Research on Animal Production

fa شناسایی واریانت‎ های ژنتیکی مبتنی بر چندشکلی تک نوکلئوتیدی و رخداد حذف-اضافه در ژن ‎های TLR8 ،IRF10b و GAPDH مرتبط با سیستم ایمنی در ماهی قزل ‎آلای رنگین‎ کمان با استفاده از داده ‎های ترانسکریپتومی Identification of Genetic Variants Based on Single Nucleotide Polymorphisms and Insertion-Deletion Events in TLR8, IRF10b, and GAPDH Genes Related to the Immune System in Rainbow Trout Using Transcriptomic Data . ژنتیک و اصلاح نژاد دام ژنتیک و اصلاح نژاد دام پژوهشي Research <div style="text-align: justify;">چکیده مبسوط مقدمه و هدف: سپتی سمی هموراژیک ویروسی (VHS) یکی از شایع&lrm;ترین بیماری&lrm;های ویروسی در صنعت پرورش ماهی قزل&lrm;آلا رنگین&lrm;کمان است که باعث خسارات اقتصادی سنگین می&lrm;شود. اهمیت ماهی قزل&lrm;آلای رنگین&lrm;کمان در صنعت آبزی&lrm;پروری ایران از یک سو و افزایش تلفات ناشی از شیوع بیماری&lrm;های عفونی از سوی دیگر نیاز به شناخت بیشتر سیستم ایمنی ماهیان و همچنین دست&lrm;یابی به ابزاری جهت تشخیص دقیق عوامل ایجاد بیماری&lrm;های این&lrm;گونه از ماهیان را مشخص می&lrm;سازد. کنترل و پیشگیری از شیوع بیماری&lrm;ها در ماهیان پرورشی مستلزم اجرای یک برنامه منظم تشخیص و درمان می&lrm;باشد که در این رابطه نشانگرهای مولکولی می&lrm;توانند به&lrm;عنوان یک ابزار پایش و تشخیص مفید باشند. مطالعات اخیر نشان داد که رویکردهای محاسباتی برای شناسایی واریانت&lrm;های RNA توالی&lrm;یابی شده، از روش&lrm;های بسیار کارآمد و مقرون به&lrm;صرفه جهت ردیابی تنوع ژنومیکی هستند. برخی از واریانت&lrm;های مبتنی بر چند شکلی تک نوکلئوتیدی (SNP)، از جمله مترادف، غیر مترادف و غیر کد شونده و همچنین رخداد حذف-اضافه (InDel) ناشی از داده&lrm;های RNA توالی&lrm;یابی شده می&lrm;توانند به&lrm;عنوان یک نشانگر ژنتیکی مطلوب در آنالیزهای تفرق ژنتیکی به&lrm;ویژه در بررسی بیان اختصاصی آلل&lrm;ها مورد استفاده قرار گیرند. هدف از مطالعه حاضر شناسایی واریانت&lrm;های ژنتیکی مبتنی بر SNP و رخداد حذف-اضافه با استفاده از داده&lrm;های ترانسکریپتومی در برخی از ژن&lrm;های بیان شده در ماهی قزل&lrm;آلای رنگین&lrm;کمان تیمار شده با ویروس VHSV بود. مواد و روش‌ها: در این تحقیق از داده&lrm;های حاصل از توالی&lrm;یابیRNA  از بافت‌ طحال ماهی قزل&lrm;آلای رنگین&lrm;کمان تیمار شده با ویروس VHSV استفاده شد. کنترل کیفی و هم&lrm;ردیفی خوانش&lrm;ها به&lrm;ترتیب با استفاده از نرم&lrm;افزارهای FastQC و STAR انجام شد. برای شناساییSNP &lrm;ها و InDel&lrm;ها از مجموعه&lrm;ای از ابزارهای بیوانفورماتیکی(GATK)  استفاده شد. واریانت&lrm;ها در مرحله نخست با استفاده ازGTAK HaplotypeCaller  شناسایی و در مرحله بعد برای افزایش دقت و فیلترینگ SNPهای شناسایی شده اولیه، از ابزار GTAK Variant Filtration استفاده شد. پس از فیلترینگ، واریانت&lrm;های شناسایی شده با استفاده از نرم&lrm;افزار SnpEff حاشیه&lrm;نویسی و تعیین هویت شدند. در مرحله پایانی با استفاده از نرم&lrm;افزار STRING ژن&lrm;های مرتبط با سه ژن اصلی TLR8، IRF10 و GAPDH شناسایی و شبکه ژنی برمبنای این سه ژن ترسیم و ژن GAPDH به&lrm;عنوان ژن اصلی در نظر گرفته شد. یافته‌ها: در این تحقیق واریانت&lrm;های ژنومیکی از نوع چندشکلی تک نوکلئوتیدی و رخداد حذف –اضافه در سه ژن TLR8،  IRF10b و GAPDH که از ژن های مرتبط با سیستم ایمنی هستند در ماهی قزل آلای رنگین برای اولین بار شناسایی و گزارش شدند. در این پژوهش تعداد 72SNP  و 15 InDel در ژن TLR8، 20SNP  و 3 InDel در ژن IRF10 و 21 SNP و 8 InDel در ژن GAPDH شناسایی شد. در جایگاه ژنی TLR8، به&lrm;ترتیب 9/7 و 2/8 درصد از واریانت&lrm;های SNP در بالادست و پائین&lrm;دست این ژن و نیز رخداد InsDel برابر با 26/7 درصد در بالادست و 26/7 درصد در پائین&lrm;دست این ژن شناسایی شدند. در جایگاه ژنی IRF10 به&lrm;ترتیب 10 و 65 درصد از واریانت&lrm;های SNP در بالا دست و پائین دست و تنها 33/3 درصد از رخداد InsDel در پائین&lrm;دست این ژن شناسایی شدند. در جایگاه ژنی GAPDH هریک از واریانت&lrm;های SNP و InsDel به&lrm;ترتیب برابر با 47/6 و 12/5 درصد تنها در پائین&lrm;دست این ژن شناسایی شدند. هیچ&lrm;یک از این نوع واریانت&lrm;ها در بالادست جایگاه ژنی GAPDH شناسایی نشده است.   نتیجه‌گیری: از کارهای تحقیقاتی ضروری در رمزگشایی نقشه&lrm;های فنوتیپی و ژنوتیپی در دام&lrm;های اهلی، شناسایی آلل&lrm;های خاص در تنطیم بیان ژن&lrm;هاست. در این راستا اولین گام، ردیابی واریانت&lrm;های ژنومیکی در ژن&lrm;های بیان شده است. آنالیز نتایج این تحقیق نشان داد که موقعیت مکانی، نوع و وفور واریانت&lrm;های ژنتیکی در هریک از جایگاه&lrm;های نشانگر مورد مطالعه متفاوت بودند. با توجه به شناسایی واریانت&lrm;های مبتنی بر SNP و رخداد InDel در سه ژن TLR8، IRF10b و GAPDH می&lrm;توان از این یافته&lrm;ها در برنامه&lrm;های اصلاح نژادی با استفاده از روش انتخاب به&lrm;کمک نشانگر در برابر عفونت&lrm;های ویروسی از جمله VHS و همچنین در طراحی اسنیپ چیپ&lrm;ها در گونه ماهی استفاده نمود. از آنجایی&lrm;که واریانت&lrm;های مختلف شناسایی شده در هریک از جایگاه&lrm;های نشانگری مورد مطالعه نقش تنظیمی در بیان ژن&lrm;ها دارند، فلذا بررسی تأثیر هریک از آن&lrm;ها در بیان اختصاصی آلل&lrm;ها بسیار حائز اهمیت است. همچنین با داشتن اطلاعات ژن&lrm;های درگیر در سیستم ایمنی و با شناسایی نشانگرهای مولکولی مرتبط به این جایگاه&lrm;ها و از طرفی مطالعه همبستگی بین این جایگاه&lrm;ها با صفات کمی می&lrm;توان از آن&lrm;ها در طراحی برنامه&lrm;های اصلاح نژاد در صنعت پرورش ماهی برای تولید سویه&lrm;های مقاوم در مقابل بیماری&lrm;ها بهره برد.    </div> <div style="text-align: justify;">Extended Abstract Background: Viral hemorrhagic septicemia (VHS) is one of the most common viral diseases in the rainbow salmon farming industry, which causes heavy economic losses. Rainbow trout’s importance in the Iranian aquaculture industry, on the one hand, and the increase in deaths due to the spread of infectious diseases, on the other hand, highlight the need for further understanding of the fish immune system and obtaining a tool to accurately diagnose the causes of diseases in this fish species. The control and prevention of disease outbreaks in farmed fish requires the implementation of a regular diagnosis and treatment program, for which molecular markers can be useful as a monitoring and diagnostic tool. Recent studies have shown that computational approaches to identify sequenced RNA variants are very efficient and cost-effective methods for tracking genomic diversity. Some variants based on single nucleotide polymorphisms (SNPs), including synonymous, non-synonymous, and non-coding, as well as insertion-deletion (InDel) events resulting in RNA sequencing data, can be used as a desirable genetic marker in genetic differentiation analysis, especially in investigating allele-specific expression. The present study aimed to identify genetic variants based on SNP and InDel occurrence using transcriptomic data in some genes expressed in rainbow trout treated with the VHS virus. Methods: RNA sequencing data from the spleen tissue of rainbow trout treated with the VHS virus was used in this research. Quality control and alignment of readings were done using FastQC and STAR software, respectively. A set of bioinformatics tools (GATK) was used to identify SNPs and InDels. Variants were identified in the first step using GTAK HaplotypeCaller, and the GTAK Variant Filtration tool was used in the next step to increase the accuracy and filtering of the initially identified SNPs. After filtering, the detected variants were annotated and identified using SnpEff software. In the final step, the genes related to the three main genes (TLR8, IRF10, and GAPDH) were identified using STRING software, and the gene network was drawn based on these three genes. The GAPDH gene was considered the main gene. Results: In this research, genomic variants of SNPs and InDel events in three TLR8, IRF10b, and GAPDH genes, which are related to the immune system, were identified and reported in rainbow trout for the first time. In total, 72 SNPs and 15 InDels in the TLR8 gene, 20 SNPs and 3 InDels in the IRF10 gene, and 21 SNPs and 8 InDels in the GAPDH gene were identified in this study. In the TLR8 gene locus, 9.7 and 2.8% of SNP variants were detected upstream and downstream of this gene, respectively, and the occurrence of InDel was equal to 26.7%, which was detected in both upstream and downstream of this gene. In the IRF10 gene locus, 10 and 65% of SNP variants were detected upstream and downstream, respectively, and only 33.3% of InDel events were detected downstream of this gene. In the GAPDH downstream gene position, each of the SNP and InsDel variants was detected with frequencies equal to 47.6% and 12.5%, respectively, only in the downstream site of this gene. None of these types of variants were identified in the upstream site of the GAPDH gene. <v:shape href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc/2.0/" id="Picture_x0020_17" o:button="t" style="position:absolute; left:0; text-align:left; margin-left:-3px; margin-top:51px; width:63.95pt; height:23.6pt; z-index:251664384" type="#_x0000_t75"> <v:fill o:detectmouseclick="t"> </v:fill></v:shape><v:shape filled="f" id="Text_x0020_Box_x0020_16" o:gfxdata="UEsDBBQABgAIAAAAIQC75UiUBQEAAB4CAAATAAAAW0NvbnRlbnRfVHlwZXNdLnhtbKSRvU7DMBSF dyTewfKKEqcMCKEmHfgZgaE8wMW+SSwc27JvS/v23KTJgkoXFsu+P+c7Ol5vDoMTe0zZBl/LVVlJ gV4HY31Xy4/tS3EvRSbwBlzwWMsjZrlprq/W22PELHjb51r2RPFBqax7HCCXIaLnThvSAMTP1KkI +gs6VLdVdad08ISeCho1ZLN+whZ2jsTzgcsnJwldluLxNDiyagkxOquB2Knae/OLUsyEkjenmdzb mG/YhlRnCWPnb8C898bRJGtQvEOiVxjYhtLOxs8AySiT4JuDystlVV4WPeM6tK3VaILeDZxIOSsu ti/jidNGNZ3/J08yC1dNv9v8AAAA//8DAFBLAwQUAAYACAAAACEArTA/8cEAAAAyAQAACwAAAF9y ZWxzLy5yZWxzhI/NCsIwEITvgu8Q9m7TehCRpr2I4FX0AdZk2wbbJGTj39ubi6AgeJtl2G9m6vYx jeJGka13CqqiBEFOe2Ndr+B03C3WIDihMzh6RwqexNA281l9oBFTfuLBBhaZ4ljBkFLYSMl6oAm5 8IFcdjofJ0z5jL0MqC/Yk1yW5UrGTwY0X0yxNwri3lQgjs+Qk/+zfddZTVuvrxO59CNCmoj3vCwj MfaUFOjRhrPHaN4Wv0VV5OYgm1p+LW1eAAAA//8DAFBLAwQUAAYACAAAACEA+bnxlSkFAAAYEgAA HwAAAGNsaXBib2FyZC9kcmF3aW5ncy9kcmF3aW5nMS54bWzsWNtu2zYYvh+wdyB0XceSLR9RpXDs uCiQtkHdPgBN0RYXitRIyocMe6C9xp5sHyk7cdKt3dr0pqsNSDz8/PmfD3r+YldKsuHGCq2yKDmL I8IV07lQ6yz68H7eGkbEOqpyKrXiWbTnNnpx/vNPz+l4bWhVCEaAQdkxzaLCuWrcbltW8JLaM11x hb2VNiV1mJp1Ozd0C8ylbHfiuN8uqVDR+T2qGXWU1EZ8ASqp2Q3Pp1RtqAVKycanKwcaJft6zHSs Ni9NtaiujaecvdlcGyLyLILkFC0hoqh92DiAYdp+dGp9j2C3MqWH16sV2UEDw3530OlFZI9xv5N2 u3GDj+8cYQBI+0k/7eEyBohuf9iNDwCsePsZFKy4/DQSkNmQg8EJibbyBKrNxzwng+EwGQ76oLfh /b0n80LvSNK/E4M/RtwOq2ApqNtWV1CXJUpPC6rWfGKM3hac5tZDNPKCYJv7guyOV1uPa7l9rXMI mtZOB3xPJMM79um4Mta95LokfpBFhjMXbqKbK+saAo8gQTZ6LqQMepfqwQJwNisQDI76PS+iYOS/ jeLR5fBymLbSTv+ylcazWWsyn6at/jwZ9Gbd2XQ6S3739ybpuBB5zpW/5uhwSfqRNZeCGW31yp0x XbZhUoLxo9PB5ZL43uWsliL36DxJ1qyXU2nIhsosmoffQQ0nYO2HZASrBi+PWEo6aXzRGbXm/eGg lc7TXms0iIetOBldjPpxOkpn84csXQnFv54lss2iUQ+OE9j5R97i8PuYNzouheOGSFFm0fAOiI69 VV6qPKjWUSGb8YkoPPn3ooC6j4rG0Furp8ftFsGFvBPke7+yxBuWbDSMC76MAOze4rGSGnwwKaqI FNrcPl7zcFA6diKyRfjNIvtrTQ2PiHyl4DyjJE2BzoVJ2ht0MDGnO8vTHaoYUGWRi0gznDrMcKSu jFgXuKlxV6Un8LSVOBh+Q7vnQlq3cHvJg3QCh949qVwjlfxSW+A1DgYVB6VItahY0E7FrplrbC2J BxD2QR+nEJNVMCwLWGcbWKjlqLiKhX2I+CDhIGaDyyXiSRZx1fqwQOK6zaI+ToVbv8Am+GoFx288 HtxSJxRx+4qvKEP4mVIplkZEpKJKWyzEnXge9/D0/zTu+id2hWPFnJZC+oCNBVZQY3lQfBAcp98A KbNPjhTShoS9LN35VFf7YCPkzz/AbUrm9JZLQV7rdUFzWhLuYAdn5LpeSmELnpPlniyoEWSyNoLV 0tWGSrJgAtUGt7C/nLyhzeI7bnVt/OoHJUJp4vZnPoXCIjwNngKu8mtq6Lu/03iSHFT+vahvYgSV D8zsIkYoPRhaMLbPmhkEdy+zIMfGX70wfzjt/8Np3xfCkq02NwRvidJAWThmrXIkPkoeedinIyqp kXrU+l9E1vn8GLRPA/D34ppPlQMKKdTNFDq5OZRCSMSfb6eaAm+mWV1y5ZqeynCfp7SyhagsEvDY 9ybmVX6sq+9DuOEA3HAy1WUJeDJxzohl7Q+33mjll7lhCD0kPYsRiyttHOzlqjGc/2QuPxLwU5QK pwmYbNF6F8ixqBgtqS06eOI0gU7zZ4QhOz8jubCNQnlIryW94QSuLjaN2n0gsATdOdow1UK/cNR2 VZsK9Qz2DBogV3CC/h3nqHxGKAKHVmv/9hvowFBBEr0KM42KQCjYyzHGMNTUOVoofAkw8kcO/yY5 3NdFd20F7GBRvUPNisIybPi+AwPfwbcffRMJG4dvOP7Dy+n8/C8AAAD//wMAUEsDBBQABgAIAAAA IQCSfYfgHQcAAEkgAAAaAAAAY2xpcGJvYXJkL3RoZW1lL3RoZW1lMS54bWzsWUtvGzcQvhfof1js vbFkvWIjcmDJctzEL0RKihwpidplzF0uSMqObkVy6qVAgbTooQF666EoGqABGvTSH2PAQZv+iA65 L1Ki4gdcIChsAcbu7DfD4czszOzwzt1nEfWOMReExW2/eqviezgesTGJg7b/aLD92W3fExLFY0RZ jNv+DAv/7sann9xB6yNKkiFDfDwIcYQ9EBSLddT2QymT9ZUVMQIyErdYgmN4NmE8QhJuebAy5ugE Fojoymql0lyJEIn9DZAolaAehX+xFIoworyvxGAvRhGsfjCZkBHW2PFRVSHETHQp944Rbfsgc8xO BviZ9D2KhIQHbb+i//yVjTsraD1jonIJr8G3rf8yvoxhfLSq1+TBsFi0Xm/Um5uFfA2gchHXa/Wa vWYhTwPQaAQ7TXWxZbZWu/UMa4DSS4fsrdZWrWrhDfm1BZ03G+pn4TUolV9fwG9vd8GKFl6DUnxj Ad/orHW2bPkalOKbC/hWZXOr3rLka1BISXy0gK40mrVuvtsCMmF0xwlfa9S3W6uZ8BIF0VBEl1pi wmK5LNYi9JTxbQAoIEWSxJ6cJXiCRhCTXUTJkBNvlwQhBF6CYiaAXFmtbFdq8F/96vpKexStY2Rw K71AE7FAUvp4YsRJItv+fZDqG5Czt29Pn785ff776YsXp89/zdbWoiy+HRQHJt/7n77559WX3t+/ /fj+5bfp0vN4YeLf/fLVuz/+/JB42HFpirPvXr978/rs+6//+vmlQ/omR0MTPiARFt4+PvEesgg2 6NAfD/nlOAYhIibHZhwIFCO1ikN+T4YWen+GKHLgOti242MOqcYFvDd9aincD/lUEofEB2FkAfcY ox3GnVZ4oNYyzDyYxoF7cT41cQ8ROnat3UWx5eXeNIEcS1wiuyG21DykKJYowDGWnnrGjjB27O4J IZZd98iIM8Em0ntCvA4iTpMMyNCKppJph0Tgl5lLQfC3ZZu9x16HUdeut/CxjYR3A1GH8gNMLTPe Q1OJIpfIAYqoafBdJEOXkv0ZH5m4npDg6QBT5vXGWAgXzwGH/RpOfwBpxu32PTqLbCSX5Mglcxcx ZiK32FE3RFHiwvZJHJrYz8URhCjyDpl0wfeY/Yaoe/ADipe6+zHBlrvPzwaPIMOaKpUBop5MucOX 9zCz4rc/oxOEXalmk0dWit3kxBkdnWlghfYuxhSdoDHG3qPPHRp0WGLZvFT6fghZZQe7Aus+smNV 3cdYYE83N4t5cpcIK2T7OGBL9NmbzSWeGYojxJdJ3gevmzbvQamLXAFwQEdHJnCfQL8H8eI0yoEA GUZwL5V6GCKrgKl74Y7XGbf8d5F3DN7Lp5YaF3gvgQdfmgcSu8nzQdsMELUWKANmgKDLcKVbYLHc X7Ko4qrZpk6+if3Slm6A7shqeiISn9sBzfU+jf+u94EO4+yHV46X7Xr6HbdgK1ldstNZlkx25vqb Zbj5rqbL+Jh8/E3NFprGhxjqyGLGuulpbnoa/3/f0yx7n286mWX9xk0n40OHcdPJZMOV6+lkyuYF +ho18EgHPXrsEy2d+kwIpX05o3hX6MGPgO+Z8TYQFZ+ebuJiCpiEcKnKHCxg4QKONI/HmfyCyLAf ogSmQ1VfCQlEJjoQXsIEDI002Slb4ek02mPjdNhZrarBZlpZBZIlvdIo6DCokim62SoHeIV4rW2g B625Aor3MkoYi9lK1BxKtHKiMpIe64LRHEronV2LFmsOLW4r8bmrFrQA1QqvwAe3B5/pbb9RBxZg gnkcNOdj5afU1bl3tTOv09PLjGlFADTYeQSUnl5Tui7dntpdGmoX8LSlhBFuthLaMrrBEyF8BmfR qagXUeOyvl4rXWqpp0yh14PQKtVo3f6QFlf1NfDN5wYam5mCxt5J22/WGhAyI5S0/QkMjeEySiB2 hPrmQjSA45aR5OkLf5XMknAht5AIU4PrpJNmg4hIzD1Koravtl+4gcY6h2jdqquQED5a5dYgrXxs yoHTbSfjyQSPpOl2g6Isnd5Chk9zhfOpZr86WHGyKbi7H45PvCGd8ocIQqzRqioDjomAs4Nqas0x gcOwIpGV8TdXmLK0a55G6RhK6YgmIcoqipnMU7hO5YU6+q6wgXGX7RkMapgkK4TDQBVY06hWNS2q RqrD0qp7PpOynJE0y5ppZRVVNd1ZzFohLwNztrxakTe0yk0MOc2s8Gnqnk+5a3mum+sTiioBBi/s 56i6FygIhmrlYpZqSuPFNKxydka1a0e+wXNUu0iRMLJ+Mxc7Z7eiRjiXA+KVKj/wzUctkCZ5X6kt 7TrY3kOJNwyqbR8Ol2E4+Ayu4HjaB9qqoq0qGlzBmTOUi/SguO1nFzkFnqeUAlPLKbUcU88p9ZzS yCmNnNLMKU3f0yeqcIqvDlN9Lz8whRqWHbBmvYV9+r/xLwAAAP//AwBQSwMEFAAGAAgAAAAhAM+3 /OEEAQAA8AEAACoAAABjbGlwYm9hcmQvZHJhd2luZ3MvX3JlbHMvZHJhd2luZzEueG1sLnJlbHOs kctqwzAQRfeF/oOZvSU7lFJKZG/SQhbdlPQDVHn8INbIaFQT/30nzqINBLrpRiAJ3Tnnaluf/JjN GHkIZKBUBWRILjQDdQY+Dq/5E2ScLDV2DIQGFmSoq/u77TuONskj7oeJM0khNtCnND1rza5Hb1mF CUlu2hC9TbKNnZ6sO9oO9aYoHnX8nQHVVWa2bwzEfbOB7LBMMvnv7NC2g8NdcF8eKd0YoZNwoQTa 2GEyoNTl5LKWSlhB38Yo/xOjF6E4DnT8QTnbsVTnIkqtM7rgvZS7djaKFTGy/lxycvpBFbqO2BrX h8AY8/kMtyq9hUaaejkljGRXF331T9U3AAAA//8DAFBLAQItABQABgAIAAAAIQC75UiUBQEAAB4C AAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABbQ29udGVudF9UeXBlc10ueG1sUEsBAi0AFAAGAAgAAAAhAK0w P/HBAAAAMgEAAAsAAAAAAAAAAAAAAAAANgEAAF9yZWxzLy5yZWxzUEsBAi0AFAAGAAgAAAAhAPm5 8ZUpBQAAGBIAAB8AAAAAAAAAAAAAAAAAIAIAAGNsaXBib2FyZC9kcmF3aW5ncy9kcmF3aW5nMS54 bWxQSwECLQAUAAYACAAAACEAkn2H4B0HAABJIAAAGgAAAAAAAAAAAAAAAACGBwAAY2xpcGJvYXJk L3RoZW1lL3RoZW1lMS54bWxQSwECLQAUAAYACAAAACEAz7f84QQBAADwAQAAKgAAAAAAAAAAAAAA AADbDgAAY2xpcGJvYXJkL2RyYXdpbmdzL19yZWxzL2RyYXdpbmcxLnhtbC5yZWxzUEsFBgAAAAAF AAUAZwEAACcQAAAAAA== " stroked="f" style="position:absolute; left:0; text-align:left; margin-left:416px; margin-top:50px; width:363.5pt; height:29pt; z-index:251663360; v-text-anchor:top" type="#_x0000_t202"> <v:textbox> </v:textbox> <w:wrap anchorx="margin"> </w:wrap></v:shape>Conclusion: One of the essential research works in deciphering phenotypic and genotypic maps in domestic animals is to identify specific alleles in gene regulation. In this regard, the first step <v:shape filled="f" id="Text_x0020_Box_x0020_8" o:gfxdata="UEsDBBQABgAIAAAAIQC75UiUBQEAAB4CAAATAAAAW0NvbnRlbnRfVHlwZXNdLnhtbKSRvU7DMBSF dyTewfKKEqcMCKEmHfgZgaE8wMW+SSwc27JvS/v23KTJgkoXFsu+P+c7Ol5vDoMTe0zZBl/LVVlJ gV4HY31Xy4/tS3EvRSbwBlzwWMsjZrlprq/W22PELHjb51r2RPFBqax7HCCXIaLnThvSAMTP1KkI +gs6VLdVdad08ISeCho1ZLN+whZ2jsTzgcsnJwldluLxNDiyagkxOquB2Knae/OLUsyEkjenmdzb mG/YhlRnCWPnb8C898bRJGtQvEOiVxjYhtLOxs8AySiT4JuDystlVV4WPeM6tK3VaILeDZxIOSsu ti/jidNGNZ3/J08yC1dNv9v8AAAA//8DAFBLAwQUAAYACAAAACEArTA/8cEAAAAyAQAACwAAAF9y ZWxzLy5yZWxzhI/NCsIwEITvgu8Q9m7TehCRpr2I4FX0AdZk2wbbJGTj39ubi6AgeJtl2G9m6vYx jeJGka13CqqiBEFOe2Ndr+B03C3WIDihMzh6RwqexNA281l9oBFTfuLBBhaZ4ljBkFLYSMl6oAm5 8IFcdjofJ0z5jL0MqC/Yk1yW5UrGTwY0X0yxNwri3lQgjs+Qk/+zfddZTVuvrxO59CNCmoj3vCwj MfaUFOjRhrPHaN4Wv0VV5OYgm1p+LW1eAAAA//8DAFBLAwQUAAYACAAAACEAh+yK2xoEAAA+CgAA HwAAAGNsaXBib2FyZC9kcmF3aW5ncy9kcmF3aW5nMS54bWzUVttu4zYQfS/QfyD4HNuUQ9mWscrC sePFAuluEGf7zlCURZQiVZK+7aJAv6Yf1i/pkLJjx2lToNmXOolDcoZnZs5cpHfvt7VCa2GdNDrH SZdgJDQ3hdTLHH95mHdGGDnPdMGU0SLHO+Hw+6sff3jHxkvLmkpyBAjajVmOK++bca/neCVq5rqm ERpkpbE187C1y15h2QaQa9XrEzLo1UxqfHWEmjHP0MrK/wClDP9FFFOm18wBpOLj05O9j4q/HZmN 9fqDbRbNnQ2e80/rO4tkkWNgTrMaKMK9vWCvBtve2a3lEWBb2jrom7JEW8gASdLLQYrRLsfDIR0S 0sKJrUcc5GlKkgEFWxwU+qN0mO4VePX5dQRe3byOAU62zsDixEHXBPf0+mXEfdIfZWQ4oPQQ+kNw 89ps0eiJhHAN+S0cQnAx2a65hWQ5pM20YnopJtaaTSVY4YJGyxbQ2tqLzB1Mu4D1uPnJFEAzW3kT 8b4Pg0/Rs3Fjnf8gTI3CIsdWcB8NsfWt861/B5VIjZlLpWLSlX52AJjtCdACV4MsEBQr/FtGspvR zYh2aH9w06FkNutM5lPaGcyTYTq7nE2ns+S3YDeh40oWhdDBzKHbEvqilGvJrXGm9F1u6h7Uk+Ti 0HHQbwk59pszShYBLrjk7PJxqixaM5Xjefzss3Ci1nvuRixpiOUspKRPyXU/68wHo2GHzmnayYZk 1CFJdp0NCM3obP48pFupxdtDQpscZ2k/bcvrH2Mj8fMyNjaupRcWKVnnePSkxMahKG90EVPrmVTt +oSK4P6RCkj3IdGwDMUa6PHbReyg0APFLpw8wn8oZGuguKCTYfr6z/BVKgNxcCUbjCpjv56fBT1I Okgw2sDszbH7dcWswEh91NA7WULDYPBxQ9NhHzb2VPJ4KmGaA1SOPUbtcuphB1dWjZXLCiy13arN BBqtlPvCb30PUSjnF36nRGQnRhi6k6klPEcUWPZQTSRmROlFw8MV1/A77ttCSwjMtji7YpccNSZl rKqg612rCzk5ZK3hUQ539vRGji1YVjBLcix058sCHllfYyajeVGW0MFt64LbzEuN/K4RJeMwRh5k LRz6JDbo3tRMY9QwbRwICIw3MiCXJCUU/vqwgjnXSM+rOaulgvmbwMORV8w6ETMZmRDsBHzKlHy0 8hnoPIIFcAqQ8H0GegkH56DcnYBOrGRA8Imf1+AnBajDz79DAn/AWSzPq3vhBLO8QkajiZY1U+jO mmLFPbwTXKCfjeqiJL1AH51bCUQvEJih6M/f/3jjb/fl/S7KaHhYQgUED4N/Qhd3zLL7v8twkkBh RKVXU/y9svC/Se2Rs8gjNGfg9Gn+rJxYNPfQE1CwURAGFCzCk7539uYUBfs3vfB6drq/+gsAAP// AwBQSwMEFAAGAAgAAAAhAJJ9h+AdBwAASSAAABoAAABjbGlwYm9hcmQvdGhlbWUvdGhlbWUxLnht bOxZS28bNxC+F+h/WOy9sWS9YiNyYMly3MQvREqKHCmJ2mXMXS5Iyo5uRXLqpUCBtOihAXrroSga oAEa9NIfY8BBm/6IDrkvUqLiB1wgKGwBxu7sN8PhzOzM7PDO3WcR9Y4xF4TFbb96q+J7OB6xMYmD tv9osP3Zbd8TEsVjRFmM2/4MC//uxqef3EHrI0qSIUN8PAhxhD0QFIt11PZDKZP1lRUxAjISt1iC Y3g2YTxCEm55sDLm6AQWiOjKaqXSXIkQif0NkCiVoB6Ff7EUijCivK/EYC9GEax+MJmQEdbY8VFV IcRMdCn3jhFt+yBzzE4G+Jn0PYqEhAdtv6L//JWNOytoPWOicgmvwbet/zK+jGF8tKrX5MGwWLRe b9Sbm4V8DaByEddr9Zq9ZiFPA9BoBDtNdbFltla79QxrgNJLh+yt1latauEN+bUFnTcb6mfhNSiV X1/Ab293wYoWXoNSfGMB3+isdbZs+RqU4psL+FZlc6vesuRrUEhJfLSArjSatW6+2wIyYXTHCV9r 1Ldbq5nwEgXRUESXWmLCYrks1iL0lPFtACggRZLEnpwleIJGEJNdRMmQE2+XBCEEXoJiJoBcWa1s V2rwX/3q+kp7FK1jZHArvUATsUBS+nhixEki2/59kOobkLO3b0+fvzl9/vvpixenz3/N1taiLL4d FAcm3/ufvvnn1Zfe37/9+P7lt+nS83hh4t/98tW7P/78kHjYcWmKs+9ev3vz+uz7r//6+aVD+iZH QxM+IBEW3j4+8R6yCDbo0B8P+eU4BiEiJsdmHAgUI7WKQ35PhhZ6f4YocuA62LbjYw6pxgW8N31q KdwP+VQSh8QHYWQB9xijHcadVnig1jLMPJjGgXtxPjVxDxE6dq3dRbHl5d40gRxLXCK7IbbUPKQo lijAMZaeesaOMHbs7gkhll33yIgzwSbSe0K8DiJOkwzI0IqmkmmHROCXmUtB8Ldlm73HXodR1663 8LGNhHcDUYfyA0wtM95DU4kil8gBiqhp8F0kQ5eS/RkfmbiekODpAFPm9cZYCBfPAYf9Gk5/AGnG 7fY9OotsJJfkyCVzFzFmIrfYUTdEUeLC9kkcmtjPxRGEKPIOmXTB95j9hqh78AOKl7r7McGWu8/P Bo8gw5oqlQGinky5w5f3MLPitz+jE4RdqWaTR1aK3eTEGR2daWCF9i7GFJ2gMcbeo88dGnRYYtm8 VPp+CFllB7sC6z6yY1Xdx1hgTzc3i3lylwgrZPs4YEv02ZvNJZ4ZiiPEl0neB6+bNu9BqYtcAXBA R0cmcJ9Avwfx4jTKgQAZRnAvlXoYIquAqXvhjtcZt/x3kXcM3sunlhoXeC+BB1+aBxK7yfNB2wwQ tRYoA2aAoMtwpVtgsdxfsqjiqtmmTr6J/dKWboDuyGp6IhKf2wHN9T6N/673gQ7j7IdXjpftevod t2ArWV2y01mWTHbm+ptluPmupsv4mHz8Tc0WmsaHGOrIYsa66Wluehr/f9/TLHufbzqZZf3GTSfj Q4dx08lkw5Xr6WTK5gX6GjXwSAc9euwTLZ36TAilfTmjeFfowY+A75nxNhAVn55u4mIKmIRwqcoc LGDhAo40j8eZ/ILIsB+iBKZDVV8JCUQmOhBewgQMjTTZKVvh6TTaY+N02FmtqsFmWlkFkiW90ijo MKiSKbrZKgd4hXitbaAHrbkCivcyShiL2UrUHEq0cqIykh7rgtEcSuidXYsWaw4tbivxuasWtADV Cq/AB7cHn+ltv1EHFmCCeRw052Plp9TVuXe1M6/T08uMaUUANNh5BJSeXlO6Lt2e2l0aahfwtKWE EW62EtoyusETIXwGZ9GpqBdR47K+XitdaqmnTKHXg9Aq1Wjd/pAWV/U18M3nBhqbmYLG3knbb9Ya EDIjlLT9CQyN4TJKIHaE+uZCNIDjlpHk6Qt/lcyScCG3kAhTg+ukk2aDiEjMPUqitq+2X7iBxjqH aN2qq5AQPlrl1iCtfGzKgdNtJ+PJBI+k6XaDoiyd3kKGT3OF86lmvzpYcbIpuLsfjk+8IZ3yhwhC rNGqKgOOiYCzg2pqzTGBw7AikZXxN1eYsrRrnkbpGErpiCYhyiqKmcxTuE7lhTr6rrCBcZftGQxq mCQrhMNAFVjTqFY1LapGqsPSqns+k7KckTTLmmllFVU13VnMWiEvA3O2vFqRN7TKTQw5zazwaeqe T7lrea6b6xOKKgEGL+znqLoXKAiGauVilmpK48U0rHJ2RrVrR77Bc1S7SJEwsn4zFztnt6JGOJcD 4pUqP/DNRy2QJnlfqS3tOtjeQ4k3DKptHw6XYTj4DK7geNoH2qqirSoaXMGZM5SL9KC47WcXOQWe p5QCU8sptRxTzyn1nNLIKY2c0swpTd/TJ6pwiq8OU30vPzCFGpYdsGa9hX36v/EvAAAA//8DAFBL AwQUAAYACAAAACEAnGZGQbsAAAAkAQAAKgAAAGNsaXBib2FyZC9kcmF3aW5ncy9fcmVscy9kcmF3 aW5nMS54bWwucmVsc4SPzQrCMBCE74LvEPZu0noQkSa9iNCr1AcIyTYtNj8kUezbG+hFQfCyMLPs N7NN+7IzeWJMk3ccaloBQae8npzhcOsvuyOQlKXTcvYOOSyYoBXbTXPFWeZylMYpJFIoLnEYcw4n xpIa0cpEfUBXNoOPVuYio2FBqrs0yPZVdWDxkwHii0k6zSF2ugbSL6Ek/2f7YZgUnr16WHT5RwTL pRcWoIwGMwdKV2edNS1dgYmGff0m3gAAAP//AwBQSwECLQAUAAYACAAAACEAu+VIlAUBAAAeAgAA EwAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAW0NvbnRlbnRfVHlwZXNdLnhtbFBLAQItABQABgAIAAAAIQCtMD/x wQAAADIBAAALAAAAAAAAAAAAAAAAADYBAABfcmVscy8ucmVsc1BLAQItABQABgAIAAAAIQCH7Irb GgQAAD4KAAAfAAAAAAAAAAAAAAAAACACAABjbGlwYm9hcmQvZHJhd2luZ3MvZHJhd2luZzEueG1s UEsBAi0AFAAGAAgAAAAhAJJ9h+AdBwAASSAAABoAAAAAAAAAAAAAAAAAdwYAAGNsaXBib2FyZC90 aGVtZS90aGVtZTEueG1sUEsBAi0AFAAGAAgAAAAhAJxmRkG7AAAAJAEAACoAAAAAAAAAAAAAAAAA zA0AAGNsaXBib2FyZC9kcmF3aW5ncy9fcmVscy9kcmF3aW5nMS54bWwucmVsc1BLBQYAAAAABQAF AGcBAADPDgAAAAA= " stroked="f" style="position:absolute; left:0; text-align:left; margin-left:-7px; margin-top:-40px; width:433.2pt; height:22.5pt; z-index:251660288; v-text-anchor:top" type="#_x0000_t202"> <v:textbox> </v:textbox> <w:wrap anchorx="margin"> </w:wrap></v:shape>is to track the genomic variants in the expressed genes. The analysis of the results in this research showed that the location, type, and frequency of genetic variants were different in each of the studied marker sites. According to the identification of variants based on SNP and the occurrence of InDel in the three TLR8, IRF10b, and GAPDH genes, the results can be used in breeding programs using the MAS technique against viral infections, such as VHS, and in the design of SNP chips in fish species. Since the different variants identified in each of the studied marker sites have a regulatory role, it is very important to investigate the effect of each of them on allele-specific expression. Furthermore, acquiring information on genes involved in the immune system, identifying molecular markers associated with these loci, and studying the correlation between these loci and quantitative traits can be used in designing breeding programs in the fish farming industry to produce disease-resistant strains.  </div> بیماری سپتی سمی هموراژیک ویروسی, توالی‎ یابی RNA, قزل ‎آلای رنگین‎ کمان, واریانت‎ های ژنتیکی, SNP, InDel Genetic Markers, InDel, Rainbow Trout, RNA-sequencing, SNP, Viral Hemorrhagic septicemia (VHS) 93 106 http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1843-1&slc_lang=fa&sid=1 Najmeh Fazeli Moghadam نجمه فاضلی مقدم najmehfazeli938@gmail.com 100319475328460023854 0009-0007-5792-7383 Yes Department of Animal Sciences, Sari University of Agricultural Sciences and Natural Resources, Sari, Iran گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران Ghodrat Rahimi Miyanji قدرت رحیمی میانجی grahimimianji@yahoo.com 100319475328460023855 100319475328460023855 No Department of Animal Sciences, Sari University of Agricultural Sciences and Natural Resources, Sari, Iran گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران Ayoub Farhadi ایوب فرهادی ayoub_farhadi@ymail.com 100319475328460023856 100319475328460023856 No Department of Animal Sciences, Sari University of Agricultural Sciences and Natural Resources, Sari, Iran گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران Ardeshir Nejati Jawarami اردشیر نجاتی جوارمی javaremi@ut.ac.ir 100319475328460023857 100319475328460023857 No Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture, University of Tehran, Karaj, Iran گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تهران، کرج، ایران Elham Younesi Melardi الهام یونسی ملردی eyonesi@gmail.com 100319475328460023858 100319475328460023858 No Sari University of Agricultural Sciences and Natural Resources, Sari, Iran دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران