RT - Journal Article T1 - Detection of Genetic Differences between Holstein and Iranian North-West Indigenous Hybrid Cattles using Genomic Data JF - rap YR - 2022 JO - rap VO - 13 IS - 37 UR - http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1294-fa.html SP - 175 EP - 186 K1 - Holstein cattle breed K1 - Iranian northwestern native crossbred cattle K1 - Population differentiation index K1 - Signatures of selection AB - چکیده مبسوط مقدمه و هدف: انتخاب برای افزایش فراوانی جهش­ های جدید که فقط در بعضی زیر جمعیت‌ها مفید هستند، باعث باقی ماندن نشانه ­هایی در سطح ژنوم می­شود. اغلب این مناطق با ژن ­ها و QTL­های کنترل کننده صفات مهم اقتصادی در ارتباط هستند. مواد و روش­ ها: به‌منظور شناسایی تفاوت­ های ژنتیکی بین گاوهای شیری هلشتاین و آمیخته­ های بومی شمال غرب ایران، از اطلاعات ژنومی 60 رأس گاو هلشتاین و ۱۰۰ رأس گاو آمیخته بومی شمال غرب ایران استفاده شد. بعد از اطمینان از ساختار مجزای جمعیت ­های مورد مطالعه، آماره ­های FST، XP-EHH و Rsb جهت شناسایی نشانه­ های انتخاب استفاده شد. یافته­ ها: به ترتیب تعداد 21، 16 و 24 منطقه‌ی ژنومی که حدود آستانه‌ای آماره‌ها­ی مربوطه را گذرانده بودند، با آماره­ های FST، XP-EHH و Rsb به‌عنوان نشانه­ های انتخاب، تعیین شدند. مناطق ژنومی انتخاب ‌شده با مناطق ژنومی متناظر آن روی ژنوم گاو (ARS-UCD1.2 Bos Taurus Genome)، هم‌ردیف سازی و در نهایت تعداد 104 و 134 ژن به ترتیب از روش FST و روش ­های مبتنی بر LD، شناسایی شدند. نتیجه ­گیری: برخی از ژن­ های شناسایی ‌شده در مسیرهای متابولیکی مرتبط با چشایی، بویایی، مسیرهای متابولیکی سنتز چربی‌ها، مقاومت در برابر عوامل بیماری‌زا و نیز عملکرد تولید مثلی نقش دارند. همچنین برخی از ژن‌های شناسایی ‌شده از طریق مسیر سیگنالینگ WNT (Wingless-type) با تولید شیر در ارتباط هستند. مناطق ژنومی تحت انتخاب جهت آنالیزهای بیشتر و یافتن شبکه‌های ژنی مورد بررسی بیشتر قرار گرفتند. این آنالیزها توسط نرم‌افزار آنلاین و مرتبط با پایگاه داده‌های ژنومی (DAVID) انجام گرفت. یک مورد شبکه ژنی معنی‌دار (9-10× 5/4 p<) شناسایی شد. این شبکه ژنی با گیرنده‌های چشایی و بیشتر برای تشخیص مزه‌های تلخ ارتباط داشتند. شناسایی جایگاه‌های تحت انتخاب، علاوه بر درک بهتر چگونگی عمل انتخاب طبیعی و مصنوعی روی نژاد هلشتاین و آمیخته‌های شمال غرب ایران، می‌تواند به شناسایی QTL‌ها و نواحی مرتبط با صفات اقتصادی مهم کمک کند. به‌طور کلی، جهت شناسایی نقش دقیق این ژن‌ها و QTLها باید مطالعات پیوستگی و عملکردی بیشتری انجام گیرد. LA eng UL http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1294-fa.html M3 10.52547/rap.13.37.175 ER -