fa کاوش ژنومی برای ردیابی نشانه‌های انتخاب در اسب نژاد ترکمن ژنتیک و اصلاح نژاد دام ژنتیک و اصلاح نژاد دام پژوهشي Research <p dir="RTL"><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <strong>انتخاب در جهت افزایش فراوانی جهش&shy;های جدیدی که در برخی از جمعیت&shy;ها مفید هستند باعث به جا گذاشتن نشانه&shy;هایی در سطح ژنوم می&shy;شوند. از آنجایی که این مناطق غالبا صفات مهم اقتصادی را کنترل می&shy;نمایند، در نتیجه شناسایی و ردیابی این مناطق از موضوعات مهم در مباحث ژنتیک حیوانی به حساب می&shy;آید. هدف از انجام این تحقیق ردیابی نشانه&shy;های انتخاب در سطح ژنوم در جمعیت اسب نژاد ترکمن با استفاده از 70000 نشانگر </strong></span></span><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">SNP</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> بود. تعداد 23 رأس اسب نژاد ترکمن از مناطق مختلف گنبد کاووس انتخاب، بعد از خون&shy;گیری و استخراج </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">DNA</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">، تعیین ژنوتیپ شدند. جهت جستجوی نشانه&shy;های انتخاب از آزمون&shy;های مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی (</span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">LD</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">) شامل آزمون</span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;"> EHH </span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">&nbsp;(هموزیگوسیتی هاپلوتیپی بسط داده شده) و </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">iHS</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> (رتبه&shy;بندی هاپلوتایپ یکپارچه) استفاده شد. برای شناسایی مناطقی از ژنوم که دارای بیشترین نشانه&shy;های انتخاب بودند از آماره </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">iHS</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> استفاده شد و در نهایت 6 منطقه ژنومی که در صدک 9/99 % کل ارزش&shy;های </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">iHS</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> قرار داشتند به&shy;عنوان مناطق کاندیدای نشانه انتخاب، انتخاب شدند. این مناطق در <u style="text-underline:white;">کروموزوم&shy;های</u> 5، 4، 7، 8، 9 و 10 قرار داشتند. نتایج آماره </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">EHH</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> به همراه بررسی دیاگرام &shy;های شاخه&shy; بندی هاپلوتیپی وجود نشانه &shy;های انتخاب در این مناطق ژنومی را تأیید کرد. براساس نتایج حاصله از آماره </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">EHH</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> در برخی از جایگاه&shy;ها فرسایش </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">LD</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> با سرعت بیشتر (کروموزوم 7، 9 و 10) و در برخی جایگاه&shy;ها به کندی (4، 5 و 8) اتفاق افتاده است به&shy; طوریکه&nbsp;آلل&shy;های موجود روی کروموزوم&shy; های 4،5 و 8 دامنه طولانی از </span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman bold,serif;"><span style="font-size:8.0pt;">LD</span></span></span></strong><strong><span style="font-family:2 mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> داشته و فراوانی آنها به ترتیب برابر با 43، 52 و 37 درصد بودند. بنابراین، این مناطق از ژنوم اسب ترکمن احتمالا هدف انتخاب مثبت بوده است. </span></span></strong></p> <p dir="RTL"></p> <p><strong>Abstract</strong></p> <p>Selection not only increases the frequency of new-useful mutations but also remains some signals throughout the genome. Since these areas are often control economically important traits, identifying and tracking these areas is the most important issue in the animal genetics. The aim of this study was to detecting signals of selection in the genome of Turkmen horse using 70K SNP chip. Twenty-three Turkmen horses selected from different areas of Gonbad-e kavuos, were Blood sampled. Then DNA extracted genotyped. To detect footprint of signal selection, some tests based on linkage disequilibrium (LD) such as extended haplotype homozygosity(EHH) and integrated haplotype Score (iHS) was used. First to identify regions of the genome that included the most signals of selection, iHS statistics was used and accordingly 6 genomic regions which were in the 99.99% percentile of iHS values selected for further analysis. These regions were located in 6 areas on chromosomes 4,5,7,8,9 and 10. Results of EHH test with bifurcation diagram of haplotype, confirmed signals of selection in these areas. Based on the results of the EHH test, sharp decay of LD in some regions was observed (chromosomes 7, 9 and 10) while in other regions it wasn&rsquo;t so significant (chromosomes 4,5 and 8). As studied alleles on chromosomes 4,5 and 8 had long range of LD and had frequency of, respectively, %43, %52 and %37, these regions of the genome of Turkmen horse most likely has been the target of positive selection.&nbsp;</p> انتخاب مثبت, کاوش ژنومی, نشانه های انتخاب, اسب ترکمن Genomic scan, Positive selection, Signals of selection, Turkmen horse 54 62 http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-533-2&slc_lang=fa&sid=1 ali reza khanahmadi علیرضا خان احمدی ali.khanahmadi@gmail.com 10031947532846008315 10031947532846008315 Yes Sari Agricultural Science and Natural Resources University دانشگاه علوم کشاورزی ساری ghodrat rahimi قدرت ا... رحیمی rahimimianji@yahoo.com 10031947532846008316 10031947532846008316 No Sari Agricultural Science and Natural Resources University دانشگاه علوم کشاورزی ساری hossein moradi shahre babak حسین مرادی شهر بابک Moradi.hosein@gmail.com 10031947532846008317 10031947532846008317 No College of Agriculture, University of Theran پردیس دانشگاه تهران-کرج hassan hafezian سیدحسن حافظیان Hassanhafezian@yahoo.com 10031947532846008318 10031947532846008318 No Sari Agricultural Science and Natural Resources University دانشگاه علوم کشاورزی ساری mohamad bagher zandi محمد باقر زندی باغچه مریم za.avat@gmail.com 10031947532846008319 10031947532846008319 No College of Agriculture, University of Zanjan دانشکده کشاورزی دانشگاه زنجان