دوقلوزایی از صفات مهم اقتصادی در پرورش گوسفند می­باشند. صفات تولید­مثلی نه تنها در بین نژادهای مختلف گوسفند بلکه در بین گوسفندان یک نژاد نیز دارای تفاوت­های عمده می­باشند. در این تحقیق مطالعه الگوی عدم­تعادل لینکاژی و ارتباط ژنومی هاپلوتیپی با استفاده از 42416 نشانگر تک­نوکلئوتیدی برای شناسایی نواحی ژنومی مؤثر بر نرخ دو­قلوزایی در گوسفند بلوچی انجام شد. نمونه­های خون از 96 رأس گوسفند بلوچی همراه با داده­های فنوتیپی مرتبط به صفات زایش و رشد متعلق به دو گله از ایستگاه تحقیقاتی عباس­آباد تهیه شد. نمونه­ها با استفاده از ریز­آرایه­های نانویی گوسفندی ( 50K ) تعیین ژنوتیپ شدند. با استفاده از نرم­افزار PLINK ماتریس خویشاوندی IBS و هاپلوتیپ­ها برای افراد محاسبه و مطالعه ارتباط هاپلوتیپ­ها برای نرخ دو­قلوزایی برای 4 شکم زایش با در نظر گرفتن بعد اول آزمون MDS و اثر گله به­عنوان متغیر کمکی انجام شد. برای کنترل نرخ اشتباه در سطح خانواده، از تصحیح بنفرونی استفاده شد. ارتباط معنی­دار پیشنهادی برای هاپلوتیپ­ها روی کروموزوم­های 1، 10 و 15 شناسایی شد. مقدار عدم تعادل لینکاژی با استفاده از آماره r² بین تمام جفت لوکوس ها محاسبه شد.. در فاصله کمتر از 10 Kb میانگین r² برابر 33/0 بوده و برای نشانگرهای با فاصله 200 تا 500 کیلو باز میانگین r² 086/0 بود. مقدار عدم نعادل لینکاژی در گوسفند بلوچی نسبت به آنچه در گاو شیری گزارش شده کمتر بوده و مشابه دیگر جمعیت­های کوسفند می باشد. مطالعه بیشتر این نواحی در شناسایی ژن­های کاندید دوقلوزایی در گوسفند کمک شایانی خواهد نمود.