دوره 12، شماره 32 - ( تابستان 1400 )
جلد 12 شماره 32 صفحات 149-140 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Shakeri R, Javanmard A, Hasanpur K, Abbasi M, Mazlom S M, Khansefid M et al . (2021). Assessment of Genetic Diversity Within Holstein Population using Bovine SNP Chip Data. rap. 12(32), 140-149. doi:10.52547/rap.12.32.140
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1162-fa.html
URL: http://rap.sanru.ac.ir/article-1-1162-fa.html
شاکری رئوف، جوانمرد آرش، حسن پور کریم، عباسی مختار علی، مظلوم سید مصطفی، خان سفید مجید و همکاران.. بررسی شاخص‌های تنوع ژنتیکی در یک جمعیت از گاو هلشتاین با استفاده از نشانگرهای متراکم اسنیپ پژوهشهاي توليدات دامي 1400; 12 (32) :149-140 10.52547/rap.12.32.140
رئوف شاکری 
، آرش جوانمرد ، کریم حسن پور ، مختار علی عباسی ، سید مصطفی مظلوم ، مجید خان سفید ، مهران رحیمی ورپشتی
، آرش جوانمرد ، کریم حسن پور ، مختار علی عباسی ، سید مصطفی مظلوم ، مجید خان سفید ، مهران رحیمی ورپشتی
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز
چکیده: (2496 مشاهده)
کاهش میزان تنوع ژنتیکی و به تبع آن افزایش تجمعی میزان همخونی از جمله عوامل تهدید کننده صنعت پرورش گاو شیری محسوب می شوند. هدف از پژوهش حاضر، ارزیابی شاخص های تنوع ژنتیکی (توزیع عدم تعادل لینکاژی، آماره هتروزیگوتی مشاهده شده و مورد انتظار، آماره Fis، توزیع فراوانی آلل های نادر، میزان اتوزیگوتی و تجزیه به مؤلفه های اصلی) در گاو هلشتاین با استفاده از نشانگرهای متراکم اسنیپ بود. داده های ژنوتیپی متعلق به 25 گاو ماده هلشتاین حاصل از تراشه اسنیپ گاوی 50 هزارتایی، اهدایی از شرکت تجاری آلتادلتا ژنتیک تجزیه و تحلیل شد. محاسبات آماری شاخص های مولکولی مذکور از طریق نرم افزار معروف پلینک، نسخه 1/9تحت محیط R صورت گرفت. میانگین فراوانی آلل نادر (0/28)، میانگین فراوانی هتروزیگوتی مشاهده شده و هتروزیگوتی مورد انتظار به ترتیب (0/38، 0/37)، آماره شاخص تثبیت (Fis) (منفی0/032)، آماره Fhom(0/0328-) اندازه گیری شد. همچنین، نتایج تجزیه به مؤلفه های اصلی، تنوع و پراکنش معنی دار بالایی را نشان داد که تأییدی بر مطابقت و همخوانی همه آماره های مولکولی اندازه گیری شده و بالا بودن میزان تنوع ژنتیکی اندازه گیری شده بود. از آنجایی که، شاخص ROH، از اطلاعات توالی نوکلئوتیدی یکسان انتقال یافته به دو فرد حاصل می شود لذا، در مقایسه با شاخص Fis، معیار آماری مناسبتری برای مطالعه میزان همخونی، می باشد. نتیجه گیری نهایی این که، بکارگیری نشانگرهای متراکم اسنپ می تواند، ابزاری مناسب برای ارزیابی وضعیت تنوع ژنتیکی و همخونی جمعیت های دامی محسوب شود.
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
ژنتیک و اصلاح نژاد دام
دریافت: 1399/9/21 | ویرایش نهایی: 1400/6/9 | پذیرش: 1399/12/2 | انتشار: 1400/6/9
دریافت: 1399/9/21 | ویرایش نهایی: 1400/6/9 | پذیرش: 1399/12/2 | انتشار: 1400/6/9
فهرست منابع
1. Anonymous. 2017. Inbreeding Update- August 2017. Canadian Dairy Network.
2. Barani, S., S.M. Moradi, J.A. Nejati, M.H. Moradi, M. Gholizadeh and M. Khansefid. 2017. The pattern of linkage disequilibrium in three native Iranian sheep breeds. Iranian Journal of Animal Science, 48: 11-18.
3. Biegelmeyer, P., C.C. Gulias-Gomes, A.R. Caetano, J.P. Steibel and F. Cardoso. 2016. Linkage disequilibrium, persistence of phase and effective population size estimates in Hereford and Braford cattle. BMC Genetics, 17(1): 1. [DOI:10.1186/s12863-016-0339-8]
4. Dadar, M., S.A. Mahyari, M. Rokouei and M.A. Edriss. 2014. Rates of inbreeding and genetic diversity in Iranian Holstein Cattle. Animal Science Journal, 85(10): 888-894. [DOI:10.1111/asj.12228]
5. Dash S, A. Singh, A.K. Bhatia, S. Jayakumar, A. Sharma, S. Singh, I. Ganguly and S.P. Dixit. 2017. Evaluation of bovine high-density SNP genotyping array in indigenous dairy cattle breeds. Animal Biotechnology, 29(2): 129-135. [DOI:10.1080/10495398.2017.1329150]
6. Edea, Z., H. Dadi, T. Dessie, S.H. Lee and K.S. Kim. 2015. Genome-wide linkage disequilibrium analysis of indigenous cattle breeds of Ethiopia and Korea using different SNP genotyping Bead Chips. Genes and Genomics, 37(9): 759-765. [DOI:10.1007/s13258-015-0304-3]
7. Eftekhari, M., A. Mahzoon and A. Aghashahi. 2020. Study of the Status and Causes of Culling in Dairy Cattle in Qazvin Province. Research on Animal Production, 11(29): 10.
8. Falconer, D.S. and T.F.C. Mackay. 1996. An introduction to quantitative genetics, 4th edition. Longman.
9. Food and Agriculture Organization (FAO). 2013. In vivo conservation of animal genetic resources. FAO Animal Production and Health Guidelines, FAO, Rome, Italy, 14.
10. Food and Agriculture Organization (FAO). 2015. The second report on the state of the world's animal genetic resources for food and agriculture. FAO Commission on Genetic Resources for Food and Agriculture Assessments, FAO, Rome, Italy.
11. Forogh Ameri, N. 2017. Exploring the genomes of Iranian native cows to identify selected areas. PhD. Thesis, Shahid Bahonar University, Kerman, Iran, 123 (In Persian).
12. Forutan, M., S. Ansari Mahyari and C. Baes. 2018. Inbreeding and runs of homozygosity before and after genomic selection in North American Holstein cattle. BMC Genomics, 19(98): 2-12. [DOI:10.1186/s12864-018-4453-z]
13. Gandini, G. and K. Oldenbroek. 2007. Strategies for moving from conservation to utilization. In: Oldenbroek, K. (ed.) Utilization and conservation of farm animal genetic resources. Wageningen Academic Publishers, Wageningen, the Netherlands.
14. García-Gámez, E., G. Sahana, B. Gutiérrez-Gil and J.J. Arranz. 2012. Linkage disequilibrium and inbreeding estimation in Spanish Churra sheep. BMC Genetics, 13(1): 43. [DOI:10.1186/1471-2156-13-43]
15. Georges, M.D., M. Nielsen, A. Mackinnon, R. Mishra, A.T. Okimoto, L. S. Pasquino, L. S. Sargeant, A. Sorensen, M. R. Steele, X. Zhao, J.E. Womack and I. Hoeschele. 1995. Mapping quantitative trait loci controlling milk production in dairy cattle by exploiting progeny testing Genetics, 139: 907-920. [DOI:10.1093/genetics/139.2.907]
16. Goddard, M.E. 2009. Genomic selection: Prediction of accuracy and maximization of long term response. Genetica (The Hague), 136: 245-252. [DOI:10.1007/s10709-008-9308-0]
17. Goddard, M.E. 1992. Optimal effective population size for the global population of black and white dairy cattle. Journal of Dairy Science, 75: 2902-2911. [DOI:10.3168/jds.S0022-0302(92)78052-7]
18. Gomez-Raya, L., C. Rodríguez, C. Barragán and L. Silió. 2015. Genomic inbreeding coefficients based on the distribution of the length of runs of homozygosity in a closed line of Iberian pigs. Genetics Selection Evolution, 47(1): 81. [DOI:10.1186/s12711-015-0153-1]
19. Gomez-Romano, F., B. Villanueva, M.A.R. De Cara and J. Fernández. 2013. Maintaining genetic diversity using molecular co-ancestry: the effect of marker density and effective population size. Genetics Selection Evolution, 45: 38-45. [DOI:10.1186/1297-9686-45-38]
20. Bowman, P.J., A.C. Chamberlain, K. Verbyla and M.E. Goddard. 2009. Accuracy of genomic breeding values in multi-breed dairy cattle populations. Genetics Selection Evolution, 41(1): 51. [DOI:10.1186/1297-9686-41-51]
21. Karimi, K., K.A. Esmailizadeh and M. Asadi Fuzi. 2015. Analysis of genetic structure of Iranian indigenous cattle populations using dense single nucleotide polymorphism markers. Animal Production Research, 3: 93-104.
22. Khatkar, M.S., K.R. Zenger, M. Hobbs, R.J. Hawken, J.A. Cavanagh, W. Barris, A.E. McClintock, S. McClintock, P.C. Thomson, B. Tier, F.W. Nicholas and H. W. Raadsma. 2007. A primary assembly of a bovine haplotype block map based on a 15,036 single nucleotide polymorphism panel genotyped in Holstein Friesian cattle. Genetics, 176: 763-772 [DOI:10.1534/genetics.106.069369]
23. Kim, K.S., J.S. Yeo and C.B. Choi. 2002. Genetic diversity of North-East Asian cattle based on microsatellite data. Animal Genetics, 33: 201-204. [DOI:10.1046/j.1365-2052.2002.00848.x]
24. Martikainen, K., M. Koivula and P. Uimari. 2020. Identification of runs of homozygosity affecting female fertility and milk production traits in Finnish Ayrshire cattle. Science Reproduction, 10: 3804. [DOI:10.1038/s41598-020-60830-9]
25. Mastrangelo, S., M. Tolone, R. Di Gerlando, L. Fontanesi, M.T. Sardina and B. Portolano. 2016. Genomic inbreeding estimation in small populations: evaluation of runs of homozygosity in three local dairy cattle breeds. Animal, 10(5): 746-754. [DOI:10.1017/S1751731115002943]
26. Melka, M.G., F.S. Schenkel. 2012. Analysis of genetic diversity in Brown Swiss, Jersey and Holstein populations using genome-wide single nucleotide polymorphism markers. BMC Research Notes, 5: 161.
https://doi.org/10.1186/1756-0500-5-161 [DOI:10.1186/1756-0500-5-161.]
27. Meuwissen, T.H.E. 2009. Towards consensus on how to measure neutral genetic diversity? Journal of Animal Breeding and Genetics, 126: 333-334. [DOI:10.1111/j.1439-0388.2009.00839.x]
28. Meuwissen, T.H.E. 1997. Maximizing the response of selection with a pre-defined rate of inbreeding. Journal of Animal Science, 75: 934-940. [DOI:10.2527/1997.754934x]
29. Meuwissen, T.H.E. 2009. Towards consensus on how to measure neutral genetic diversity? Journal of Animal Breeding and Genetics, 126: 333-334. [DOI:10.1111/j.1439-0388.2009.00839.x]
30. Mustafa, H., H. Heather, J. EuiSoo, K. Ahmad, N. Ali, A. Khan, T. Naseer Pasha, M. Zahid Farooq, K. Javed, A. Ajmal and S. Sonstegard. 2014. Comparative analysis of genome wide difference in Red Sindhi and Holstein cattle breeds using dense SNP marker. Intentional Journal Advance Research, 2: 300-4.
31. Naghavian, S., S. Davoudali and A. Mobaraki. 2018. Estimation of Inbreeding and Survey of the Pedigree Structure of Iranian Turkmen Horses Population. Research on Animal Production, 9(22): 12. [DOI:10.29252/rap.9.22.131]
32. Oldenbroek, J.K. 2007. Utilisation and conservation of farm animal genetic resources. Wageningen Academic Publishers, Wageningen, The Netherlands. [DOI:10.3920/978-90-8686-592-5]
33. Oldenbroek, K. 2007. Utilisation and conservation of farm animal genetic resources. Wageningen Academic Publishers, Wageningen, the Netherlands. [DOI:10.3920/978-90-8686-592-5]
34. Qanbari, S. 2009. Study of genomic structure and signatures of recent positive selection in cattle. Doctor of Philosophy (PhD) at the Faculty of Agricultural Sciences, Georg-August University, Göttingen, Germany.
35. Qwabe, S.O., E. VanMarle-Koster, A. Maiwashe and F.C. Muchadeyi. 2013. Evaluation of the Bovine SNP 50 genotyping array in four South African cattle populations. South Africa Journal Animal Science, 43: 64-67. [DOI:10.4314/sajas.v43i1.7]
36. Rahmaninia, J., S.R. Miraei-Ashtiani and H. Moradi Shahrbabak. 2015. Unsupervised clustering analysis of population and subpopulation structure using dense SNP markers. Iranian Journal of Animal Science, 46(3): 277-287.
37. Sargolzaei, M., F.S. Schenkel, G.B. Jansen and L.R. Schaeffer. 2008. Extent of linkage disequilibrium in Holstein cattle in North America. Journal of Dairy Science, 91: 2106-2117. [DOI:10.3168/jds.2007-0553]
38. Simianer, H. 2005. Decision making in livestock conservation. Ecological Economics, 54: 559-572. [DOI:10.1016/j.ecolecon.2004.11.016]
39. Urgul, A., T. Szmatoła, P. Topolski, I. Jasielczuk, K. Żukowski and M. Bugno-Poniewierska. 2016. The use of runs of homozygosity for estimation of recent inbreeding in Holstein cattle. Journal Applied Genetics, 57: 527-530. [DOI:10.1007/s13353-016-0337-6]
40. Yang, W., X. Kang, Q. Yang, Y. Lin and M. Fang. 2013. Review on the development of genotyping methods for assessing farm animal diversity. Journal of Animal Science and Biotechnology, 4(1): 1-6. [DOI:10.1186/2049-1891-4-2]
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
