fa کاوش ژنومی نشانه های انتخاب در گاوهای بومی نژاد سرابی و تالشی ایران ژنتیک و اصلاح نژاد دام ژنتیک و اصلاح نژاد دام پژوهشي Research <p dir="RTL"><strong><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; هدف این مطالعه پیدا کردن نشانه</span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">&shy;</span></span></span></span></strong><strong><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">های انتخاب در گاو</span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">&shy;</span></span></span></span></strong><strong><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">هابی بومی سرابی و تالشی بود</span></span></span></strong><strong><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">،</span></span></span></strong><strong><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> تعداد 296 راس گاو از دو نژاد سرابی و تالشی نمونه برداری و تعیین ژنوتایپ با ریزآرایه </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">k</span></span></span></span></strong> <strong><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">40 شرکت ایلومینا انجام شد. </span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">تعداد 43 دام به &shy;دلیل عدم کسب شاخص نرخ حیوانات ژنوتیپ شده (</span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">ACR</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">) برابر با </span></span></strong>&nbsp;<strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">09/0</span></span></strong> <strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">حذف شدند. تعداد نشانگرها بعد از گذراندن فیلتر حداقل فراوانی آللی (</span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">MAF</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">) برابر با 01/0 و تعادل هاردی واینبرگ (برابر^6-10) به 28782 نشانگر رسید. جهت بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت &shy;ها و خرده ساختار جمعیتی از آنالیز مؤلفه&shy; های اصلی (</span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">PCA</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">) استفاده شد. برای شناسایی نشانه&shy; های انتخاب در جمعیت خالص سرابی و تالشی شناسایی شده با </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">PCA</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">، آماره تتا محاسبه شد. جهت کاهش اریب مقادیر تتای محاسبه شده با روش میانگین&shy; گیری نشانگرهای مجاور، گراف منهتن توسط نرم &shy;افزار </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">Haploview</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> بدست آمد که کروموزوم</span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">&shy;</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">های 2، 5، 6، 7، 10، 22، 25 ،27 دارای نشانه انتخاب بودند. برای جستجوی نشانه</span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">&shy;</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">های انتخاب در هر دو جمعیت از آماره هموزیگوسیتی توسعه داده شده (</span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">EHH</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">) و میزان شکستگی </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">LD</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> برای آلل اجدادی و جهش یافته برای هر کروموزوم از نرم&shy; افزار </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">R</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> استفاده شد بررسی شد. برای مطالعه بیشتر جایگاه&shy;هایی که نشانه&shy; های انتخاب را نشان دادند وب سایت&shy;های بیوانفورماتیکی مورد جستجو قرار گرفت. در کروموزوم 2 ژن </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">EIF4G3</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> شناسایی شد. این ژن در انتقال </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">RNA</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> از هسته به سیتوپلاسم نقش اساسی در بیان ژن دارد. در کروموزم 6 ژن </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">ANK2</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> شناسایی شد که پلی پپتید آنکیرین </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">B</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> را رمز می&shy; کند و در تمام بافت&shy; ها بیان می&shy; شوند. در کروموزم 7 ژن </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">ARHGAP26</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> شناسایی که به&shy; عنوان ژن سرکوب گر تومور گزارش شده است. در کروموزم 10 ژن کدکننده پروتیین </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">SYNJ2BP</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> شناسایی شد که متوقف کننده سیگنالینگ اکتیوین می &shy;باشد. در کروموزوم 22 ژن کد کننده پروتیین </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">FAM3D</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> که در مسیر بیوشیمیایی تنظیم سیتو اسکلتون اکتین فعالیت دارد شناسایی شد. این ژن بیشتر در جفت بیان شده و بر عملکرد&shy;های بیولوژیکی مانند مهاجرت و عملکرد لکوسیت، تنظیم درجه حرارت، بقای سلول و تمایز خون&shy;سازی نقش دارد.</span></span></strong><br> &nbsp;<br> <br> &nbsp;</p> <p>The aim of this study was to find the footprint of selection in native Sarabi and Taleshi cattle breeds 296 cattle from two breeds were sampled and genotyped. by 40 k microarray of illumine company. 43 animals were removed because their ACR was below 0.09. Markers were filtered with minor allele frequency (MAF) equal 0.01 and Hardy-Weinberg equilibrium test (10^-6). After filtering, 28782 markers remained. To study the genetic structure of population and sub-population principal component analysis (PCA) was used. To identify selective signals for Sarabi and Taleshi pure population theta parameter was calculated. To reduce error theta values was averaged with near marker and Manhattans graph were obtained by haploview software. Chromosomes 2, 5, 6, 7, 10, 22, 25 and 27 had selection signatures. To searching for selection signatures in both population, extended haplotype homozygosity statistics (EHH) was calculated using R software. In addition, for each chromosome LD erosion rate for ancestral and mutant alleles were calculated. To study of positions that showed signature selection, bioinformatics web site were searched. EIF4G3 gene was identified on chromosome 2. This gene have fundamental role in transfering RNA from nucleus to the cytoplasm and gene expression. ANK2 gene was identified on chromosome 6 which encodes polypeptide ankirin B expressed in all tissues. On chromosome 7 the gene ARHGAP26 was found which is a tumor suppressor genes. On chromosome 10, a gene identified that encodes protein SYNJ2BP that suppress activing protein. On chromosome 22, FAM3D protein coding gene detected that plays a role in cyto sckeleton actin biochemical pathway. This gene is expressed in the placenta and plays a role in biological functions such as migration and function of leukocyte, temperature regulation, cell survival and hematopoiesis differentiation.<br> &nbsp;<br> <br> &nbsp;</p> آنالیز مولفه­ های اصلی, آماره تتا, آماره هموزیگوسیتی هاپلوتایپ توسعه یافته Extended Haplotype Homozygosity, Principal Component Analysis, Selection Signature, Statistics Theta 88 99 http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-185-7&slc_lang=fa&sid=1 Makan mosavi kashani ماکان موسوی کاشانی mosavimakan@gmail.com 10031947532846008953 10031947532846008953 No Department of animal science دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری Ghodrat Rahimi mianji قدرت رحیمی میانجی rahimimianji@yahoo.com 10031947532846008954 10031947532846008954 No Department of animal science دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری Hossein Moradi shahrbabak حسین مرادی شهربابک hmoradis@ut.as.ir 10031947532846008955 10031947532846008955 Yes Department of animal science of University of Tehran دانشگاه تهران، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی