دوره 8، شماره 17 - ( پاییز 1396 )
جلد 8 شماره 17 صفحات 148-140 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Ahmadian K, Rahimi mianji G, Sayahzadeh H, Deldar H. (2018). Assessment of Genetic Diversity and Phylogenetic Relationship of Iranian Indigenous Chickens Based on Mitochondrial D-Loop Sequences. rap. 8(17), 140-148. doi:10.29252/rap.8.17.140
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-861-fa.html
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-861-fa.html
احمدیان کسری، رحیمی میانجی قدرت، سیاح زاده هادی، دلدار حمید. ارزیابی تنوع ژنتیکی و روابط فیلوژنتیکی مرغان بومی ایران بر مبنای توالی
ناحیه D- loop از DNA میتوکندریایی
پژوهشهاي توليدات دامي 1396; 8 (17) :148-140 10.29252/rap.8.17.140
چکیده: (4502 مشاهده)
در مطالعه حاضر به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی و روابط فیلوژنی مرغان بومی ایران، 39 نمونه خون از مرغان بومی مراکز اصلاح نژاد مرغ بومی کشور (اصفهان، مازندران، یزد، فارس، آذربایجان غربی و خراسان) جمعآوری گردید. به منظور مقایسه نتایج حاصل با دیگر نژادهای آسیایی، آفریقایی و اروپایی توالی ناحیه D-loop میتوکندری موجود در بانک جهانی ژن دریافت شد. DNA با استفاده از روش نمکی بهینه یافته استخراج و به عنوان الگو برای تکثیر و تعیین توالی ناحیه D-Loop ژنوم میتوکندری به کار برده شدند. با مطالعه توالی 2- 1231 جفت بازی ناحیه D-Loop در نمونههای فوق، 16 هاپلوتایپ به همراه 14 جایگاه متغیر تشخیص داده شد. آنالیز واریانس مولکولی با استفاده از روش کیمورا انجام گرفت. مقادیر شاخص تثبیت با استفاده از روش کیمورا در دامنهای بین 1570/0- 37763/0 قرار گرفت. میزان واریانس در داخل و بین جمعیتهای مورد مطالعه به ترتیب برابر با 05/81 و 95/18 درصد برآورد شد. این آزمون نشان داد که در جمعیتهای مورد مطالعه، جمعیتهای آذربایجان غربی و اصفهان، اصفهان و فارس، اصفهان و خراسان، اصفهان و مازندران، اصفهان و یزد، فارس و خراسان و همچنین فارس و یزد با یکدیگر از نظر ژنتیکی متفاوت بودند (05/0>P). از بین جمعیتهای مورد مطالعه جمعیت اصفهان با تمامی جمعیتهای دیگر از نظر ژنتیکی تفاوت معنیدار داشته است (05/0>P). به طور کلی نتایج بدست آمده نشان داد که مرغ بومی ایران دارای تنوع ژنتیکی قابل قبول بوده و درخت فیلوژنی ترسیم شده برمبنای هاپلوتایپهای حاصله مرغان بومی ایران در دسته هاپلو گروه A (مرغان بومی ژاپن، لکهورن سفید، ردآیلندرد)، هاپلوگروه E (مرغان بومی خاورمیانه و اروپا) و هاپلوگروه C (مرغان بومی آفریقا) قرار گرفتند. همچنین نتایج فیلوژنی مشخص کرد که مرغ بومی ایران همانند مرغ بومی ژاپن، چین، خاورمیانه، اروپا و آفریقا از آسیای جنوب شرقی و هندوستان منشا گرفته و احتمالا از طریق مسیرهای باستانی، از آسیای جنوب شرقی و هندوستان به ایران و از ایران به سمت غرب امتداد یافته و به دنیای غرب معرفی شده است.
فهرست منابع
1. Bruford, M.W., D.G. Bradley and G. Luikart. 2003. DNA markers reveal the complexity of livestock domestication .Nature Reviews Genetics, 4: 900-910. [DOI:10.1038/nrg1203]
2. Coble, M.D., R.S. Just, J.E. O'Callaghan, I.H. Letmanyi, C.T. Peterson, J.A. Irwin and T.J. Parsons. 2004. Single nucleotide polymorphisms over the entire mtDNA genome that increases the power of forensic testing in Caucasians. International journal of Legal Medicine, 118(3): 137-146. [DOI:10.1007/s00414-004-0427-6]
3. Elkhaiat I., K. Kawabe, K. Saleh, H. Younis, R. Nofal, S. Masuda, T. Shimogiri and S Okamoto. 2014. Genetic diversity analysis of Egyptian native chickens using mtDNA D-loop region. The Journal of Poultry Science, 51: 359-363. [DOI:10.2141/jpsa.0130232]
4. Excoffier L., G. Laval and S. Schneider. 2006. ARLEQUIN: An integrated Software package for Population Genetic (Version 3.1). Computational and Molecular Population Genetics Lab (CMPG), Institute of Zoology, University of Berne, Baltzerstrasse, Switzerland. [DOI:10.1177/117693430500100003]
5. FAO 2007. The state of the world's animal genetic resources for food and agriculture. Rome (Italy) (http://www.fao.org/docrep/010/a1250e/a1250e00.htm).
6. Hall, T.A.1999. BioEdit a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for windows 95/98NT. Nucleic Acids Symposium Series, 4: 95-98.
7. Hartl, D.L. and A.G. Clark. 1997. Principles of population Genetics. Sinauer Associates Inc. Sunderland, MA. 542 pp.
8. Hoque, R., C.J. Kie, K. Bo-Seok, L. Hee-Kyong, Ch. Kang-Duk and L. Jun-Heon. 2010. Breed discrimination in chicken using mitochondrial DNA sequence and MHC polymorphisms Proceedings of the 32nd International Conference on Animal Genetics, 76 pp, Edinburgh, Scotland (UK).
9. Kawabe, K., R. Worawut, S. Taura, T. Shimogiri, T. Nishida and S. Okamoto. 2014. Genetic diversity of mtDNA D-loop polymorphisms in Laotian native fowl populations. Asian-Australasian Journal of Animal Sciences, 27(1): 19-23. [DOI:10.5713/ajas.2013.13443]
10. Kimura, M. 1980. A simple method for estimating evolutionary rate of base substitution through comparative studies of nucleotide sequences. Journal of Molecular Evolution, 16: 111-120. [DOI:10.1007/BF01731581]
11. Librado, P. and J. Rozas. 2009. DNASP v5: software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics, 25: 1451-1452. [DOI:10.1093/bioinformatics/btp187]
12. Liu, P., G.S. Wu, Y.G. Yao, Y.W. Miao, G. Luikart, M. Baig, A. Beja-Pereira, Z.L. Ding, M.G. Palanichamy and Y.P. Zhang. 2006. Multiple maternal origins of chickens: out of the Asian jungles. Molecular Phylogenetics and Evolution, 38:12-19. [DOI:10.1016/j.ympev.2005.09.014]
13. Miller, S.A., D.D. Dykes and H.F. Polesky.1988. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Research, 16(3): 1215. [DOI:10.1093/nar/16.3.1215]
14. Muchadeyi, F.C., H. Eding, H. Simianer, C.B.A. Wollny, E. Groeneveld and S. Weigend. 2008. Mitochondrial DNA D-loop sequences suggest a Southeast Asian and Indian origin of Zimbabwean village chickens. Animal Genetics, 39: 615-622. [DOI:10.1111/j.1365-2052.2008.01785.x]
15. Niu. D., Y. Fu, J. Luo, H. Ruan, X.P. Yu, G. Chen and Y.P. Zhang. 2002. The origin and genetic diversity of Chinese native chicken breeds. Biochem Genet, 40: 163-174. [DOI:10.1023/A:1015832108669]
16. Oka, T., Y. Ino, K. Nomura, S. Kawashima, T. Kuwayama, H. Hanada, T. Amano, M Takada, N. Takahata, Y. Hayashi and F. Akishinonomiya. 2007. Analysis of mtDNA sequences shows Japanese native chickens have multiple origins. Animal Genetics, 38: 287-293 [DOI:10.1111/j.1365-2052.2007.01604.x]
17. Olivier, L. 1998. Guest editorial. Livestock Production Science, 54: 67-70.
18. Pirany, N., M.N. Romanov, S.P. Ganpule, G. Dewagowda and D.T. Prasad. 2007. Microsatellite analysis of genetic diversity in Indian chicken population. Journal of Poultry Science, 44: 19-28. [DOI:10.2141/jpsa.44.19]
19. Scherf, B.D. 2000. World Watch List for Domestic Animal Diversity, 3rd edn, FAO, Rome (Italy), 726 pp.
20. Shahbazi, S., S.Z. Mirhosseini and M.N. Romanov. 2007. Genetic diversity in five Iranian native chicken populations estimated by microsatellite markers. Biochemical Genetics, 45: 63-75 (In Persian). [DOI:10.1007/s10528-006-9058-6]
21. Tamura, K., J. Dudley, M. Nei and S. Kumar. 2007. MEGA4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution, 24: 1596-1599. [DOI:10.1093/molbev/msm092]
22. Tavakolian, J. 1999. A look at livestock and chicken genetic pool of Iran. Animal research Institute of Iran, (In Persian).
23. Thompson, H.D., D.G. Higgins and T.J. Gibson 1994. CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research, 22: 4673-4680. [DOI:10.1093/nar/22.22.4673]
24. Vallone, P.M., R.S. Just, M.D. Coble, J.M. Butler and T.J. Parsons 2004. A multiplex allele specific primer extension assay for forensically informative SNPs distributed throughout the mitochondrial genome. International journal of Legal Medicine, 118: 147-157. [DOI:10.1007/s00414-004-0428-5]
25. Weigend, S. and M.N. Romanov. 2002. The World Watch List for Domestic Animal Diversity in the context of conservation and utilization of poultry biodiversity. The worlds Poultry Science Journal, 58 (4): 411-430. [DOI:10.1079/WPS20020031]
26. Weigend, S., L.F. Groeneveld and H. Eding. 2010. Mitochondrial DNA D-loop sequence variation among clusters of diverse chicken populations. Proceedings of the 32nd International Conference on Animal Genetics, pp: 77-79, Edinburgh, Scotland (UK).
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
