دوره 12، شماره 34 - ( زمستان 1400 )                   جلد 12 شماره 34 صفحات 184-172 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Tamroosi A, Dashab G R, Banabazi M H, Maghsoudi A. Bioinformatics Study of mtDNA Genes in Two Subspecies of Holstein (Bos taurus) and Cholistani (Bos indicus) Cattle Using RNA-Seq Data. rap. 2021; 12 (34) :172-184
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1226-fa.html
تمروسی احمد، داشاب غلامرضا، بناء بازی محمد حسین، مقصودی علی. مطالعه بیوانفورماتیکی ژنوم میتوکندری در دو زیرگونه گاو هلشتاین (Bos taurus) و کلیستانی (Bos indicus) با استفاده از داده های RNA-Seq. پژوهشهاي توليدات دامي. 1400; 12 (34) :184-172

URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1226-fa.html


گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران
چکیده:   (583 مشاهده)
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: ظهور نسل جدید توالی­یابی ترانسکریپتوم به بهبود صحت کلی پیش­بینی بیان ژن­های مختلف با استفاده از توالی­های کوتاه RNA-Seq کمک کرده است.این فناوری می­تواند یک دیدگاه جامع­تری نسبت به ژنومیک عملکردی در بسیاری از گونه­ها با یک توالی ژن منحصر به فرد داشته باشد. هدف از انجام تحقیق حاضر بررسی دلایل ساختاری بیان متفاوت ژن­ های میتوکندری در دو زیر­گونه گاو هلشتاین و کلیستانی شامل ژن­ های ND3، ND4، ND4L،ND5  و ND6 بود که در فرآیندهای مهمی از جمله متابولیسم انرژی در مقابله با تنش­ های زیستی و غیرزیستی و نیز مقاومت به بیماری نقش دارند.
مواد و روش­ها: در این مطالعه از داده­­ های RNA-Seq مربوط به ادغام 40 نمونه از مرکز گاو شیری دانشگاه ویسکانسین آمریکا (Bos taurus) و 45 گاو ماده کلیستانی (Bos indicus) در مزرعه گوجایتپیر شهر باهاوالپور واقع در ایالت پنجاب پاکستان استفاده شد. برای انجام این مطالعه جهت بررسی سطح پوشش ترانسکریپتومی و اختلافات ژنتیکی در بین پنج ژن میتوکندری که شامل نواحی چندشکلی، نواحی حذف و اضافه، نواحی اتصال  و درصد انواع جایگزینی­های نوکلئوتیدی انتقالی و تقاطعی از نرم­ افزارهای IGB،  MEGA6و DnaSPV.5 استفاده شد.
یافته­ها: بیشترین ناحیه و طول حذف در تمام ژن‌های مورد مطالعه مربوط به ژنوم هلشتاین و بیشترین طول و ناحیه اتصال مربوط به گاو کلیستانی بود. بیشترین تعداد نواحی حذف در گاوهای هلشتاین و کلیستانی مربوط به ژن ND4 به ترتیب با 74 و 66 نقطه و کمترین نواحی حذف مربوط به ND4L به ترتیب با 9 و 4 ناحیه حذف بودند. ژن­های ND4 و ND4L هیچ ناحیه اتصال نداشتند، اما ژن­ های ND5 و ND6 در دو  نژاد هلشتاین و کلیستانی به­ترتیب با 1 و 2 ناحیه اتصال موجب افزایش ژنوم به ترتیب با طول 11 و 22 جفت باز شدند. بالاترین سطح پوشش ترانسکریپتومی در ژن­ های ND3 و ND4 و کمترین پوشش در جایگاه ژن ND6 مشاهده شد. تعداد نواحی چندشکل در جایگاه ND5 بیشتر از سایر ژن ­ها و برابر با 38 ناحیه چندشکلی بود. همچنین، نتایج نشان داد که درصد جانشینی انتقالی در بازها بیشتر از جانشینی تقاطعی هست که می ­تواند دلیل پایداری تغییرات در طی تکامل باشند. بنابراین، برخی از دلایل ساختاری ژن­ های میتوکندری که در دو زیرگونه هلشتاین و کلیستانی بیان متفاوت داشتند، می­ تواند مربوط به حذف و اضافه، نواحی چندشکلی، سطح پوشش ترانسکریپتومی و نوع و میزان جایگزینی­ های انتقالی و تقاطعی باشند که در طی تکامل دو زیرگونه بوجود آمده است.
نتیجه­گیری: انتخاب شدید برای تولید شیر در گاوهای هلشتاین نسبت به نژاد کلیستانی منجر به کاهش طول ژنوم میتوکندری و تغییرات در ساختار نوکلئوتیدی برخی ژن­ های میتوکندری شده که نتیجه آن تغییر بیان ژن­ ها و عکس ­­­­­العمل متفاوت به شرایط متفاوت محیطی می­­­ باشد.
 
متن کامل [PDF 1938 kb]   (76 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: ژنتیک و اصلاح نژاد دام
دریافت: 1400/5/15 | ویرایش نهایی: 1400/11/16 | پذیرش: 1400/6/20 | انتشار: 1400/11/13

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به پژوهشهای تولیدات دامی می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2022 CC BY-NC 4.0 | Research On Animal Production(Scientific and Research)

Designed & Developed by : Yektaweb