<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<journal>
<title>Research on Animal Production</title>
<title_fa>پژوهشهاي توليدات دامي</title_fa>
<short_title>Res Anim Prod</short_title>
<subject>Agriculture</subject>
<web_url>http://rap.sanru.ac.ir</web_url>
<journal_hbi_system_id>1</journal_hbi_system_id>
<journal_hbi_system_user>admin</journal_hbi_system_user>
<journal_id_issn>2251-8622</journal_id_issn>
<journal_id_issn_online>2676-461X</journal_id_issn_online>
<journal_id_pii>8</journal_id_pii>
<journal_id_doi>10.61186/rap</journal_id_doi>
<journal_id_iranmedex></journal_id_iranmedex>
<journal_id_magiran></journal_id_magiran>
<journal_id_sid>14</journal_id_sid>
<journal_id_nlai>8888</journal_id_nlai>
<journal_id_science>13</journal_id_science>
<language>fa</language>
<pubdate>
	<type>jalali</type>
	<year>1396</year>
	<month>12</month>
	<day>1</day>
</pubdate>
<pubdate>
	<type>gregorian</type>
	<year>2018</year>
	<month>3</month>
	<day>1</day>
</pubdate>
<volume>8</volume>
<number>18</number>
<publish_type>online</publish_type>
<publish_edition>1</publish_edition>
<article_type>fulltext</article_type>
<articleset>
	<article>


	<language>fa</language>
	<article_id_doi></article_id_doi>
	<title_fa>صحت انتخاب ژنومی روش‌های پارامتری و ناپارامتری با معماری‌های ژنتیکی افزایشی و  غالبیت
</title_fa>
	<title>Genomic Selection Accuracy Parametric and Nonparametric Statistical Methods with Additive and Dominance Genetic Architectures</title>
	<subject_fa>تخصصي</subject_fa>
	<subject>Special</subject>
	<content_type_fa>پژوهشي</content_type_fa>
	<content_type>Research</content_type>
	<abstract_fa>&lt;strong&gt;&lt;span dir=&quot;RTL&quot;&gt;&lt;span style=&quot;color:black;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-family:2  mitra;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;&amp;nbsp; &amp;nbsp; در بیشتر مطالعات پیش&#8204;بینی ژنومی برای برآورد ارزش اصلاحی ژنومی فقط از اثرات افزایشی در مدل استفاده می&#8204;کنند. از طرفی در بیشتر صفات پیچیده یک منبع مهم تنوع، اثرات غالبیت بوده که لحاظ نمودن این اثر در مدل ممکن است باعث افزایش صحت پیش&#8204;بینی&#8204;های ژنومی گردند. در این مطالعه که با استفاده از شبیه&#8204;سازی داده انجام شد، تاثیر مقادیر مختلف وراثت&#8204;پذیری (1/0، 3/0 و 5/0) و نیز مقادیر مختلف نسبت واریانس غالبیت به واریانس فنوتیپی (0، 05/0 و 15/0) بر صحت انتخاب ژنومی در روش&#8204;های آماری پارامتری ( بیز &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span style=&quot;color:black;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-family:times new roman,serif;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:8.0pt;&quot;&gt;A&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;RTL&quot;&gt;&lt;span style=&quot;color:black;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-family:2  mitra;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;، &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span style=&quot;color:black;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-family:times new roman,serif;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:8.0pt;&quot;&gt;B&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;RTL&quot;&gt;&lt;span style=&quot;color:black;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-family:2  mitra;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt; و &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span style=&quot;color:black;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-family:times new roman,serif;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:8.0pt;&quot;&gt;LASSO&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;RTL&quot;&gt;&lt;span style=&quot;color:black;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-family:2  mitra;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;)&amp;nbsp; و ناپارامتری (&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span style=&quot;color:black;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-family:times new roman,serif;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:8.0pt;&quot;&gt;RKHS&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;RTL&quot;&gt;&lt;span style=&quot;color:black;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-family:2  mitra;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;) بررسی شد. همبستگی بین &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;RTL&quot;&gt;&lt;span style=&quot;color:black;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-family:2  mitra;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;ارزش&#8204;های اصلاحی حقیقی و ارزش&#8204;های اصلاحی ژنومی، به عنوان معیاری از صحت پیش&#8204;بینی&#8204;های ژنومی برای سناریوهای مختلف به کمک نرم&#8204;افزار &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span style=&quot;color:black;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-family:times new roman,serif;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:8.0pt;&quot;&gt;R&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;RTL&quot;&gt;&lt;span style=&quot;color:black;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-family:2  mitra;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt; برآورد گردید. &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;RTL&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-family:2  mitra;&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;نتایج این مطالعه نشان داد که با افزایش مقدار وراثت&#8204;پذیری در تمام روش&#8204;ها صحت پیش&#8204;بینی ژنومی افزایش پیدا می&#8204;کند. همچنین با افزایش مقادیر نسبت واریانس غالبیت به واریانس فنوتیپی در مدل، شیب صحت ژنومی در روش&#8204;های پارامتری کند گردیده ولی در روش ناپارامتری سرعت افزایش صحت ادامه پیدا نمود. میانگین مربعات خطا با افزایش مقدار نسبت واریانس غالبیت به واریانس فنوتیپی در روش ناپارامتری بیشتر کاهش یافت. از این رو می&#8204;توان چنین نتیجه گرفت که با افزایش سطح نسبت واریانس غالبیت به واریانس فنوتیپی در مدل، استفاده از روش&#8204;های ناپارامتری احتمالاً بهتر از روش&#8204;های پارامتری صحت پیش&#8204;بینی&#8204;های ژنومی را برآورد می&#8204;کنند.&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/strong&gt;</abstract_fa>
	<abstract>&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; In most genomic prediction studies only additive effects will be used in models for estimating genomic breeding values (GEBV). However, dominance genetic effects are an important source of variation for complex traits, considering them into account may improve the accuracy of GEBV. In the present&amp;nbsp; study,&amp;nbsp; performed applying &amp;nbsp;simulated data, the effect of &amp;nbsp;different heritability values (0.1, 0.3 and 0.5) and different values for the proportion of dominance variance to phenotypic variance (0, 0.05 and 0.15) on genomic selection accuracy in parametric (LASSO, A and B Bayes) and non-parametric (RKHS) statistical methods were studied. Correlations between the true and genomic breeding values, as a measure for the accuracy of genomic predictions under different scenarios were calculated using R software. The results of the present study revealed that, under all statistical methods as heritability values increased, the accuracy of genomic predictability increased. Also, as the value of dominance variance to phenotype variance increased genomic accuracy slant was slow under parametric methods but in the non-parametric method accuracy continued to increase. Under non parametric method the average mean square error was more reduced as the ratio of dominance variance to phenotype variance increased. Therefore, it may be concluded that under non- parametric method as the ratio of dominance variance to phenotype variance increased the accuracy of genomic predictions would be more increased than that of under parametric methods. &lt;span dir=&quot;RTL&quot;&gt;&lt;/span&gt;</abstract>
	<keyword_fa>اثر افزایشی, اثر غالبیت, انتخاب ژنومی, صحت انتخاب, شبیه‌سازی</keyword_fa>
	<keyword>Additive effect, Dominance effect, Genomic selection, Selection accuracy,  Simulation</keyword>
	<start_page>161</start_page>
	<end_page>167</end_page>
	<web_url>http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-285&amp;slc_lang=fa&amp;sid=1</web_url>


<author_list>
	<author>
	<first_name>Yahya </first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>Mohammadi</last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa>یحیی</first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa>محمدی</last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email></email>
	<code>10031947532846007822</code>
	<orcid>10031947532846007822</orcid>
	<coreauthor>Yes
</coreauthor>
	<affiliation></affiliation>
	<affiliation_fa></affiliation_fa>
	 </author>


	<author>
	<first_name>Morteza </first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>Sattaei Mokhtari</last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa>مرتضی</first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa>ستایی مختاری</last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email></email>
	<code>10031947532846007823</code>
	<orcid>10031947532846007823</orcid>
	<coreauthor>No</coreauthor>
	<affiliation></affiliation>
	<affiliation_fa></affiliation_fa>
	 </author>


</author_list>


	</article>
</articleset>
</journal>
