TY - JOUR JF - rap JO - rap VL - 13 IS - 36 PY - 2022 Y1 - 2022/7/01 TI - Differential Genes Expression of Blood Tissue Related to Pre-Calving Ketosis in Holstein cow using Transcriptomics Data TT - بیان افتراقی ژن‌های بافت خون مرتبط با کتوز قبل از زایمان در گاو هلشتاین با استفاده از داده‌های ترانسکریپتومیکس N2 - چکیده مبسوط مقدمه و هدف: طی دهه ­های اخیر گاوهای شیری برای سطح بالایی از تولید شیر انتخاب شده ­اند؛ در نتیجه تقاضای گاو برای مواد مغذی بسیار افزایش می­ یابد که در صورت عدم تأمین مقدار انرژی مورد نیاز، بروز کتوز در گاو شیری افزایش می­ یابد؛ از این رو در این پژوهش هدف شناسایی ژن­های شاخص متفاوت بیان­شده بین دو گروه سالم و مبتلا به کتوز قبل از زایمان بود که در نهایت بتوان مسیر­های متابولیکی و فعالیت­های مولکولی درگیر در زمان بروز کتوز را شناسایی نمود. مواد و روش­ ها: ترانسکریپتوم (توالی کل mRNA) شش نمونه از بافت خون شامل سه تکرار از هر گروه از پایگاه اطلاعاتی NCBI استخراج و ذخیره شد. مراحل پیش پردازش خوانش­ ها با استفاده از نرم افزارهای Fastq-dump، FastQC و Trimmomatic و نیز مطالعه پروفایل بیان ژن با استفاده از نرم افزارهای Hisat2 و Samtools انجام شد. در نهایت آنالیز بیان افتراقی ژن­ها با استفاده از بسته نرم افزاری Cufflinks و آنالیز هستی­ شناسی ژن به وسیله پایگاه­ های اطلاعاتی DAVID و Ensembl صورت گرفت. یافته ها: در نهایت 35342 ژن بر روی ترانسکریپتوم این نمونه­ ها مشخص شد و 179 ژن با بیان متفاوت و معنی دار شناسایی شدند (p<0.00055)،که با در نظر گرفتن log2 > 4 و log2 < -4، هفت ژن با بیان متفاوت بین دو گروه، مورد مطالعه قرار گرفتند. بیشترین تفاوت بیان ژنی بین دو گروه، مربوط به ژن­های، HBA و PTGS2 با log2(fold_change) به ترتیب 4،53 و 4،47 است. آنالیز هستی شناسی ژن (GO) و مسیرهایی که در آن­ها درگیر هستند نشان داد که جزء غشای میتوکندری و شبکه آندوپلاسمی، پاسخ التهابی و استرس اکسیداتیو، فرآیند کاهش اکسیداسیون و بیوسنتز هموگلوبین، پاسخ سلولی به هیپوکسی، اتصال یون فلزی، بیوسنتز و متابولیسم اسیدهای چرب و لیپیدها ونیز مسیرهای پیام رسانی شیمیوکین و TNF نقش دارند. نتیجه گیری: هفت ژن شاخص با بیان متفاوت و معنی­دار، بر روی ترانسکریپتوم نمونه ­ها مشخص شدند؛ که ژن­های CXCL3 و GRO1 دارای بیشترین بیان در بین دو گروه و ژن HBA دارای بیشترین بیان افتراقی، با بیان بیش از 23 برابری در گروه مبتلا به کتوز قبل زایمان نسبت به گروه سالم بود. آنالیز هستی ­شناسی ژن نشان داد، که ژن HBA به عنوان شاخص­ترین ژن با بیان متفاوت، با بیان بیشتر در گروه مبتلا به کتوز قبل زایمان، عاملی بر افزایش انتقال اکسیژن، بیوسنتز هموگلوبین، اتصال اکسیژن و یون آهن است. SP - 147 EP - 153 AU - Gholami Tahoone, Milad AU - Moradi SharBabak, Hossein AD - College of Agriculture & Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran KW - Differential gene expression KW - Gene ontology analysis KW - Ketosis KW - RNA-seq KW - Transcriptum UR - http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1247-fa.html DO - 10.52547/rap.13.36.147 ER -