دوره 13، شماره 35 - ( بهار 1401 )                   جلد 13 شماره 35 صفحات 167-158 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Moosanezhad Khabisi M, Esmailizadeh A, Asadi Fozi M. Evaluation of Genomic Inbreeding Rate in Iranian Native Sheep using Dense SNP Markers (600K). rap. 2022; 13 (35) :158-167
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1236-fa.html
موسی نژاد خبیصی مژده، اسمعیلی زاده علی، اسدی فوزی مسعود. بررسی میزان همخونی ژنومی در گوسفندان بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم (SNP 600K). پژوهشهاي توليدات دامي. 1401; 13 (35) :167-158

URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1236-fa.html


گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
چکیده:   (231 مشاهده)
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف:
از آنجاییکه، سطح بالای میزان همخونی در حیوانات اهلی، منجر به کاهش تنوع ژنتیکی و افزایش احتمال هموزیگوت بودن برای آلل‌های مضر می‌شود. بنابراین، طول عمر حیوانات همخون به دلیل کاهش شایستگی ژنتیکی، کاهش می‌یابد. فلذا، در طراحی برنامه‌های اصلاح نژادی پیش آگاهی از میزان همخونی برای کنترل افزایش همخونی و پیامدهای منفی همخونی ضروری است. در این راستا، برای برآورد ضرایب همخونی می‌توان از داده‌های ژنومی استفاده کرد. هدف از انجام پژوهش حاضر، بررسی میزان همخونی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP  موجود در سراسر ژنوم حاصل از آرایه Illumina OvineSNP600K در گوسفندان بومی ایران بود.
مواد و روش‌ها: در این تحقیق، همخونی ژنومی تعداد 154 نمونه شامل 11 نژاد گوسفندان بومی ایران (کرمانی، بلوچی، افشاری، قره گل، سنجابی، سیاه‌کبود، لری بختیاری، شال، قزل، کیوسی و کبوده شیراز) مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور، از پنج روش مختلف با استفاده از نرم‌افزار پلینک استفاده شد: شاخصهای مولکولی ضریب همخونی  مبتنی بر هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار (FIS)، ضریب همخونی مبتنی بر هموزیگوسیتی (FROH)، ضریب همخونی مبتنی بر ماتریس روابط ژنومی (FGRM)، ضریب همخونی بر اساس تعداد ژنوتیپ‌های هموزیگوت مشاهده شده و مورد انتظار (FHOM) و همبستگی گامت‌های ترکیب شونده(FUNI) .
یافته‌ها:  میانگین فراوانی آلل نادر در گوسفندان بومی ایران 0/268 بود. همچنین، میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار به ترتیب 0/341 و0/360 بدست آمد. کمترین میزان همخونی بر اساس FIS مربوط به نژاد بلوچی و بیشترین مربوط به نژاد شال بود. بیشترین میزان FROH (0/129) در گوسفند نژاد کرمانی و کمترین مقدار آن (0/019) در گوسفند نژاد بلوچی مشاهده شد. همچنین، بیشترین میزان شاخصهای FGRM، FHOM و FUNI مربوط به نژاد کرمانی و کمترین مربوط به نژاد بلوچی بود. بیشترین پوشش ROH در کروموزوم 26 (20/23%) مشاهده شد، در حالیکه کمترین آن در کروموزوم 2 (6/62%) بود.
نتیجه‌گیری: تنوع ژنتیکی گوسفندان بومی ایران متوسط و از 0/315 تا 0/354 بود. ROH در همه نژادها یافت شد بطوریکه، میانگین طول قطعات ROH بین 48 تا 318 مگاباز و متوسط تعداد قطعات ROH بین 8 تا 53 متغیر بود. میانگین ضرایب همخونی ژنومی برای کل جمعیت گوسفندان بومی مشابه (0/05) محاسبه گردید. نتایج این تحقیق بیانگر عدم سطح بالای هم خونی ژنومی در اکثر توده های گوسفند بومی ایران است.
متن کامل [PDF 1379 kb]   (32 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: ژنتیک و اصلاح نژاد دام
دریافت: 1400/6/26 | ویرایش نهایی: 1401/4/26 | پذیرش: 1400/9/21 | انتشار: 1401/1/10

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به پژوهشهای تولیدات دامی می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2022 CC BY-NC 4.0 | Research On Animal Production(Scientific and Research)

Designed & Developed by : Yektaweb