r² </strong><strong>برابر 33/0 بوده و برای نشانگرهای با فاصله 200 تا 500 کیلو باز میانگین </strong><strong>r² </strong><strong>086/0 بود. مقدار عدم نعادل لینکاژی در گوسفند بلوچی نسبت به آنچه در گاو شیری گزارش شده کمتر بوده و مشابه دیگر جمعیت&shy;های کوسفند می باشد. مطالعه بیشتر این نواحی در شناسایی ژن&shy;های کاندید دوقلوزایی در گوسفند کمک شایانی خواهد نمود. </strong></p> <span 12pt="" 14.0pt="" b="" calibri="" en-us="" fa="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">Twinning trait is an important trait in sheep breeding. Reproductive traits differ greatly across sheep breeds, but also between sheep in a single flock. Identification of ewes with higher twinning rate and more raised lambs per year is an important parameter for breeding and farming success. </span><span 12pt="" 14.0pt="" ar-sa="" b="" calibri="" en-us="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">A</span><span dir="rtl"></span><span 12.0pt="" 14pt="" ar-sa="" b="" calibri="" dir="rtl" en-us="" font-size:="" mso-ansi-font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-ascii-font-family:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" mso-hansi-font-family:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times=""><span dir="rtl"></span> </span><span 12pt="" 14.0pt="" ar-sa="" b="" calibri="" en-us="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">genome-wide haplotype association study,</span><span dir="rtl"></span><span 12.0pt="" 14pt="" ar-sa="" b="" calibri="" dir="rtl" en-us="" font-size:="" mso-ansi-font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-ascii-font-family:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" mso-hansi-font-family:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times=""><span dir="rtl"></span> </span><span 12pt="" 14.0pt="" ar-sa="" b="" calibri="" en-us="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">using </span><span 12pt="" 14.0pt="" b="" computermodern-regular="" en-us="" fa="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">42,416</span><span 12pt="" 14.0pt="" ar-sa="" b="" calibri="" en-us="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times=""> Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) was conducted to identify genomic regions affecting twinning rate in Baluchi sheep. We also studied LD patterns in this population. </span><span 12pt="" 14.0pt="" b="" calibri="" en-us="" fa="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">Blood samples </span><span 12pt="" 14.0pt="" ar-sa="" b="" calibri="" en-us="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">from a total of </span><span 12pt="" 14.0pt="" b="" calibri="" en-us="" fa="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">96 sheep from two herds and data on their twinning rate during the first four parities were collected. Animals were genotyped using the IlluminaOvineSNP50K BeadChip assay. Genetic stratification and herd effect were included as confounding effects and fitted into the statistical analyses. Haplotype based GWAS for twinning was performed with the first MDS component and</span><span dir="rtl"></span><span 12.0pt="" 14pt="" b="" calibri="" dir="rtl" en-us="" fa="" font-size:="" mso-ansi-font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-ascii-font-family:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" mso-hansi-font-family:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times=""><span dir="rtl"></span> </span><span 12pt="" 14.0pt="" b="" calibri="" en-us="" fa="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">herd effect as covariates</span><span 12pt="" 14.0pt="" ar-sa="" b="" calibri="" en-us="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">. </span><span 12pt="" 14.0pt="" b="" calibri="" en-us="" fa="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">To control the Association with twinning rate was tested using the software PLINK. Suggestive</span><span 12pt="" 14.0pt="" ar-sa="" b="" calibri="" en-us="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times=""> associations were identified for SNP on chromosomes 1, 10 and 15. </span><span 12pt="" 14.0pt="" b="" calibri="" en-us="" fa="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">LD was evaluated by measuring r² between all pairs of loci. For SNPs up to 10 kb apart, the average r² was 0.33, for SNPs separated by 200&ndash;500 kb the average r² was 0.086. The extent of LD in Baluchi sheep extends over much more limited distances than reported in dairy cattle and seems to be similar to other ovine populations. </span><span 12pt="" 14.0pt="" ar-sa="" b="" calibri="" en-us="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">Further studying of these regions in validation studies </span><span 12pt="" 14.0pt="" ar-sa="" b="" calibri="" en-au="" font-size:="" lang="EN-AU" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">will help the </span><span 12pt="" 14.0pt="" ar-sa="" b="" calibri="" en-us="" font-size:="" mso-ansi-language:="" mso-bidi-font-family:="" mso-bidi-font-size:="" mso-bidi-language:="" mso-fareast-font-family:="" mso-fareast-language:="" new="" style="LINE-HEIGHT: 115% FONT-FAMILY: " times="">identification of candidate genes for twinning rate in sheep.</span> دو قلوزایی, گوسفند, LD , هایپلوتیپ, پویش ژنومی Twining, Sheep, LD, Haplotype, Genomic wide association 166 178 http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-93&slc_lang=fa&sid=1 Mohsen Gholizadeh محسن قلی زاده 100319475328460010204 100319475328460010204 Yes Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری Ghodrat Rahimi Mianji قدرت رحیمی میانجی 100319475328460010205 100319475328460010205 No Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری Ardeshir Nejati Javaremi اردشیر نجاتی جوارمی 100319475328460010206 100319475328460010206 No University of Tehran دانشگاه تهران