Research on Animal Production

fa شناسایی چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی بر روی ترانسکریپتوم گاو نژادخالص سیستانی و آمیخته‌ سیستانی با گاوهای هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد The Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) Discovery on Transcriptome of Pure Sistani and Cross-Breeding of Sistani and Holstein, Simmental and Monte Billiard Bulls ژنتیک و اصلاح نژاد دام ژنتیک و اصلاح نژاد دام پژوهشي Research <div style="text-align: justify;">چکیده مبسوط مقدمه و هدف: آمیخته‌گری بین گاوهای بوس ایندیکوس با بوس تاِئوروس در منطقه سیستان ایران طی سال‌های اخیر و از طریق استفاده از اسپرم مایع، اسپرم منجمد و یا گاو نر خارجی انجام شده است. در خصوص اثرات برنامه‌های آمیخته‌گری در گاو سیستانی مطالعات اندکی در ایران وجود دارد. پژوهش حاضر، به منظور شناسایی چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی (SNP) مبتنی بر داده‌های RNA-Seq  در گاوهای نژاد خالص سیستانی و آمیخته‌های آن با سه نژاد گاوهای خارجی هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد انجام شد. مواد و روش‌ها: در این تحقیق، از داده‌‌های RNA-Seq مربوط به گاو نژاد خالص سیستانی، آمیخته سیستانی و هلشتاین، آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد و آمیخته سیستانی و سیمنتال استفاده شد. به این منظور، در ابتدا از سیاهرگ دمی گاوهای  نژاد خالص و آمیخته آن با هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد (4 تیمار و برای هر تیمار دو تکرار بیولوژیکی) در شرایط یکسان محیطی، تغدیه‌ای و مدیریتی واقع در مرکز اصلاح نژاد گاو سیستانی شهر زابل خونگیری شد. یافته‌ها: آنالیز شناسایی SNPبر روی ترانسکریپتوم با استفاده از بسته نرم‌افزاری SAMtools انجام شد که به ترتیب منجر به شناسایی 152496، 177042، 134285 و 163362 جایگاه SNP در گاوهای نژاد خالص سیستانی و آمیخته‌های آن با سه نژاد گاوهای خارجی هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد شد. در این مطالعه، ارتباط مستقیمی بین تعدادSNP ‌های شناسایی شده و طول کروموزوم‌ها وجود نداشت. همچنین 12 نوع  SNPشناسایی شد که چهار نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عملکردی و هشت نوع جایگزینی نوکلئوتیدی غیرعملکردی بودند. متداولترین SNP‌های شناخته شده، از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عملکردی بودند که در نژادخالص سیستانی 71/84 درصد، در آمیخته سیستانی و هلشتاین 72/65 درصد، در آمیخته سیستانی و سیمنتال 72/60 درصد و در آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد 71/94 درصد وجود داشت.  نتیجه‌گیری: در مجموع نتایج این مطالعه تایید نمود که فناوری  RNA-Seqروشی موثر، اقتصادی و کارآمد برای شناسایی جایگاه‌هایSNP است و دلیل اختلاف تعداد SNP‌های شناسایی شده در این مطالعه و مطالعات مذکور احتمالاً ناشی از تفاوت گونه‌ها، نژادها، نوع بافت مورد ارزیابی و سایر عوامل و فاکتورهای موثر در ارزیابی RNA-Seq  نظیر تعداد نمونه‌ها می‌باشد.</div> <div style="text-align: justify;">Extended Abstract Introduction and Objective: Breeding between Indus cows and Taurus cows in the Sistan region of Iran has been done in recent years through the use of liquid sperm, frozen sperm, or foreign bulls. There are few studies in Iran on the effects of interbreeding programs on Sistani cattle. The present study was performed to identify mononucleotide polymorphisms (SNPs) based on RNA-Seq data in purebred Sistani cows and its crosses with three foreign breeds of Holstein, Simmental, and MonteBilliarde cows. Material and Methods: In this study, RNA-Seq data were used for pure Sistani, Sistani and Holstein, Sistani and Montebeliarde, Sistani and Simmental cattle. For this purpose, first of the tail vein of purebred cattle mixed with Holstein, Simmental, and MonteBilliarde. (4 treatments and for each treatment two biological replications) in the same environmental, nutritional, and managerial conditions located in the breeding center of Sistani cattle in Zabol. blood was drawn. Results: SNP discovery analysis was performed on transcriptome using SAMtools software package, which led to the discovery of 152496, 177042, 134285, and 163362 SNPs in pure Sistani breeds and its crosses with three foreign breeds of Holstein, Simmental, and Montebeliarde bulls. In this study, there was no direct relationship between the number of SNPs identified and the length of chromosomes. Also, 12 types of SNPs were identified, of which four types were transition and eight types were transversion. The most common known SNPs were transition which was 71.84% in pure Sistani, 72.65% in Sistani and Holstein, 72.60% in Sistani and Simmental, and 71.94% in Sistani and MonteBilliarde. Conclusion: Overall, the results of this study confirmed that RNA-Seq technology is an effective, economical, and efficient method for identifying SNP loci. Factors influencing RNA-Seq evaluation are such as the number of samples.</div>   آمیخته‌گری, ترانسکریپتوم, جایگزینی نوکلئوتیدی, شناساییSNP , RNA-Seq Cross-breeding, Nucleotide transition, RNA-Seq, Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) discovery, Transcriptome 149 157 http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-439-1&slc_lang=fa&sid=1 rasoul farzaneh dizaj رسول فرزانه دیزج rasoulfarzaneh63@gmail.com 100319475328460017904 100319475328460017904 No Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture, Islamic Azad University of Science and Research, Tehran, Iran گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران mehdi aminafshar مهدی امین افشار aminafshar@gmail.com 100319475328460017905 100319475328460017905 No Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture, Islamic Azad University of Science and Research, Tehran, Iran بخش پژوهش های بیو تکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران saeid esmaeilkhanian سعید اسماعیل خانیان esmaeilkhanian@yahoo.com 100319475328460017906 100319475328460017906 Yes Department of Biotechnology Research, Animal Science Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization, Karaj, Iran بخش پژوهش های بیو تکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران nasser emam jomeh kashan ناصر امام جمعه کاشان nasser.ejk@yahoo.com 100319475328460017907 100319475328460017907 No Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture, Islamic Azad University of Science and Research, Tehran, Iran گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران mohammad hossein banabazy محمد حسین بنابازی hossein.banabazi@gmail.com 100319475328460017908 100319475328460017908 No Department of Biotechnology Research, Animal Science Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization, Karaj, Iran بخش پژوهش های بیو تکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران