fa ارزیابی ژنومی صفات آستانه ای با معماری های ژنتیکی متفاوت با استفاده از روش‌های بیزی تخصصي Special پژوهشي Research <p><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;">این مطالعه به منظور بررسی صحت روش‌های مختلف بیزی در پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی برای صفات آستانه&shy;ای با معماری ژنتیکی متفاوت از نظر توزیع اثرات ژنی و تعداد جایگاه مؤثر بر صفت کمی انجام شد. ژنومی شامل سه کروموزوم هر یک به طول یک مورگان، و بر روی هر کروموزوم2000 نشان‌گر چندشکلی تک&shy;نوکلئوتیدی شبیه‌سازی شد. تعداد </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">QTL</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;">های فرض شده 01/0، 05/0 و 10/0 کل </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">SNP</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;">ها بودند که با توزیع اثرات نرمال، گاما و یکنواخت شبیه‌سازی شدند. صفات آستانه‌ای مورد مطالعه شامل یک صفت یک آستانه‌ای (زنده&shy;مانی) و یک صفت دو آستانه‌ای (تعداد فرزند در هر زایش) بود. ارزش‌های اصلاحی ژنومی افراد جمعیت مرجع و تأیید با استفاده از اثرات نشان‌گری برآورد شده توسط رگرسیون ریج بیزی(</span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">BRR</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;">)، بیز </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">A</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;"> (</span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">Bayes A</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;">)، بیز </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">B</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;"> (</span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">Bayes B</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;">)، بیز </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">C</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;"> (</span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">Bayes C</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;">) و بیز </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">L</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;"> (</span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">Bayes L</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;">)پیش‌بینی شد. مقایسه صحت پیش‌بینی روش‌ها (همبستگی بین ارزش‌های اصلاحی برآورد شده و واقعی) نشان داد که روش‌های بیزی روش‌های قدرتمندی بوده و تفاوت معنی‌داری در ارزیابی ژنومی صفات آستانه‌ای ندارند. کارایی روش‌ها در ارزیابی صفت دوآستانه‌ای به طور معنی‌داری از صفت یک آستانه‌ای بالاتر بود. نوسانات غیرمعنی‌دار و غیرمنظمی در صحت روش‌های مورد مطالعه بین تعداد مختلف </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">QTL</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;"> و توزیع‌های مختلف آماری مشاهده شد. هم‌چنین نتایج نشان داد که افزایش فاصله بین جمعیت مرجع و هدف، به دلیل شکستن فاز پیوستگی (</span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">LD</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;">) بین نشان‌گر و </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-size: 8pt;"><span style="font-family: times new roman,serif;"><span style="color: black;">QTL</span></span></span></span></strong><strong><span style="font-size: 10pt;"><span><span style="color: black;">، صحت پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی حیوانات را به‌طور معنی‌داری کاهش می&shy;دهد.</span></span></span></strong></p> <p>The current study was carried out to evaluate accuracy of some Bayesian methods for genomic breeding values prediction for threshold traits with different types of genetic architecture based on distribution of gene effect and QTL numbers. A genome consisted of 3 chromosomes of 100 CM with 2000 single nucleotide polymorphisms (SNP) was simulated. The QTL numbers were 0.01, 0.05 and 0.1 of total number of SNPs whose effects were simulated by uniform, normal and gamma distributions. The studied threshold traits were either one-threshold (survival) or two-threshold (litter size). Genomic estimated breeding values were predicted by five regression methods including Bayesian Ridge Regression (BRR), Bayes A, Bayes B, Bayes C, and Bayes LASSO. Comparison of prediction accuracy of these methods (correlation between real and estimated breeding value) showed that Bayesian methods are powerful for genomic evaluation and there were no significant differences among them. The proficiency of these methods for one-threshold trait was significantly higher compared to two-threshold trait. Non-significant and irregular variance was observed in accuracy of prediction these methods between different QTL numbers and statistical distributions. Also the results showed that increasing in distance (generation) between reference and target populations will lead to decline in accuracy of prediction due to breakdown&nbsp;of&nbsp;LD between QTL and marker.</p> صفات آستانه‌ای, معماری ژنتیکی, ژنوم, روش های بیزی Bayesian methods, Genome, Genetic architecture, Threshold traits 149 154 http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-202&slc_lang=fa&sid=1 حسن بانه 10031947532846006525 10031947532846006525 Yes اردشیر نجاتی جوارمی 10031947532846006526 10031947532846006526 No قدرت رحیمی میانجی 10031947532846006527 10031947532846006527 No محمود هنرور 10031947532846006528 10031947532846006528 No