Research on Animal Production

fa تجزیه داده‌های ژنومی حاصل ازk SNP chip 70 جهت شناسایی جایگاه‌های مرتبط با تمایز دو نژاد اسب کرد و کاسپین با استفاده از جاروب انتخاب Analysis of SNP Chip 70k Genomic Data to Identify Loci Related to Differentiation of Caspian and Kurdish Horses using Selection Sweep ژنتیک و اصلاح نژاد دام ژنتیک و اصلاح نژاد دام پژوهشي Research <div style="text-align: justify;">چکیده مبسوط مقدمه و هدف: انتخاب طبیعی و مصنوعی در جهت افزایش فراوانی آلل‌های مطلوب در جمعیت‌های حیوانی، سبب برجای ماندن برخی نشانه‌ها در ژنوم حیوانات می شود که معمولاً با صفات مهمی در ارتباط هستند. امروزه با پیشرفت توالی‌یابی نسل جدید و دسترسی آسان‌تر به اطلاعات ژنومی حیوانات، مدل‌هایی برای شناسایی نشانه‌های انتخاب بر پایه فراوانی آللی و طول هاپلوتیپی ارائه شده است. در این پژوهش نشانه‌های انتخاب متمایزکننده دو جمعیت اسب نژاد کرد و کاسپین با استفاده از تراشه k۷۰ مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روش ها: در این تحقیق از ۳۵ راس اسب نژاد کاسپین و ۳۱ راس اسب نژاد کردی نمونه خون جمع‌آوری شد. پس از استخراج DNA و تعیین توالی (توسط شرکت ایلومینا) کنترل کیفی داده ها برای فراوانی آلل حداقل )0/01pMAF< ( و نرخ تعیین ژنوتیپ )0/05 (pGENO< و انحراف از تعادل هاردی-واینبرگ) 6- ۱۰×۱PH-W< ) انجام شد. در ادامه کنترل کیفی با استفاده از آزمون تتا (θ) انجام گرفت و با استفاده از سایت Ensemble به شناسایی جایگاههای SNPها پرداخته و در نهایت ژنهای مرتبط با این جایگاه ها مشخص شدند. یافته ها: پس از انجام کنترل کیفیت داده‌های ژنومی و ادغام اطلاعات دو جمعیت بر اساس بسته نرم افزاری R ۶۱ اسب با ۵۲۶۵۰ SNP برای ادامه آنالیزها باقی ماندند. در این پژوهش با استفاده از آزمون‌های آماری Fst به روش براوردگر نااریب تتا در نهایت تعداد ۳۱ نشانگر متمایزکننده دو نژاد اسب مورد مطالعه شناسایی شدند. نتیجه گیری: ﻧﺘﺎیﺞ نشان داد ﮐﻪ دو ﻧﮋاد اﺳﺐ ﮐﺎﺳﭙﯿﻦ و اﺳﺐ ﮐﺮد در دو دﺳﺘﻪ ﺟﺪاﮔﺎﻧﻪ ﻗﺮار دارﻧﺪ. ﻧﮋاد اﺳﺐ ﮐﺮدی دارای ﺗﻨﻮع و ﭘﺮاﮐﻨﺪﮔﯽ ﺑﯿﺸﺘﺮی ﻧﺴﺒﺖ ﺑﻪ اﺳب ﮐﺎﺳﭙﯿﻦ بود. از مهم‌ترین ژن‌های شناسایی ‌شده مرتبط با جایگاه های معنی‌دار، ژنهای INPP5F، HPSE2، R3HCC1، DOCK3،ITGB6، GM6B، PHEX، WDR13، LRCH2، GRIA3، THOC2 بودند. بیشتر ژن‌های شناسایی‌ شده در این پژوهش با تبادلات بین سلولی، انقباضات ماهیچه‌ای، ایمنی، پشتیبانی غشا پایه، پایداری DNA، سیستم عصبی در ارتباط بودند.</div> <div style="text-align: justify;">Extended Abstract Introduction and Objective: Selection in animal populations to increase the frequency of ideal alleles causes of remaining some signs in the animal genome, which are usually associated with important traits. Today, with developments in next-generation sequencing and easier access to animal genomic information, some models have been proposed to identify selective signatures based on allelic frequency and haplotype blocks. This research aimed to identify the selective signatures in two horse breeds of Caspian and Kurdish using a k70 SNP chip. Material and Methods: In this research blood samples from 35 Caspian and 31 Kurdish horses were collected. After DNA extraction and sequencing (by Illumina company), Quality control of the data was performed for minimum allele frequency (PMAF<0.05), genotyping rate (PGENO < 0.5), and deviation from Hardy-Weinberg equilibrium (PH-W<1 ͯ 10-6). Then the theta (θ) test and ensemble site were used for identifying selective signatures and the positions of snaps respectively, and finally, the genes related to these positions were identified. Results: After quality control of data and integration of genomic data of two populations based on R package protocols, 61 horses with 52,650 SNPs remained for the rest analysis. Finally, Fst statistical test based on unbiased estimator theta method 31 differentiating markers of the two studied horse breed were identified Conclusion: The results showed that Caspian and Kurdish horse breeds belong to two separate groups. The Kurdish horse breed has more diversity and variety than the Caspian. The most important genes associated with significant SNPs were INPP5F, HPSE2, R3HCC1, DOCK3, ITGB6, GM6B, PHEX, WDR13, LRCH2, GRIA3 and THOC2. Most of the identified genes were associated with intercellular exchanges, muscle contractions, immunity, membrane support, DNA stability, and the nervous system.</div> اسب کاسپین, اسب کردی, نشانه های انتخاب, Fst, PCA Caspian horse, Fst, Kurdish horse, PCA, Selective signatures 154 162 http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-185-9&slc_lang=fa&sid=1 Mohadese Nasirpour محدثه نصیرپور mohadese.nasirpor@ut.ac.ir 100319475328460019967 100319475328460019967 No College of Agriculture & Natural Resources, University of Tehran پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران mohamad moradi shahr babak محمد مرادی شهر بابک moradim@ut.ac.ir 100319475328460019968 100319475328460019968 No College of Agriculture & Natural Resources, University of Tehran پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران Hossein Moradi Shahr Babak حسین مرادی شهر بابک hmoradis@ut.ac.ir 100319475328460019969 100319475328460019969 Yes College of Agriculture & Natural Resources, University of Tehran پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران Hasan mehrabani yeganeh حسن مهربانی یگانه hmehrbani@ut.ac.ir 100319475328460019970 100319475328460019970 No College of Agriculture & Natural Resources, University of Tehran پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران Younes doosti یونس دوستی y.devisty@ut.ac.ir 100319475328460019971 100319475328460019971 No College of Agriculture & Natural Resources, University of Tehran پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران