دوره 9، شماره 20 - ( تابستان 1397 )
جلد 9 شماره 20 صفحات 99-88 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
mosavi kashani M, Rahimi mianji G, Moradi shahrbabak H. (2018). Genome-Wide Scan for Selection Signatures in Iranian Sarabi and Taleshi Indigenous Breed. rap. 9(20), 88-99. doi:10.29252/rap.9.20.88
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-720-fa.html
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-720-fa.html
موسوی کاشانی ماکان، رحیمی میانجی قدرت، مرادی شهربابک حسین. کاوش ژنومی نشانه های انتخاب در گاوهای بومی نژاد سرابی و تالشی ایران پژوهشهاي توليدات دامي 1397; 9 (20) :99-88 10.29252/rap.9.20.88
دانشگاه تهران، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی
چکیده: (3541 مشاهده)
هدف این مطالعه پیدا کردن نشانههای انتخاب در گاوهابی بومی سرابی و تالشی بود، تعداد 296 راس گاو از دو نژاد سرابی و تالشی نمونه برداری و تعیین ژنوتایپ با ریزآرایه k 40 شرکت ایلومینا انجام شد. تعداد 43 دام به دلیل عدم کسب شاخص نرخ حیوانات ژنوتیپ شده (ACR) برابر با 09/0 حذف شدند. تعداد نشانگرها بعد از گذراندن فیلتر حداقل فراوانی آللی (MAF) برابر با 01/0 و تعادل هاردی واینبرگ (برابر6-10) به 28782 نشانگر رسید. جهت بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت ها و خرده ساختار جمعیتی از آنالیز مؤلفه های اصلی (PCA) استفاده شد. برای شناسایی نشانه های انتخاب در جمعیت خالص سرابی و تالشی شناسایی شده با PCA، آماره تتا محاسبه شد. جهت کاهش اریب مقادیر تتای محاسبه شده با روش میانگین گیری نشانگرهای مجاور، گراف منهتن توسط نرم افزار Haploview بدست آمد که کروموزومهای 2، 5، 6، 7، 10، 22، 25 ،27 دارای نشانه انتخاب بودند. برای جستجوی نشانههای انتخاب در هر دو جمعیت از آماره هموزیگوسیتی توسعه داده شده (EHH) و میزان شکستگی LD برای آلل اجدادی و جهش یافته برای هر کروموزوم از نرم افزار R استفاده شد بررسی شد. برای مطالعه بیشتر جایگاههایی که نشانه های انتخاب را نشان دادند وب سایتهای بیوانفورماتیکی مورد جستجو قرار گرفت. در کروموزوم 2 ژن EIF4G3 شناسایی شد. این ژن در انتقال RNA از هسته به سیتوپلاسم نقش اساسی در بیان ژن دارد. در کروموزم 6 ژن ANK2 شناسایی شد که پلی پپتید آنکیرین B را رمز می کند و در تمام بافت ها بیان می شوند. در کروموزم 7 ژن ARHGAP26 شناسایی که به عنوان ژن سرکوب گر تومور گزارش شده است. در کروموزم 10 ژن کدکننده پروتیین SYNJ2BP شناسایی شد که متوقف کننده سیگنالینگ اکتیوین می باشد. در کروموزوم 22 ژن کد کننده پروتیین FAM3D که در مسیر بیوشیمیایی تنظیم سیتو اسکلتون اکتین فعالیت دارد شناسایی شد. این ژن بیشتر در جفت بیان شده و بر عملکردهای بیولوژیکی مانند مهاجرت و عملکرد لکوسیت، تنظیم درجه حرارت، بقای سلول و تمایز خونسازی نقش دارد.
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
ژنتیک و اصلاح نژاد دام
دریافت: 1395/10/28 | ویرایش نهایی: 1397/7/11 | پذیرش: 1396/2/17 | انتشار: 1397/7/11
دریافت: 1395/10/28 | ویرایش نهایی: 1397/7/11 | پذیرش: 1396/2/17 | انتشار: 1397/7/11
فهرست منابع
1. Adam, M.G., C. Berger, A. Feldner, W.J. Yang, J. Wüstehube-Lausch, S.E. Herberich, M. Pinder, S. Gesierich, H.P. Hammes, H.G. Augustin, and A. Fischer .2013. Synaptojanin-2 Binding Protein Stabilizes the Notch Ligands DLL1 and DLL4 and Inhibits Sprouting AngiogenesisNovelty and Significance. Circulation research, 113: 1206-1218. [DOI:10.1161/CIRCRESAHA.113.301686]
2. Aminafshar, M., C. Amirinia and R. Vaez-Torshizi. 2008. Genetic diversity in buffalo population of Guilan using microsatellite markers. Journal Animal and Veterinary Advance, 7: 1499-1515.
3. Andersson, L. and M. Georges. 2004. Domestic-animal genomics: deciphering the genetics of complex traits. Nature Reviews Genetics, 5: 202-212. [DOI:10.1038/nrg1294]
4. Ardlie, K.G., L. Kruglyak and M. Seielstad. 2002. Patterns of linkage disequilibrium in the human genome. Nature Reviews Genetics, 3: 299-309. [DOI:10.1038/nrg777]
5. Barrett, J.C., B. Fry, J.D.M.J. Maller and M.J. Daly. 2005. Haploview: analysis and visualization of LD and haplotype maps. Bioinformatics, 21: 263-265. [DOI:10.1093/bioinformatics/bth457]
6. Browning, B. L. 2014. Homepage of software: BEAGLE v.4, URL http://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html.
7. Borkhardt, A., S. Bojesen, O.A. Haas, U. Fuchs, D. Bartelheimer, I.F. Loncarevic, R.M. Bohle, J. Harbott, R.U. ReppJaeger and S. Viehmann. 2000. The human GRAF gene is fused to MLL in a unique t (5; 11) (q31; q23) and both alleles are disrupted in three cases of myelodysplastic syndrome/acute myeloid leukemia with a deletion 5q.Proceedings of the National Academy of Sciences, 97: 9168-9173. [DOI:10.1073/pnas.150079597]
8. Brian, L. and B. Rowning. 2011. BEAGLE 3.3.2. Department of Medicine, Division of Medical Genetics, University of Washington.
9. Cunha, S.R., S. Le Scouarnec, J.J. Schott and P.J. Mohler. 2008. Exon organization and novel alternative splicing of the human ANK2 gene: implications for cardiac function and human cardiac disease. Journal of molecular and cellular cardiology, 45: 724-734. [DOI:10.1016/j.yjmcc.2008.08.005]
10. Cui, X., Y. Hou, S. Yang, Y. Xie, S. Zhang, Y. Zhang, Q. Zhang, X. Lu, G.E. Liu and D. Sun. 2014. Transcriptional profiling of mammary gland in Holstein cows with extremely different milk protein and fat percentage using RNA sequencing. BMC genomics, 15: 1. [DOI:10.1186/1471-2164-15-226]
11. Fan, B., Z. Du, D.M. Gorbach and F. RM. 2010. Development and Application of High-density SNP Arrays in Genomic Studies of Domestic Animals. Asian-Australia journal Animal Science, 2: 833-847. [DOI:10.5713/ajas.2010.r.03]
12. Gagelin, C., B. Constantin, C. Deprette, M.A. Ludosky, M. Recouvreur, J. Cartaud, C. Cognard, G. Raymond and E. Kordeli. 2002. Identification of AnkG107, a muscle-specific ankyrin-G isoform. Journal of Biological Chemistry, 277: 12978-12987. [DOI:10.1074/jbc.M111299200]
13. Giacomoni, E.H., G.P. Fernandez-Stolz and T.R.O. Freitas. 2008. Genetic diversity in the Pantaneiro horse breed assessed using microsatellite DNA markers. Genetic. Molecular. Research, 7: 261-270. [DOI:10.4238/vol7-1gmr367]
14. Gautier, M. and R. Vitalis. 2012. Rehh: An R package to detect footprints of selection in genome-wide SNP data from haplotype structure. Bioinformatics, 28: 1176-1177. [DOI:10.1093/bioinformatics/bts115]
15. Gross, A., A. Tönjes, P. Kovacs, Peter Kovacs, Krishna R Veeramah, Peter Ahnert, Nab R Roshyara, Christian Gieger, Ina-Maria Rueckert, John Novembre, Michael Stumvoll, Markus Scholz. 2011. Population-genetic comparisons of the Sorbian isolate population in Germany with the German KORA population using genome-wide SNP arrays. BMC Genetics, 12: 67.72. [DOI:10.1186/1471-2156-12-67]
16. Holsinger, K.E. and B.S. Weir. 2009. Genetics in geographically structured populations: defining, estimating and interpreting FST. Nature reviews. Genetics, 10: 639-650. [DOI:10.1038/nrg2611]
17. Kijas, J.W., J.A. Lenstra, B. Hayes, Simon Boitard, Laercio R. Porto Neto,Magali San Cristobal, Bertrand Servin, Russell McCulloch, Vicki Whan, Kimberly Gietzen, Samuel Paiva, William Barendse, Elena Ciani, Herman Raadsma, John McEwan, Brian Dalrymple,other members of the International Sheep Genomics Consortium. 2012. Genome-Wide Analysis of the World's Sheep Breeds Reveals High Levels of Historic Mixture and Strong Recent Selection. PLoS Biologics, 10: 12-58. [DOI:10.1371/journal.pbio.1001258]
18. McKay, S.D., R.D. Schnabel, B.M. Murdoch, L.K. Matukumalli, J. Aerts, W. Coppieters, D. Crews, E.D. Neto, C.A. Gill, C. Gao and H. Mannen. 2008. An assessment of population structure in eight breeds of cattle using a whole genome SNP panel. Bmc Genetics, 9: 37-42. [DOI:10.1186/1471-2156-9-37]
19. Mokhber, M., M. Moradi Shahrebabak, M. Sadeghi, H. Moradi Shahrebabak and G. Williams. 2015. Genomics explore of selection signature in buffalo signs of Khuzestan and Mazandaran. Journal of Iran Animal Science, 46: 119-131 (In Persian).
20. Nelson, W.J. and E. Lazarides. 1984. Goblin (ankyrin) in striated muscle: identification of the potential membrane receptor for erythroid spectrin in muscle cells. Proceedings of the National Academy of Sciences, 81: 3292-3296. [DOI:10.1073/pnas.81.11.3292]
21. Nei, M. 1973. Analysis of Gene Diversity in Subdivided Populations, Proc. Nature. Academic. Science, 70: 3321-3323. [DOI:10.1073/pnas.70.12.3321]
22. Pan, D., S. Zhang, J. Jiang, L. Jiang, Q. Zhang and J. Liu. 2013. Genome-wide detection of selective signature in Chinese Holstein. PLoS ONE. ;8:e60440. doi: 10.1371/journal.pone, 40-44. [DOI:10.1371/journal.pone.0060440]
23. Porter, N.C., W.G. Resneck, A. O'Neill, D.B.Van Rossum, M.R. Stone and R.J. Bloch. 2005. Association of small ankyrin 1 with the sarcoplasmic reticulum. Molecular membrane biology, 22: 421-432. [DOI:10.1080/09687860500244262]
24. Pritchard, J.K. and M. Przeworski. 2001. Linkage disequilibrium in humans: models and data. American Journal of Human genetics, 69: 1-14. [DOI:10.1086/321275]
25. Purcell, S., B. Neale, K. Todd-Brown, L. Thomas, M.A.R. Ferreira, D. Bender, J. Maller, P. Sklar, P.I.W. de Bakker, M.J. Daly and P.C. Sham. 2007 PLINK: a toolset for whole-genome association and population-based linkage analysis. American Journal of Human Genetics, 81: 559-575. [DOI:10.1086/519795]
26. Price, A.L., N.J. Patterson, R.M. Plenge, M.E. Weinblatt, N.A. Shadick and D. Reich. 2006. Principal components analysis corrects for strati cation in genome-wide association studies. Nature Genetics, 38: 904-909. [DOI:10.1038/ng1847]
27. Qanbari, S., J. Pimentel ECG, G. Tetens, P. Thaller Lichtner and AR. Sharifi. 2010. A genome-wide scan for signatures of recent selection in Holstein cattle. Animal Genetics, 41: 377-89. [DOI:10.1111/j.1365-2052.2009.02016.x]
28. Qian, Z., J. Qian, J. Lin, D.M. Yao, Q. Chen, R.B. Ji, Y. Li, G.F. Xiao and J.Y. Li. 2010. GTPase regulator associated with the focal adhesion kinase (GRAF) transcript was down-regulated in patients with myeloid malignancies. Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, 29: 1pp. [DOI:10.1186/1756-9966-29-111]
29. Sabeti, P.C., D.E. Reich, J.M. Higgins, H.Z.P. Levine, D.J. Richter, S.F. Schaffner, S.B. Gabriel, J.V. Platko, N.J. Patterson and G.J. McDonald. 2002. Detecting recent positive selection in the human genome from Haplotype structure. Nature, 419: 832-837. [DOI:10.1038/nature01140]
30. Scheet, P. and M. Stephens. 2006. A fast and flexible statistical model for large-scale population genotype data: applications to inferring missing genotypes and haplotypic phase. The American Journal of Human Genetics, 78: 629-644. [DOI:10.1086/502802]
31. Scotland, P., D. Zhou, H. Benveniste and V. Bennett.1998. Nervous system defects of AnkyrinB (−/−) mice suggest functional overlap between the cell adhesion molecule L1 and 440-kD AnkyrinB in premyelinated axons.The Journal of cell biology, 143: 1305-1315. [DOI:10.1083/jcb.143.5.1305]
32. Tuvia, S., M. Buhusi, L. Davis, M. Reedy and V. Bennett. 1999. Ankyrin-B is required for intracellular sorting of structurally diverse Ca2+ homeostasis proteins. The Journal of cell biology, 147: 995-1008. [DOI:10.1083/jcb.147.5.995]
33. Weir, B.S. and C.C. Cockerham. 1984. Estimating F-statistics for the analysis of population structure. International Journal of Evolutionary Biology, 38: 1358-1370. [DOI:10.1111/j.1558-5646.1984.tb05657.x]
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
