fa پویش ژنومی‌جزایر همخونی و ژن های مرتبط با آن در جمعیت گوسفندان دنیا ژنتیک و اصلاح نژاد دام ژنتیک و اصلاح نژاد دام پژوهشي Research <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><span style="line-height:2;"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" times=""><b><span lang="FA"><span 2="" mitra="">چکیده مبسوط</span></span></b></span></span></span><br> <span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" times=""><b><span lang="FA"><span 2="" mitra="">مقدمه و هدف:</span></span></b><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> امروزه از شناسایی رشته‌های هموزایگوت </span></span><span dir="LTR">Run of Homozygosity (ROH)</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> برای تعیین میزان همخونی در ژنوم گوسفند استفاده می‌شود. محل رشته‌های هموزایگوت که به طور مستمر تحت انتخاب هستند یا حاوی جهش‌های مطلوب اند، تمایل به تثبیت شدن در ژنوم دارند و در طی سال‌ها جزایر </span></span><span dir="LTR">ROH</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> را تشکیل دهند. با شناسایی جزایر </span></span><span dir="LTR">ROH</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> مناطقی از ژنوم که حاوی ژن‌های اقتصادی مهم هستند، قابل شناسایی اند.</span></span></span></span></span><br> <span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" times=""><b><span lang="FA"><span 2="" mitra="">مواد و روش‌ها:</span></span></b><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> در این پژوهش به منظور شناسایی جزایر </span></span><span dir="LTR">ROH</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> مرتبط با ژن‌های تحت اثر انتخاب، داده تعیین ژنوتیپ شده 2536 رأس گوسفند از 68 نژاد مختلف از سراسر دنیا با تراشه ی </span></span><span dir="LTR">k</span><span lang="FA"><span 2="" mitra="">50 گوسفندی مورد بررسی قرار گرفت. پس از کنترل کیفیت داده‌ها، پس از انجام تصحیحات 45341 جهش تک نوکلئوتیدی در 2009 راس گوسفند باقی ماند. رشته‌های هموزایگوت با استفاده از نرم افزار </span></span><span dir="LTR">Plink v1.09</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> شناسایی شد. یک درصد از جهش‌های تک نولکئوتیدی با بالاترین فراوانی در رشته‌های هموزایگوت به عنوان جزایر </span></span><span dir="LTR">ROH</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> در نظر گرفته شد. </span></span></span></span></span><br> <span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" times=""><b><span lang="FA"><span 2="" mitra="">یافته‌ها:</span></span></b><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> به طور کلی 465 جزیره </span></span><span dir="LTR">ROH</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> با طول </span></span><span dir="LTR">Kb</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> 27/43 تا </span></span><span dir="LTR">Mb</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> 17 شناسایی شد که کمتر از 1 درصد از ژنوم گوسفند را پوشش می‌داد. توزیع جزایر </span></span><span dir="LTR">ROH</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> در سرتاسر ژنوم یکنواخت نبود و از نژادی به نژاد دیگر متفاوت بود، اما برخی نقاط مشترک شناسایی شد. بیشترین و بلندترین جزایر </span></span><span dir="LTR">ROH</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> در نژادهای اروپایی، کمترین و کوتاه ترین به ترتیب در نژاد‌های آفریقایی و آمریکایی مشاهده شد. در این مطالعه 256 ژن در 111 جزیره </span></span><span dir="LTR">ROH</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> از کل 465 جزیره ی </span></span><span dir="LTR">ROH</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> شناسایی شد، که تقریبا یک چهارم از کل ژن‌های مرجع شناسایی شده در ژنوم گوسفند، در محدوده جزایر </span></span><span dir="LTR">ROH</span><span 2="" mitra=""> یافت شد. در حدود 103 </span><span dir="LTR">QTL</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> مرتبط با صفات شیر، لاشه، وزن بدن، و پشم شناسایی شد. </span></span></span></span></span><br> <span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" times=""><b><span lang="FA"><span 2="" mitra="">نتیجه گیری:</span></span></b><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> نتایج این پژوهش نشان داد که شکل گیری نژاد‌های گوسقند و انتخاب برای صفات مهم اقتصادی در طی سال‌های طولانی، منجر به شکل گیری قطعات هموزایگوت زیادی به نام جزایر </span></span><span dir="LTR">ROH</span><span lang="FA"><span 2="" mitra=""> در ژنوم گوسفند شده است که اسکن این جزایر در سطح ژنوم می‌تواند به عنوان راهبرد جایگزین برای شناسایی ژن‌ها و جایگاه‌های مرتبط با صفات اقتصادی مهم باشد. </span></span></span></span></span></span></span></div> <span style="font-size:10pt"><span style="line-height:90%"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="color:black">Extended Abstract</span></b><span style="color:black"></span></span></span></span><br> <span style="font-size:10pt"><span style="text-justify:kashida"><span style="text-kashida:0%"><span style="line-height:90%"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:90%">Background:</span></span></b><span style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:90%"> Run of homozygosity (ROH) was used to detecting the genomic inbreeding in sheep. The locations of ROHs which are under positive selection, or laboring favorable allele in population, tend to be fixed in the genome and formation of ROH Island during long times. As detecting the ROH Islands, the genomic regions containe economic traits could be detectable. </span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:10pt"><span style="text-justify:kashida"><span style="text-kashida:0%"><span style="line-height:90%"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:90%">Materials and methods:</span></span></b><span style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:90%"> In this study in order to identify the ROH Islands associated with the genes under selection, the 50k BeadChip genotyped data of 2536 sheep from 68 different breeds from all over the world were used. After quality control, ROHs were identified using Plink v1.09 software. One percent of SNP with the highest frequency in ROH were considered as ROH Islands. </span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:10pt"><span style="text-justify:kashida"><span style="text-kashida:0%"><span style="line-height:90%"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:90%">Results:</span></span></b><span style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:90%"> A total of 465 ROH Islands (length: 27.43 Kb to 17 Mb) were identified, which covering less than 1% of the sheep genome. The ROH Islands was not distributed across the genome uniform and varied among breeds, but some common were identified. The highest and largest ROH islands were observed in European breeds. In contrast, the lowest and shortest were detected in African and American breeds, respectively. In this study, 256 genes were identified in 111 ROH Islands from total of 465 ROH Islands. of A quarter of the total reference genes identified in the sheep genome, were detected within the ROH islands. Totally 103 QTLs associated with milk, carcass, body weight, and wool traits were identified in these regions. </span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:10pt"><span style="text-justify:kashida"><span style="text-kashida:0%"><span style="line-height:90%"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:90%">Conclusions:</span></span></b><span style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:90%"> The results of this study revealed that, the formation of sheep breeds and selection for economic traits during several years, has led to the formation of many ROH islands in sheep genome, therefore scanning these regions at the genome can be an alternative strategy to identify genes and associated loci with economic traits.</span></span></span></span></span></span></span> اتوزایگوسیتی, جزایر ROH, ژن, صفات اقتصادی, گوسفند Autozygosity, Economic traits, Gene, ROH Islands, Sheep 137 146 http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1659-1&slc_lang=fa&sid=1 Maryam Nosrati مریم نصرتی m_nosrati@pnu.ac.ir 100319475328460018417 100319475328460018417 Yes Department of Agricultural Sciences, Payam Noor University, Tehran, Iran گروه علوم کشاورزی، دانشگاه پیام نور، تهران، ایران محمد رضا محمد آبادی mrm@uk.ac.ir 100319475328460018418 100319475328460018418 No Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran. گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان