در این پژوهش، تنوع ژنتیکی در جمعیت زنبورهای استان کرمان با استفاده از دو آغازگر ISSR مورد ارزیابی قرار گرفته است. در این طرح از 30 زنبور در شش جمعیت (کرمان، جیرفت، راین، رابر، بردسیر و فلو) نمونه­برداری شد. با استفاده از آغازگرهای (AC)₈G  و (AGAC)₄GC  تعداد 16 قطعه DNA تکثیر شد که همه چند شکل بودند. تعداد قطعات تولید شده در پروفایل­های DNA شهرهای مختلف از دو تا هشت قطعه، با اندازه­هایی که از 150 تا 1000 جفت باز متغیر بود تغییر می­کرد. میانگین شاخص شانون بر اساس نشانگر (AC)₈G  برای جمعیت زنبور عسل جیرفت، کرمان، فلو (زنبور بومی جیرفت)، راین، رابر و بردسیر به ترتیب 52/0، 36/0، 50/0، 61/0، 42/0 و 19/0 در نظر گرفته شد و بر اساس نشانگر(AGAC)₄GC  برای جمعیت زنبور عسل جیرفت، کرمان، فلو (زنبور بومی جیرفت)، راین، رابر و بردسیر به ترتیب 52/0، 51/0، 46/0، 39/0، 41/0 و 27/0 بود. آنالیز خوشه ای با استفاده از روش UPGMA انجام شد. دندروگرام رابطه ژنتیکی بین 30 فرد در 6 جمعیت به دست آمد. هاپلوتیپ­ها محاسبه شد و فراوانی­ها در هر جمعیت مقایسه شد. براساس نتایج کلیه معیارهای ژنتیکی انجام شده در این بررسی، می­توان نتیجه گرفت که توده­های زنبورعسل این استان دارای تنوع بوده، ولی این تنوع ژنتیکی متوسط است. هم­چنین نتایج این پژوهشمی­تواند اطلاعات ملکولی پایه­ای برای مطالعه بیشتر زنبورهای عسل بومی با نشان­گرهای ISSR را فراهم آورد.