۳ نتیجه برای صفات آستانهای
حسن بانه، اردشیر نجاتی جوارمی، قدرت رحیمی میانجی، محمود هنرور،
دوره ۸، شماره ۱۵ - ( ۳-۱۳۹۶ )
چکیده
این مطالعه به منظور بررسی صحت روش‌های مختلف بیزی در پیشبینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفات آستانهای با معماری ژنتیکی متفاوت از نظر توزیع اثرات ژنی و تعداد جایگاه مؤثر بر صفت کمی انجام شد. ژنومی شامل سه کروموزوم هر یک به طول یک مورگان، و بر روی هر کروموزوم۲۰۰۰ نشانگر چندشکلی تکنوکلئوتیدی شبیه‌سازی شد. تعداد QTLهای فرض شده ۰۱/۰، ۰۵/۰ و ۱۰/۰ کل SNPها بودند که با توزیع اثرات نرمال، گاما و یکنواخت شبیه‌سازی شدند. صفات آستانهای مورد مطالعه شامل یک صفت یک آستانهای (زندهمانی) و یک صفت دو آستانهای (تعداد فرزند در هر زایش) بود. ارزش‌های اصلاحی ژنومی افراد جمعیت مرجع و تأیید با استفاده از اثرات نشان‌گری برآورد شده توسط رگرسیون ریج بیزی(BRR)، بیز A (Bayes A)، بیز B (Bayes B)، بیز C (Bayes C) و بیز L (Bayes L)پیشبینی شد. مقایسه صحت پیشبینی روش‌ها (همبستگی بین ارزش‌های اصلاحی برآورد شده و واقعی) نشان داد که روش‌های بیزی روش‌های قدرتمندی بوده و تفاوت معنی‌داری در ارزیابی ژنومی صفات آستانهای ندارند. کارایی روش‌ها در ارزیابی صفت دوآستانه‌ای به طور معنی‌داری از صفت یک آستانهای بالاتر بود. نوسانات غیرمعنی‌دار و غیرمنظمی در صحت روش‌های مورد مطالعه بین تعداد مختلف QTL و توزیع‌های مختلف آماری مشاهده شد. همچنین نتایج نشان داد که افزایش فاصله بین جمعیت مرجع و هدف، به دلیل شکستن فاز پیوستگی (LD) بین نشانگر و QTL، صحت پیشبینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی حیوانات را به‌طور معنی‌داری کاهش میدهد.
سید امین مرتضوی، مصطفی قادری- زفره ایی، آزاده ترابی، کلثوم امیری زاخت، فرهاد صمدیان،
دوره ۹، شماره ۱۹ - ( ۳-۱۳۹۷ )
چکیده
هدف از این پژوهش، برآورد مولفه‌های واریانس و فراسنجه‌های ژنتیکی صفات جفت‌ماندگی و سخت‌زایی در گاوداری شرکت فکا بود. سازه‌های غیر ژنتیکی موثر بر این صفات با استفاده از رگرسیون لجستیک در رویه‌ی GENMOD نرمافزار SAS نسخه ۱/۹ بررسی شدند. برای ارزیابی‌های ژنتیکی از پنج مدل بیزی حد آستانهای رکوردهای تکرار شده و یک مدل بیزی دو صفتی استفاده شد. فراسنجه‌های ژنتیکی مدل‌ها با استفاده از روش نمونه‌گیری گیبس موجود در نرمافزار THRGIBBS۱F۹۰B به دست آمدند. نتایج نشان داد که فصل و سال زایش روی جفت‌ماندگی اثر معنی‌داری داشتند و همچنین اثر سال زایش بر سخت‌زایی معنی‌دار بود. برای هر دو صفت مورد بررسی، بهترین مدل برازش یافته بر اساس معیار DIC انتخاب شد. وراثت‌پذیری ژنتیکی افزایشی، اثر ژنتیکی مادری، اثر محیطی دایم حیوان و تکرارپذیری حاصله از بهترین مدل آماری ژنتیکی برازش داده شده بر روی رکوردهای تکرار شده صفت جفت‌ماندگی بهترتیب (۰۰۲/۰)۱۵/۰، (۰۰۷/۰)۰۳/۰، (۰۱/۰)۱۴/۰ و (۰۲/۰)۲۹/۰ بهدست آمدند، در حالی که این مقادیر در تحلیل چند صفته بهترتیب، (۰۰۳/۰)۰۰۵/۰، (۰۳۰/۰)۰۰۱/۰، (۰۰۱/۰)۰۰۲/۰، (۰۰۲/۰)۰۰۸/۰ برآورد شدند. فراسنجه‌های یاد شده در تحلیل حاصل از بهترین مدل آماری ژنتیکی برازش یافته روی رکوردهای تکرار شده صفت سخت‌زایی ترتیب به ترتیب (۰۰۱/۰)۰۳/۰، (۰۲/۰) ۰۲/۰، (۰۰۳/۰) ۲۷/۰ و (۰۱/۰) ۳۰/۰ به دست آمدند، در حالی که در تحلیل چند صفت سخت‌زایی، این مقادیر به ترتیب به صورت (۰۱/۰)۰۰۳/۰ ، (۰۰۲/۰)۰۰۵/۰، (۰۰۱/۰)۰۰۴/۰، (۰۰۲/۰)۰۰۷/۰ برآورد شدند. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که با توجه به اهمیت اقتصادی این دو صفت در سودآوری گاوداری فکا و از سوی دیگر، برآوردهای ناچیز وراثت‌پذیری مستقیم و مادری و با توجه به همبستگی‌های ژنتیکی افزایشی (۴۱/۰)، ژنتیک مادری (۱۸/۰)، فنوتیپی (۵۵/۰) ، محیطی (۵۸/۰) و محیطی دایم (۸۱/۰) ، باید روی مدیریت اثر سازه‌های محیطی در این صفات تمرکز ویژه‌ای داشت. در این راستا، انتظار نمی‌رود که تمرکز روی مدیریت ژنتیکی مستقیم و مادری، در صفات یاد شده مثمر ثمر باشد.
یوسف نادری،
دوره ۹، شماره ۲۰ - ( ۷-۱۳۹۷ )
چکیده
گزینش ژنومی چالشی امیدبخش برای کشف رموز ژنتیکی صفات کمی و کیفی به‌منظور بهبود رشد ژنتیکی و صحت پیشبینی ژنومی در اصلاح دام می‌باشد. به‌علت ناخوانا بودن نسبتی از ژنوتیپ‌ها، پیشبینی دقیق صحت ژنومی نیازمند برآورد این نشانگرها از طریق جانهی می باشد. در نتیجه هدف این تحقیق برآورد صحت جانهی و عوامل مؤثر برآن و ارزیابی صحت ژنومی روش جنگل تصادفی در برای معماری های مختلف ژنومی برای آنالیز صفات کمی و آستانهای دودویی بود. در فاز اول، داده های ژنومی از طریق نرم افزار QMSim با سطوح متفاوت وراثت‌پذیری (۰۵/۰ و ۲۵/۰)، سطوح مختلف LD (کم و زیاد) و تراکم‌های متفاوت جایگاه‌های صفات کمی (۹۶ و ۹۶۰) و تعداد ۴۸ کروموزم شبیه‌سازی شدند. در فاز دوم، برای شبیه سازی شرایط واقعی، بطور تصادفی اقدام به حذف (۵۰ و ۹۰ درصد) برخی نشانگر نموده و در مرحله بعد از طریق نرم افزار Flmpute اقدام به جانهی و پیشبینی نقاط گم شده نموده و صحت جانهی مورد ارزیابی قرار گرفت. در فاز سوم، دادهای اصلی و جانهی با استفاده از روش جنگل تصادفی جهت ارزیابی صحت ژنومی صفات کمی و آستانهای استفاده شدند. نتایح نشان داد که با افزایش سطح LD صحت جانهی بهبود می‌یابد. با افزایش نسبت حذف نشانگرها (۹۰ درصد)، اثر صحت جانهی بر صحت پیشبینی ژنومی پررنگتر بود. در صفات آستانهای، سناریوی با حد بالای QTL، LD و وراثت‌پذیری و در صفات پیوسته، سناریوی با حد بالای LD و وراثت‌پذیری و حد پایین QTL بیشترین صحت پیشبینی ژنومی را در روش جنگل تصادفی به خود اختصاص دادند. به‌طور کلی عملکرد روش جنگل تصادفی در برآورد صحت ژنومی صفات آستانهای نسبت به صفات کمی بهتر بود.
